И в тюрьме, как на свободе, преподобный более всего отдавался скорби о тяжелом положении Православной Церкви в Польско–Литовском государстве и мысли о «полном и общем успокоении» истинной веры. Лучшим выражением его тогдашнего настроения служит стихотворение, которое он составил, сидя в тюрьме, и, положив на голос, распевал для утоления душевной боли: «Пошли покой Церкви Своей, Христе Боже! Не знаю, может ли кто из нас терпеть дальше! Дай нам помощь в печали, чтобы мы всецело отдались вере святой, непорочной».

Когда надзор за преподобным был ослаблен, он, сидя в тюрьме, усердно занялся составлением памятной записки (мемориала), которая и подана была от его имени королю Владиславу 29 июня 1645 г. во время заседания генерального сейма. В записке своей преподобный доказывает: Русь с самого принятия христианства стояла в церковной зависимости от Константинопольского патриарха, а униаты, «отбегшие пастыря своего законного» и отдавшиеся другому, не настоящему (папе), подлежат анафеме, как отступники от веры; самая уния принята была духовными по корыстным побуждениям: например, епископ Игнатий Поцей, один из ее защитников, добивался сенаторского кресла; митрополит Рагоза и епископ Кирилл Терлецкий склонялись к унии, привлекаемые вольностями, которые им обещаны от лица папы. «От того часу, — говорит св. Афанасий, — как Каин Авеля и Измаил Исаака, так проклятый униат бил и преследовал православного брата своего и по сие время, с помощью прислужников и врагов правды святой, при попущении Божием, как хочет, так и злодействует: бедных людей всякого сословия, как в братствах церковных, так и во всяких советах, судебных и ремесленных, клевеща безбожно, грабит и дерет со всего, что имеют православные христиане — с веры святой, с совести чистой, с славы доброй, с имущества, всячески поносит их и бьет; кроме того — и это хуже всего — печатает, отбирает, повергает в нищенство и уничтожает церкви, мешает свободе благочестивой совести. Во многих и разных местах в королевстве христианском ради той проклятой унии и по сие время совершаются ненужные кровопролития. В конце концов и с казаками из–за той же унии была внутренняя бесполезная война; из–за нее милость исчезла чуть не во всех; из–за нее ласкательство, подхалимство, зависть, предательства, злодейства и — хуже всего — размножается проклятая вражда; из–за нее погиб порядок духовный и светский». Св. Афанасий обращается к королю с мольбою отменить унию, введенную королевской властью: духовные отцы (епископы) уже не могут улучшить положения, так как сами нуждаются в исправлении. При вступлении на престол король присягою скрепил обещание умирить Православную Церковь, а между тем этого не сделано и доселе. Не нужно насилия ни над чьей совестью: пусть униаты остаются, если хотят, при своих заблуждениях, но и пусть православные будут свободны в своей вере.

Неизвестно, как эта горячая мольба узника была принята королем, думая, что бумага не дошла до него, преподобный из темницы пишет второе прошение, в котором обращается к королю с трогательным воззванием: «Смилуйся, наияснейший король польский, господин мой благосклонный, над гонимою Восточною Церковью, которая находится в твоем королевстве». Это прошение, оправленное в зеленый атлас, во время проезда короля по Варшаве было брошено кем–то в его карету и прочитано Владиславом IV, но распоряжения по нему не было сделано. Еще одна бумага, назначавшаяся корою, не была им принята. «Не нужно, не нужно больше ничего, — сказал он, — я уже приказал выпустить его».

