При новом Соловецком игумене Макарии, грамотою 7–го Февраля 1628 года, число братства в Анзерском ските определено в 12 человек и на это число повелено отпускать, чрез Соловецкий монастырь, из доходов Двинской области на одежду по 2 руб. на человека, на содержание по три четверти ржаной муки, по осьмине овса, солоду, по полуосьмине круп и толокна, на церковные расходы – пуд воску, три ведра красного вина, 10 фунтов ладона, на просфоры – по четверти пшеничной муки, и кроме того 5 руб. на дрова. Благодаря такой заботливости царя Михаила Феодоровича, материальное положение Анзерских пустынников было обезпечено. Милостивое расположение царя к Анзерскому скиту увеличилось еще более со времени счастливаго события в царском семействе. В беседе с Александром Булатниковым, царь выразил ему свою скорбь, что не имеет по себе наследника, прибавив: «кто бы мог помолиться, чтобы Господь разрешил наше неплодие?». «Есть, государь», – отвечал старец, «в твоей державе один подвижник, котораго молитву, верую, услышит Господь Бог», и разсказал о жизни и подвигах преподобнаго Елеазара. Благочестивый царь обрадовался этой вести и послал просить пустынника в Москву. Прп. Елеазар отправился. В первой же беседе с ним царь открыл цель приглашения его. Подвижник, утешая царя, сказал: «по вере вашей Господь Бог не оставит вас без наследника престола». Государь принял эти слова за предсказание и оставил старца в Чудовом монастыре в ожидании. Скоро Господь утешил царя, даровав ему сына Алексия (1629). Рождение царевича принесло царскому дому радость и торжество. Не был забыт при этом и Анзерский пустынник, пребывавший в Чудовом монастыре. Царь, призвав к себе Елеазара, предлагал ему почести и чины духовные, но смиренный подвижник отказался от лестных предложений, намереваясь окончить жизнь свою в пустынном уединении.

Уважая Анзерскаго строителя, царь хотел упрочить существованье скита его, и грамотою 31–го июля 1633 года объявил Анзерский скит независимым от монастыря и разрешил пустынникам избирать строителей из своей среды, иметь братии 12 человек и 2 мирян для рубки дров, провинившихся не посылать в Соловецкий монастырь для исправления, но смирять их по своему усмотрению. Соловецкому игумену предписывалось не вступаться в управление скитом, не посылать туда строителей, не делать пустынникам никакого притеснения и не препятствовать желающим из Соловецкой братии переходить в скит. А Двинскому воеводе особою царскою грамотою, того же 31–го июля 1633 года, было повелено, под опасением опалы, высылать в Анзерский скит, своевременно и сполна, назначенное содержание на казенных подводах и судах, помимо Соловецкаго монастыря. Впрочем, зависть и недоброжелательство злых людей причиняли скитянам не мало скорбей и безпокойств. 13–го июля 1634 года приезжали к острову злоумышленники с явною целью грабежа, но в то время приплыли к устью губы поморския ладьи, и воры, устрашившись, бежали. По жалобе, прп. Елеазара, царь грамотою 31–го января 1638 года, повелевал Сумскому воеводе охранять скит от разбойников и недоброжелателей.

В это время скитское братство увеличилось несколькими замечательными лицами. В 1634 году вступил в скит Никодим, который сделался любимым учеником прп. Елеазара и, по смерти его, занял место строителя. Сюда пришел, по стремлению к строгому подвижничеству, московский священник Никита. Скоро он принял монашеское пострижение с именем Никона. Пламенная душа Никона созревала в Анзерской пустыне в подвигах поста и молитвы для будущих трудов церковнаго управления в звании новгородскаго митрополита и потом всероссийскаго патриарха. Никон каждый день прочитывал псалтирь, каноны Господу Иисусу и Божией Матери, и клал 1000 поклонов. Но недолго этот новый подвижник служил назидательным примером для скитскаго братства: Промысл Божий видимо вел его к высшему служению и Никон переехал в Кожеезерскую пустынь.

