Игумен Мартиниан со всей братией встретил Василия Васильевича за оградой монастыря. Осенив его святым крестом и окропив святой водой, он служил молебен Пресвятой Богородице и после того угощал князя на трапезе. Уговаривая Василия Васильевича идти против врага, преподобный обнадежил его словом утешения. В ответ на это князь сказал: «Мартиниан! Если будет на мне милосердие Божие, Пресвятой Богородицы и великих чудотворцев моление и твоими молитвами сяду на столе своем великокняжеском, даст Бог, позабочусь о твоем монастыре, а тебя приближу к себе».

Приняв затем благословение святого игумена, Василий Васильевич со всем воинством пошел на врага. Но Шемяка без боя поспешно бежал из Москвы, а Василий Темный снова стал на великом княжении.

Вступив на московский престол, Василий Васильевич согласно своему обещанию вызвал в 1448 году преподобного Мартиниана и назначил его игуменом в обители преподобного Сергия, выбрав его к тому же своим духовником.

В грамоте Московского Собора от 29 декабря 1448 года, в которой Шемяка в случае нераскаяния предавался отлучению от Церкви за кровавые смуты, имя Мартиниана уже в сане игумена Троицкого монастыря стоит первым между именами других игуменов.

Высокое положение игумена великой лавры и великокняжеского духовника впрочем нисколько не изменило строгого подвижника, ставившего правду выше всяких расчетов. В то время один боярин перешел от московского князя на службу к тверскому. Василию Васильевичу было досадно и жаль лишиться слуги, он изыскивал средства вернуть его к себе. Он обращается к преподобному Мартиниану, просит его содействовать возвращению боярина в Москву, обещает тому честь и богатство. При содействии подвижника боярин вернулся, но великий князь вероломно заключил его под стражу. Услышав об этом от сродников заключенного боярина, преподобный Мартиниан оскорбился такой несправедливостью великого князя и немедленно явился в Москву.

И повернувшись, вышел от князя, а потом уехал в Троицкий монастырь.

Скоро великий князь сознал свой грех, и когда пришли к нему бояре, он сказал им, как бы гневаясь: «Смотрите, бояре, что сделал со мною этот болотный чернец? Пришел ко мне неожиданно во дворец, обличил и снял с меня благословение Божие, оставив без великого княжения».

Бояре не понимали, что это значит и что отвечать великому князю. Но тут сам прибавил: «Виноват я перед Богом и перед ним! Забыл свое слово и поступил несправедливо; пойдем же к Живоначальной Троице, к преподобному Сергию и тому игумену, чтобы получить прощение греха».

Вслед за тем Василий освободил боярина и осыпал его милостями, а сам отправился в обитель преподобного Сергия. Услышав, что великий князь приближается к обители, преподобный Мартиниан со всей братией вышел ему навстречу, с радостью благословил своего духовного сына, видя его раскаяние; после молитв в храме преподобный дал ему прощение и сам просил прощения у великого князя. С тех пор Василий Васильевич еще более возлюбил своего духовного отца, ни в чем не оскорблял его, слушал во всем и почитал.

Но жизнь в обители, близкой к столице, тяготила пустыннолюбца, приходившего уже в старость и искавшего безмолвия. Он припоминал слова своего наставника преподобного Кирилла: «Хорошо иноку соблюдать молчание и нестяжательность и избегать всего, что может возмущать душевные чувства». С другой стороны преподобный Мартиниан желал докончить устроение любезной ему Ферапонтовой обители. И вот, несмотря на увещания всей троицкой братии не разлучаться с ними, преподобный собрал своих духовных чад и, преподав им свое последнее поучение, сдал управление монастырем. Потом помолился Пресвятой Троице, облобызал мощи преподобного Сергия и простился со всей братией. Оставив монастырь, преподобный отправился в Ферапонтову обитель. Это было в начале 1455 года.

Сильно обрадовались ферапонтовские иноки возвращению любимого игумена. Они встретили его как своего отца и по случаю его прибытия устроили праздник. Игумен уступал ему свое место, и все братия просили преподобного Мартиниана снова быть их пастырем и руководителем. Но преподобный смиренно уклонялся от их предложения, указывая на свое недостоинство и слабость сил. «Для того, — говорил он, — я ушел из обители преподобного Сергия, чтобы в старости найти покой и безмолвие и оплакивать свои грехи».

И только после неотступной просьбы со стороны игумена и братии согласился он снова принять на себя бремя управления монастырем.

Несмотря на свой уже преклонный возраст, преподобный Мартиниан с прежней ревностью взялся за окончательное устроение любимой им обители. Как купец, вернувшийся из дальних стран, он привез с собою сокровища духовного опыта и старался передать их любимой обители. Ее он устроил отчасти по уставу Кирилловой обители, отчасти же руководясь порядками Троице-Сергиевой лавры. Преподобный хорошо помнил о своем наставнике преподобном Кирилле Белозерском, у которого постригся в отрочестве в первые годы существования Кирилловой обители. И житие преподобного Кирилла написано Пахомием Сербом главным образом по рассказам ученика и сожителя его преподобного Мартиниана.

Подвижник достиг глубокой старости. Но несмотря на то, он не оставлял не только келейного правила и поста, но и служб церковных. Когда он одряхлел и не мог ходить, его водили под руки или возили в храм на Божественную службу — такова была верность преподобного иноческим обетам!