Бояре не понимали, что это значит и что отвечать великому князю. Но тут сам прибавил: «Виноват я перед Богом и перед ним! Забыл свое слово и поступил несправедливо; пойдем же к Живоначальной Троице, к преподобному Сергию и тому игумену, чтобы получить прощение греха».

Вслед за тем Василий освободил боярина и осыпал его милостями, а сам отправился в обитель преподобного Сергия. Услышав, что великий князь приближается к обители, преподобный Мартиниан со всей братией вышел ему навстречу, с радостью благословил своего духовного сына, видя его раскаяние; после молитв в храме преподобный дал ему прощение и сам просил прощения у великого князя. С тех пор Василий Васильевич еще более возлюбил своего духовного отца, ни в чем не оскорблял его, слушал во всем и почитал.

Но жизнь в обители, близкой к столице, тяготила пустыннолюбца, приходившего уже в старость и искавшего безмолвия. Он припоминал слова своего наставника преподобного Кирилла: «Хорошо иноку соблюдать молчание и нестяжательность и избегать всего, что может возмущать душевные чувства». С другой стороны преподобный Мартиниан желал докончить устроение любезной ему Ферапонтовой обители. И вот, несмотря на увещания всей троицкой братии не разлучаться с ними, преподобный собрал своих духовных чад и, преподав им свое последнее поучение, сдал управление монастырем. Потом помолился Пресвятой Троице, облобызал мощи преподобного Сергия и простился со всей братией. Оставив монастырь, преподобный отправился в Ферапонтову обитель. Это было в начале 1455 года.

Сильно обрадовались ферапонтовские иноки возвращению любимого игумена. Они встретили его как своего отца и по случаю его прибытия устроили праздник. Игумен уступал ему свое место, и все братия просили преподобного Мартиниана снова быть их пастырем и руководителем. Но преподобный смиренно уклонялся от их предложения, указывая на свое недостоинство и слабость сил. «Для того, — говорил он, — я ушел из обители преподобного Сергия, чтобы в старости найти покой и безмолвие и оплакивать свои грехи».

И только после неотступной просьбы со стороны игумена и братии согласился он снова принять на себя бремя управления монастырем.

Несмотря на свой уже преклонный возраст, преподобный Мартиниан с прежней ревностью взялся за окончательное устроение любимой им обители. Как купец, вернувшийся из дальних стран, он привез с собою сокровища духовного опыта и старался передать их любимой обители. Ее он устроил отчасти по уставу Кирилловой обители, отчасти же руководясь порядками Троице-Сергиевой лавры. Преподобный хорошо помнил о своем наставнике преподобном Кирилле Белозерском, у которого постригся в отрочестве в первые годы существования Кирилловой обители. И житие преподобного Кирилла написано Пахомием Сербом главным образом по рассказам ученика и сожителя его преподобного Мартиниана.

Подвижник достиг глубокой старости. Но несмотря на то, он не оставлял не только келейного правила и поста, но и служб церковных. Когда он одряхлел и не мог ходить, его водили под руки или возили в храм на Божественную службу — такова была верность преподобного иноческим обетам!

Чувствуя приближение своей кончины, святой старец созвал к себе всю братию, подвизавшуюся с ним, и пред всеми заповедал игумену сохранять предание и устав обители. «Отцы и братия! Поступайте так, как я учил и поступал. Божия же любовь и милость и Пречистая Богородица да будет со всеми вами!» — так закончил свою речь подвижник и затем простился с игуменом и братией. Причастившись Святых Таин, преподобный Мартиниан мирно скончался в воскресенье 12 января 1483 года на 86 году от рождения, прожив в иночестве более 70 лет.

Игумен и братия торжественно погребли честные мощи преподобного близ церкви Пресвятой Богородицы, на левой стороне от алтаря.

Бог, дивный во святых Своих, скоро прославил Своего угодника. Спустя 31 год после кончины преподобного Мартиниана в Ферапонтовом монастыре скончался его ученик и постриженник Иоасаф, бывший архиепископ Ростовский, потом долго живший на покое. Игумен и братия решили похоронить его вблизи преподобного Мартиниана. Сотворив молитву, начали копать могилу, и когда открыли гроб преподобного, то с изумлением увидели, что не только тело, но и одежды святого остались целыми и не подверглись тлению, хотя весь гроб был наполнен водою. Все видевшие это прославили Бога, а некоторые из них, будучи особенными почитателями памяти святого, с верою взяли воды из гроба в свои сосуды на благословение. И не тщетной оказалась их горячая вера. Эта вода послужила источником исцелений. Так, инок Ферапонтовой обители Памва, будучи одержим тяжким недугом всего тела, взял воды из гроба святого Мартиниана и полный веры к преподобному выпил той воды, помазал ею все тело и тотчас выздоровел.

Много и других исцелений было совершено при мощах преподобного Мартиниана. Упомянем некоторые из них.

Поразительное чудо по молитвам преподобного совершилось над иноком Ферапонтовой обители Сильвестром. Много лет от расслабления он не мог не только ходить, но даже и принимать пищу без посторонней помощи. Жалевшие больного иноки, принося ему пищу, сами кормили его. Сильно скорбел Сильвестр о своем недуге, но не терял надежды на помощь Божию: терпеливо молил Господа и Его Пречистую Матерь о том, чтобы получить здравие. В одну ночь, раздумывая о своей болезни, Сильвестр захотел помолиться у гроба преподобного Мартиниана; но боясь, что во внеурочное время его не понесут туда, он обратился с горячей мольбой к святому и пополз к его гробнице, с плачем продолжая свою молитву: «Помилуй меня Господа ради, угодниче Христов, и помолись за меня грешного, чтобы Он показал на мне милость Свою молитвами твоими святыми! Помяни, отче, сколько лет я послужил святыне твоей еще при жизни твоей, сколько лет служил во обители твоей».

Так молился расслабленный и с плачем прикладывал свою голову ко гробу святого. Вдруг он почувствовал себя выздоровевшим; с радостью припал он к раке преподобного Мартиниана; потом на своих ногах вернулся в келлию. Наутро братия, узнав о чудесном исцелении Сильвестра, прославили Бога, даровавшего их обители неоцененное сокровище — святые мощи прп. Мартиниана-чудотворца, неоскудно источающие исцеления всем, с верою приходящих к ним.

Иеромонаху Мартиниану пришлось раз, за отсутствием приходского священника, исповедовать в ближнем селении больного. Мартиниан увидел в доме женщину, дочь этого больного. Она сидела на печи и неистово хохотала. Иеромонах узнал, что женщина больна давно, что она сделалась немой, ничего почти не видит и не слышит, и родственники не знают, что с ней делать. Он посоветовал привезти бесноватую к мощам преподобного Мартиниана. И когда ее привезли, во время молебна она быстро пришла в сознание, подойдя к чудотворцеву гробу, целовала его с плачем и радостью. Ясно было всем, видящим это, что бесноватая исцелилась. Она сказала служащему священнику, тому же Мартиниану: «Вот чудотворец встал из гроба, благословил меня крестом и удалился».