Прежняя церковь сделалась тесною для умножающейся братии, и прп. Елеазар решился построить каменный храм Знамения Пресвятыя Богородицы, мерою в 5 сажень. Средств, сбереженных временем, оказывалось почти достаточно; но в крайнем случае, имелась в виду, благотворительность некоторых из поморских жителей. Пустынники повергли пред царем новую просьбу о разрешении устроить каменный храм и вскоре получили разрешение. Благочестивый царь, приняв живое участие в деле, начинающемся к славе Божией, предписал двинскому воеводе, князю Львову, отпустить из таможенных сборов на это строение двести рублей, с тем, чтобы Анзерские пустынники молились Богу за упокой души родителя его, патриарха Филарета. Мало того, царь повелел Львову послать в скит строителей с рабочими людьми, опытными в каменном деле. Соловецкому же игумену Варфоломею, в грамоте 12–го января 1638 года, было приказано дать с монастырскаго завода для предполагаемаго строения кирпич и известь, с платою из сумм, принадлежащих Анзерскому скиту т. е. пожалованных царем и имеющихся в соборе.

Но доброму намерению не суждено было исполниться в скором времени. Соловецкому игумену Варфоломею не нравилось дело, задуманное Елеазаром, а потому он донес в Москву, что Анзерский строитель начинает церковное строение не по средствам и в монастыре нет в готовности материалов. Хотя Варфоломей в следующем году оставил настоятельство, но строение каменной церкви замедлилось на неопределенное время. Преподобному Елеазару пришлось испытать много неприятностей и огорчений. Несмотря на это, он не унывал и не оставлял своего намерения. Чрез восемь лет новый случай помог ему приступить к начатому делу. Алексей Михайлович, вступив на престол по кончине родителя своего, вспомнил об Анзерском пустыннике, предсказавшем некогда рождение его, и пожелал видеть его. Преподобный, не смотря на старческую дряхлость, отправился в столицу и был милостиво принят государем. Царь вручил ему подтвердительную ручную грамоту 11–го Февраля 1646 года, а Соловецкому игумену Илии повелел по предположенной мере выстроить в скиту каменную церковь и донести в приказ большого дворца боярину князю Львову, во что обойдется строение. Теперь, казалось, все препятствия были устранены; тем не менее игумен Илия не приступал к постройке, пока не получил подтверждения о царской воле от двинскаго воеводы, князя Ромодановскаго. Между тем, негодуя на Елеазара, он успел выдержать его некоторое время в Соловецком монастыре в заключении.

Наконец, подвижник имел утешение не только видеть успешное строение храма, но и лично заправлял постройкою, участвуя во всех трудах братии. Так, когда раннею весною не было доставлено из Соловецкого монастыря достаточное количество кирпича и рабочие оставались без дела, прп. Елеазар, не смотря на лед, носившийся в море, сам с несколькими людьми отправился на судне в монастырь. Нагрузив ладью кирпичом и известью, пловцы на обратном пути были затерты льдом. Опасность была великая, но Преподобный, не теряя присутствия духа и упования на Бога, взялся за руль и спас всех от явной гибели. При усердных трудах Елеазара и его сподвижников, скитский каменный храм, с трапезою и кельями для пустынников, устроился, но освящен был уже по кончине строителя.

В то время, когда Анзерский пустынник изнемогал под бременем забот и лет, прежний его сподвижник, Никон митрополит новгородский, а впоследствии всероссийский патриарх, был ему помощником и утешителем. Помня Анзерский скит, в котором принял пострижение, Никон почти каждую свою грамоту Соловецким властям заканчивал припискою: «да пожалуйте Бога ради и нашего ради прошения, Анзерских старцев жалуйте и берегите»; или: «да поберегите Анзерских старцев, строителя и братию, а мы, елика сила наша будет, рады вам помогать». Всякую просьбу бывшего своего наставника, Елеазара, Никон старался исполнять с точностью. Так, в грамоте Соловецкому архимандриту Илии, 1651 года, митрополит писал: «бил челом Живоначальныя Троицы Анзерския пустыни строитель старец Елеазар с братиею, чтоб к ним в Анзерскую пустыню из Соловецкого монастыря отпустить велел больничного старца Кирика; и как к тебе сия наша грамота придет и ты бы в Анзерскую пустыню больничнаго старца Кирика отпустил». Сделавшись же патриархом, Никон еще с большею любовию благотворил Анзерскому скиту. Грамотою 29–го апреля 1655 года он извещал, что, по ходатайству его, государь повелел увеличить жалованье Анзерскому скиту и давать по пуду ладону, по три пуда воска, по 5 ведер церковнаго вина, по четыре четверти пшеничной муки на просфоры, строителю и братии прибавить по рублю, отпускать денежную выдачу и вновь прибывшим пяти инокам. Вместе с тем патриарх и от себя препроводил милостыню Елеазару два рубля, и 11 человекам братии, каждому по рублю. В другой раз патриарх послал в скит серебряные оклады на иконы, 250 рублей деньгами, 11 осетров для братии и белугу для Елеазара, прося молитв соборных и келейных.