Действительно, 19 октября 1645 г. по приказу Владислава было написано Киевскому митрополиту, чтобы он прислал взять к себе Афанасия, который «заслужил наказание, но его королевская милость оставляет без внимания»; вместе с тем от митрополита требовалось послать беспокойного для польской власти игумена в такое место, где бы он не мог уже «чинить никаких тревог». Тем временем с преподобного сняли оковы и ослабили надзор, так что он мог свободно получать письма от близких ему людей. Одно из присланных в тюрьму писем, утешая узника, называет его исповедником. Преподобный сравнивается здесь со святым апостолом Павлом, и говорится далее, что «среди запустения он процвел как благоуханный цвет, сияющий не только российскому народу, но всему соборному вселенскому благочестию». Хотя св. Афанасий мог легко бежать из тюрьмы, но он не соблазнялся свободой и требовал суда над собой или, по крайней мере, приема у короля. Он рассылал письма и прошения к лицам, влиятельным при дворе, чтобы они испросили ему у короля прием, и король было согласился выслушать игумена, но католическое духовенство отговорило Владислава, и 3 ноября 1645 г. преподобный был отправлен с двумя драгунами в Киев. Явившись к митрополиту Петру Могиле, св. Афанасий представил ему подробный отчет о своих деяниях в Варшаве с приложением в копиях документов, которые им были даны королю. Вероятно, преподобный надеялся, что митрополит и на этот раз оправдает его, как оправдал раньше, и отошлет опять на игуменство в Брест, но королевское повеление возымело свою силу: подвижник был оставлен в Печерском монастыре как бы под началом. Заключение преподобного в Киеве сильно волновало многочисленных его почитателей и один из них, по имени Михаил, писал по этому поводу наместнику и братии Брестского монастыря в следующих выражениях: «Извещает ваше благочестие меня, что пречестный отец Афанасий разрешен от узилища иноверных и послан в Киев на заключение к единоверным. Это дивно для меня, ибо и Христос, Господь наш, пострадал не от неверных, но от верных своих предан был в руки человек грешных. Пророчествует господин отец Афанасий, что уния погибнет. Я бы веровал этому, если бы видел наши заслуги, но я не вижу их и не смею веровать в конец (унии). А почему? Спросите. Потому что наша Русь этого не хочет, особенно же старейшины. Кто не желает ратовать против унии, тот стремится к ней; поэтому наши старейшины хотят унии, если не словом, то делом, что еще хуже». Вероятно под влиянием этого ясно обнаружившегося расположения православных к святому и последовавшей 1 января 1647 г. смерти Петра Могилы преподобный получил свободу и вновь вступил на свое игуменство.

Но недолго святой Афанасий наслаждался покоем в тихой обители Брестской. Весною 1648 г. в Малороссии вспыхнуло казацкое восстание под предводительством Богдана Хмельницкого, началась несчастная для поляков война. Православное население Литвы и Польши во время войны страдало еще больше, было на постоянном подозрении в измене польскому королю, в соучастии с восставшими казаками. И святой Афанасий принял тогда мученическую кончину, несправедливо обвиненный в измене.

О суде над преподобным и его казни обстоятельно рассказывает особая повесть, составленная под сильным впечатлением скорбных событий послушниками Брестской обители св. Симеона, почитателями св. Афанасия. «Что мы видели своими глазами, что могли узнать от других людей о муках и отшествии из мира сего покойного отца Афанасия, нашего игумена, о том пишем и свидетельствуем. Кто–то недобрый в то время поднял войну с казаками: и встали великое преследование и неосновательное подозрение от иноверных на бедную Русь во всей короне Польской и великом княжестве Литовском. Покойный отец игумен уже не говорил ничего, противного униатам, сидел себе тихо в монастыре в то тревожное время. Вдруг паны из каптуровых судов воеводства Брестского по навету пана Шумского, в то время капитана королевской гвардии, прислали несколько человек шляхты в наш монастырь, чтобы взять игумена в замок. А был тогда день субботний, именно 1 июля, и покойный сам служил литургию в храме Рождества Пречистой Девы Богородицы в другом своем монастыре.

Когда он, находясь у престола, заметил в церкви, как раз во время пения «Иже Херувимы», шляхту, за ним пришедшую, — сильно встревожился, как бы впал в забытье и стоял долго, ничего не совершая, так что можно было пропеть Херувимскую песнь в другой раз. Потом оправился, опять начал служить и всю литургию окончил чинно. А по окончании обедни выслушал от шляхты, что она пришла за ним, и немедленно, никуда не заходя из церкви, взявши с собой другого брата, пошел в замок. Там, став перед панами судьями, начал сперва громко говорить им и с почетом к судьям привел то, что святой апостол Павел был перед царем Агриппою и считал себя счастливым, так как знал, как ему защищаться (Деян. 26, 1–2). Но паны судьи отнеслись с презрением к речи покойного игумена и, не слушая больше, приказали доносчику, названному пану Шумскому, начать докладывать дело против него о посылке каких–то листов и пороху казакам. А отец игумен отвечает на это: «Милостивые паны! Это клевета и ложный вымысел, будто я посылал листы или порох казакам. Ведь вы имеете немало дозорщиков, пошлите за ними, и пусть они покажут, если я когда–нибудь и куда–нибудь отправлял порох. Что касается листов, то пусть ябедник приведет какое–нибудь доказательство, что я посылал их, как он клевещет». Тогда немедленно послали доносчика Шумского и других при нем, чтобы перерыли наш монастырь и отыскали порох и листы. А когда ничего не нашли там и уже уходили назад, доносчик отрыгнул злобу свою и сказал гайдукам: «Что же вы не подкинули какого–нибудь мешочка с порохом и не донесли, что нашли тут у монахов».

