Теперь же, зная, что не пришло еще к тому время, он возвратился в свою пустынь, где он прожил в трудах и подвигах около десяти лет. За это время его пустынь разрослась и братия умножилась; преподобный убедился, что он может со спокойной совестью покинуть созданный им монастырь. Тогда он оставляет свою обитель и дает заповедь ученикам своим иметь особенное попечение об устроенной им церкви. Сам же, помолившись, снова отправился в Ферапонтов монастырь, где и был принят с великой честью и радостью игуменом и братией.

В Ферапонтовом монастыре преподобный Мартиниан начал подвизаться с обычным усердием. Благодаря своему смирению и благоговению, а также и знанию устава монашеской жизни он скоро сделался образцом для всех и заслужил уважение всей братии, видевшей в нем своего наставника. В это время игумен Ферапонтова монастыря оставил свое место и инокам следовало выбрать себе нового игумена. Естественно, что выбор пал на преподобного Мартиниана, которого и начали просить принять игуменство. Но, ссылаясь на свое недостоинство, преподобный смиренно отказался от предлагаемой ему чести. Собравшись снова, братия опять умоляли преподобного Мартиниана, и он покорился их мольбам. Тогда братия вместе с преподобным отправились бить челом князьям-братьям Иоанну и Михаилу Андреевичам, в вотчине которых находился монастырь, прося князей утвердить выбранного ими игумена. Хорошо зная преподобного Мартиниана и любя его, князья утвердили новоизбранного игумена и, одарив его, отпустили в монастырь. Это произошло около 1435 г.

Теперь началась новая усиленная деятельность преподобного Мартиниана. К заботам о подвигах личного самоусовершенствования присоединились попечения о вверенном ему монастыре. Преподобный неустанно заботился о благоустройстве Ферапонтовой обители и за образец себе взял устав и обычаи монастыря преподобного Кирилла Белозерского. Он старался ввести порядок не только в церкви, но и в келейной жизни инока и на трапезе братии, установив общую трапезу — «равную для всех и в строгом молчании».

Строгим сохранением иноческих правил преподобный Мартиниан возвысил и прославил Ферапонтову обитель. Как пчелы слетаются на медовые цветы, так стекались к преподобному иноки и миряне: одни — чтобы, приняв пострижение, поселиться с ними, другие — чтобы слушать его наставления и видеть иноческую жизнь, устроившуюся под его руководством.

Под управлением преподобного Мартиниана Ферапонтова обитель пришла в цветущее состояние и долго называлась его именем, как именем устроителя, «обителью Мартиниановой». При этом много помогали святому игумену в средствах к поддержанию и украшению монастыря князья Иоанн и Михаил Андреевичи, которые часто посылали милостыню и жертвовали обители свои вотчины.

Тихо и мирно протекала жизнь в пустынной обители, но не мирное было то время на Русской земле. Удельные распри между князьями и споры из-за великокняжеского престола не стихали.

В феврале 1446 года великий князь московский Василий Васильевич отправился на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. Воспользовавшись его отъездом, князь Димитрий Шемяка овладел Москвой и великокняжеским престолом, а Василия Васильевича ослепил и сослал в Углич с его княгинею и детьми; потом, опасаясь народного движения в пользу сосланного князя, и вследствие увещаний нареченного митрополита святого Ионы он отпустил его и дал ему в удел Вологду. Сюда к обиженному князю стали стекаться его приверженцы — недовольные Шемякой бояре и народ. Обнадеженный в помощи тверским князем, Василий Темный отправился с войсками искать потерянного им московского престола. Но прежде чем вступить в борьбу с Шемякой, благочестивый князь хотел испросить помощи Божией и потому по дороге к Москве посетил сперва Кириллов, а потом и Ферапонтов монастыри.

Игумен Мартиниан со всей братией встретил Василия Васильевича за оградой монастыря. Осенив его святым крестом и окропив святой водой, он служил молебен Пресвятой Богородице и после того угощал князя на трапезе. Уговаривая Василия Васильевича идти против врага, преподобный обнадежил его словом утешения. В ответ на это князь сказал: «Мартиниан! Если будет на мне милосердие Божие, Пресвятой Богородицы и великих чудотворцев моление и твоими молитвами сяду на столе своем великокняжеском, даст Бог, позабочусь о твоем монастыре, а тебя приближу к себе».

Приняв затем благословение святого игумена, Василий Васильевич со всем воинством пошел на врага. Но Шемяка без боя поспешно бежал из Москвы, а Василий Темный снова стал на великом княжении.

Вступив на московский престол, Василий Васильевич согласно своему обещанию вызвал в 1448 году преподобного Мартиниана и назначил его игуменом в обители преподобного Сергия, выбрав его к тому же своим духовником.

В грамоте Московского Собора от 29 декабря 1448 года, в которой Шемяка в случае нераскаяния предавался отлучению от Церкви за кровавые смуты, имя Мартиниана уже в сане игумена Троицкого монастыря стоит первым между именами других игуменов.

Высокое положение игумена великой лавры и великокняжеского духовника впрочем нисколько не изменило строгого подвижника, ставившего правду выше всяких расчетов. В то время один боярин перешел от московского князя на службу к тверскому. Василию Васильевичу было досадно и жаль лишиться слуги, он изыскивал средства вернуть его к себе. Он обращается к преподобному Мартиниану, просит его содействовать возвращению боярина в Москву, обещает тому честь и богатство. При содействии подвижника боярин вернулся, но великий князь вероломно заключил его под стражу. Услышав об этом от сродников заключенного боярина, преподобный Мартиниан оскорбился такой несправедливостью великого князя и немедленно явился в Москву.

И повернувшись, вышел от князя, а потом уехал в Троицкий монастырь.

Скоро великий князь сознал свой грех, и когда пришли к нему бояре, он сказал им, как бы гневаясь: «Смотрите, бояре, что сделал со мною этот болотный чернец? Пришел ко мне неожиданно во дворец, обличил и снял с меня благословение Божие, оставив без великого княжения».