Среди разнообразных забот о благоустроении своего скита прп. Елеазаръ приближался к кончине и созревал для вечности. Опыты своей духовной жизни он изложил в рукописи и сохранил их на память ищущим спасения.

«В одно время стою я пред образом Христа Спасителя и со слезами молюсь, говоря: Владыко Христе, Царь и Создатель мой! Что воздам за Твою ко мне милость? Ничто же благо сотворих пред Тобою», – и вижу, как бы голубь прикоснулся к моему лицу и, сказав: «Богу принесу слезы твоя», стал невидим. После сего возрадовалась душа моя».

Когда скончался у нас брат Тихон, другой брат, также Тихон, взял себе две книги, принадлежавшия умершему. Настало время вечерней молитвы. Братии собралось в церковь только еще четыре человека. Вдруг я заметил над главами иноков некую силу Божию в виде голубине, но у Тихона этого не было. Много дивился я, не понимая тайны. Но вскоре провинившийся подошел ко мне, и, с умилением каясь в проступке, испросил себе прощение».

«Когда меня угнетали многие скорби, так что я близок был к мысли оставить Анзерский скит, мне неоднократно слышался неведомый голос: «не бойся, Господь с тобою», или: «в терпении вашем стяжите души ваши» (Лк.21:9), или: «вы, сильнии, немощи немощных носите» (Рим.15:1). Таким явлениям я не верил, чтобы не впасть в прелесть вражию. Но неверие мое исчезло при следующем явлении: стою я в келии и смотрю в окно; в это время внезапно представилось мне, будто на полуденной стороне разразился страшный гром и послышались Евангельския слова укоризны: «о, роде неверный и развращенный, доколе буду с вами, доколе терплю вы?» (Мф.17:17).

В то же скорбное для меня время, было мне следующее видение: стою я будто в какой то прекрасной долине. Некто подошел ко мне и, указав на небо, сказал: посмотри! Взглянув, я увидел по всему небу необыкновенно светлый луч, подобный радуге. Немного спустя, незнакомец снова сказал: «подними еще взор свой к небу». Я повиновался и узрел среди неизреченного света образ Господа Иисуса Христа, Пресвятой Богородицы, Иоанна Предтечи и двух Апостолов. Наконец, неведомый мне светоносный юноша в третий раз произнес: «воззри еще к небу!» Я опять поднял взор и на этот раз увидел Нерукотворенный образ Христа Спасителя, величины необычной. Затем, незнакомец, упрекнув меня в малодушии и недостатке терпения ради Того, Кто все претерпел за нас, стал невидим».

«Однажды, по своему обыкновению, я совершил в келии краткую молитву Иисусову и полагал поклоны, а потом, стал читать молитву ко Пресвятой Богородице, говоря: «Пресвятая Госпожа Владычице, Богородице, спаси меня грешного!» и вот внезапно является предо мною Пресвятая Богородица, в сиянии небесной славы, имея три светлые звезды – одну на главе и две на раменах. Царица Небесная произнесла: «Елеазар, не переставай призывать Меня в своих молитвах, и Я буду помогать тебе до исхода души твоей».

«В великом посту, в один недельный день, во время литургии я сподобился видеть Царицу Небесную стоявшею умиленно против своего образа, около леваго клироса, лицем на церковь. Когда мы с обоих клиросов вышли на средину и стали петь: «о Тебе радуется, Благодатная, всякая тварь», Владычица сошла с своего места и стояла пред нами, пока мы кончили пение.