Увидали затем и сами паны судьи, что не было никаких доказательств вины игумена, а одна только пустая молва, вернее клевета, и успокоились.

А сказал это громким голосом, чтобы и те, кто был поодаль, могли хорошо слышать. Сейчас же на эти слова некоторые крикнули: «Казнить, четвертовать, посадить на кол такого схизматика!» И уже начали было его толкать от одного к другому и рвать во все стороны. Но паны судьи велели всем на время из избы выйти и, потолковав между собой, говорят отцу игумену: «Ты заслужил, чтобы тебя сейчас же предать позорной смерти (и она не минет тебя). А теперь мы приказываем взять тебя в темницу, пока не получим какого–либо указания из Варшавы».

Тогда отпустили брата, с ним бывшего, а его отдали в тюрьму при арсенале в замке Брестском от Рождества Христова в год 1648, июля первого. Несколько дней спустя приказали наложить оковы на ноги его, и так он просидел в темнице до 5 сентября того же года. В это время покойный (т. е. св. Афанасий) несколько раз посылал из тюрьмы некоего брата к панам судьям, прося, чтобы сделали для него одно из двух: или приказали снять кандалы, или выпустили из арсенала, а в оковах он обещал ходить сколько им угодно. Он задумал это, как сам объяснил нам, чтобы свидетельствовать перед ними и вразумлять, не отступят ли от своей давней и упорной привязанности к унии. «Ибо, — говорил он, — если поступят со мною столь мягко, что освободят или из оков, или из тюрьмы, то снесут и мои речи против унии; если же не захотят позволить этой малейшей вещи, очевидно, не допустят большей и будут крепко стоять за унию. А затем, — пояснил он, — мы никак уже не можем надеяться на покой, который, как известно, отнят у нас в этом государстве во имя унии и с целью лишить Восточную Церковь, мать нашу, ее прав». Поэтому он, когда увидел, что не желают позволить ему ни того, ни другого, смело начал возглашать: «Не покинет государства этого меч и война, пока не сокрушат выю унии; благочестие, даст Бог, опять скоро зацветет, ей, ей, зацветет, а уния быстро погибнет». И часто бывало так, что он, когда заметит из арсенала шляхтичей, говорит им через окно такие речи.

Однажды пришел к отцу игумену тот брат, который ходил с ним к панам на суд, и говорит ему: «Не хотели вас паны избавить ни от оков, ни от тюрьмы, а ведь война с казаками улегается». За тем братом пришла и шляхта слушать, что отец игумен ответит на его слова, а он тотчас при всех произнес: «Не уляжется война, ибо не хотят из государства изгнать унии». Шляхта, услышав это, закричала: «Ах, какой схизматик!»

Раз в присутствии князя и епископа, которых здесь не называем, приказали паны судьи привести к себе покойного в оковах, и спросил его епископ, действительно ли он проклинает унию. Покойный сознался перед ним, говоря: «Действительно, она проклятая». А тот, не желая его больше слушать, ответил: «Скоро ты увидишь язык свой перед собою в руках палача». И приказал его отвести опять и посадить в тюрьму.

Когда миновал четвертый день сентября 1648 г. и наступила ночь пятого числа, взяли покойного отца игумена из темницы и, расковав кандалы, проводили в обоз (подвижной укрепленный лагерь). Говорят, что перед отправлением его в обоз иезуиты, знавшие об осуждении его на смерть, ночью приходили к нему в темницу и, как привыкли поступать всегда, сперва словами и обещаниями старались отвратить его от православной веры, а потом стращали огненными муками. Но, милостью Божией ничего не успев, сами ушли вспять, а одного ученика своего послали к нему, побуждая, чтобы передумал и не губил себя. Но на это он велел ответить так: «Пусть иезуиты знают, что как им приятно пребывать в прелестях мира сего, так мне приятно пойти теперь на смерть».

Что потом в обозе творили с ним, об этом ходят между многими людьми такие рассказы. Когда его ночью препроводили в обоз и хотели отдать бывшему там воеводе берестейскому, пан воевода не желал его брать к себе и сказал: «Для чего вы привели его ко мне? Он уже в ваших руках; делайте же с ним, что хотите».