Чувствуя приближение своей кончины, святой старец созвал к себе всю братию, подвизавшуюся с ним, и пред всеми заповедал игумену сохранять предание и устав обители. «Отцы и братия! Поступайте так, как я учил и поступал. Божия же любовь и милость и Пречистая Богородица да будет со всеми вами!» — так закончил свою речь подвижник и затем простился с игуменом и братией. Причастившись Святых Таин, преподобный Мартиниан мирно скончался в воскресенье 12 января 1483 года на 86 году от рождения, прожив в иночестве более 70 лет.

Игумен и братия торжественно погребли честные мощи преподобного близ церкви Пресвятой Богородицы, на левой стороне от алтаря.

Бог, дивный во святых Своих, скоро прославил Своего угодника. Спустя 31 год после кончины преподобного Мартиниана в Ферапонтовом монастыре скончался его ученик и постриженник Иоасаф, бывший архиепископ Ростовский, потом долго живший на покое. Игумен и братия решили похоронить его вблизи преподобного Мартиниана. Сотворив молитву, начали копать могилу, и когда открыли гроб преподобного, то с изумлением увидели, что не только тело, но и одежды святого остались целыми и не подверглись тлению, хотя весь гроб был наполнен водою. Все видевшие это прославили Бога, а некоторые из них, будучи особенными почитателями памяти святого, с верою взяли воды из гроба в свои сосуды на благословение. И не тщетной оказалась их горячая вера. Эта вода послужила источником исцелений. Так, инок Ферапонтовой обители Памва, будучи одержим тяжким недугом всего тела, взял воды из гроба святого Мартиниана и полный веры к преподобному выпил той воды, помазал ею все тело и тотчас выздоровел.

Много и других исцелений было совершено при мощах преподобного Мартиниана. Упомянем некоторые из них.

Поразительное чудо по молитвам преподобного совершилось над иноком Ферапонтовой обители Сильвестром. Много лет от расслабления он не мог не только ходить, но даже и принимать пищу без посторонней помощи. Жалевшие больного иноки, принося ему пищу, сами кормили его. Сильно скорбел Сильвестр о своем недуге, но не терял надежды на помощь Божию: терпеливо молил Господа и Его Пречистую Матерь о том, чтобы получить здравие. В одну ночь, раздумывая о своей болезни, Сильвестр захотел помолиться у гроба преподобного Мартиниана; но боясь, что во внеурочное время его не понесут туда, он обратился с горячей мольбой к святому и пополз к его гробнице, с плачем продолжая свою молитву: «Помилуй меня Господа ради, угодниче Христов, и помолись за меня грешного, чтобы Он показал на мне милость Свою молитвами твоими святыми! Помяни, отче, сколько лет я послужил святыне твоей еще при жизни твоей, сколько лет служил во обители твоей».

Так молился расслабленный и с плачем прикладывал свою голову ко гробу святого. Вдруг он почувствовал себя выздоровевшим; с радостью припал он к раке преподобного Мартиниана; потом на своих ногах вернулся в келлию. Наутро братия, узнав о чудесном исцелении Сильвестра, прославили Бога, даровавшего их обители неоцененное сокровище — святые мощи прп. Мартиниана-чудотворца, неоскудно источающие исцеления всем, с верою приходящих к ним.

Иеромонаху Мартиниану пришлось раз, за отсутствием приходского священника, исповедовать в ближнем селении больного. Мартиниан увидел в доме женщину, дочь этого больного. Она сидела на печи и неистово хохотала. Иеромонах узнал, что женщина больна давно, что она сделалась немой, ничего почти не видит и не слышит, и родственники не знают, что с ней делать. Он посоветовал привезти бесноватую к мощам преподобного Мартиниана. И когда ее привезли, во время молебна она быстро пришла в сознание, подойдя к чудотворцеву гробу, целовала его с плачем и радостью. Ясно было всем, видящим это, что бесноватая исцелилась. Она сказала служащему священнику, тому же Мартиниану: «Вот чудотворец встал из гроба, благословил меня крестом и удалился».

И другая бесноватая Акилина из близлежащего села Сусла получила исцеление от своего недуга молитвами преподобного Мартиниана. Много лет страдала несчастная. Муж и сродники возили ее по обителям, были и в монастыре преподобного Кирилла, наконец, повезли ко гробу преподобного Мартиниана. Когда они достигли монастырских врат, бесноватая завопила и закричала таким страшным голосом, что все ужаснулись и отбежали. Она воспользовалась этим и пыталась бежать. Но сродники и некоторые из монастырских успели ее удержать. Бесноватая билась и кричала, повторяя много раз: «Чернец бьет меня деревом».

Когда Акилину привели ко гробу преподобного и служили молебен, она начала утихать, но произносила все те же слова. Ее уговаривали: «Что ты говоришь? Никто тебя не бьет». Акилина отвечала на это: «Не видели ли вы, как за монастырскими воротами начал меня бить палкой, говоря: «Всегда мимо ворот моих ходите и презираете меня»».

Ее продолжали уговаривать, что никто ее не бил, что не было никакого чернеца. Она же указывала пальцем и говорила: «Вон он пошел!» Подошла ко гробу святого и продолжала: «Уже ушел; на нем была черная одежда».

Присутствующие поняли, что больная видела чудотворца в видении, что он измучил в ней беса и отогнал. Священник благословил ее крестом, и Акилина совершенно выздоровела.

Юноша пскович Стефан Федоров Клещев, по ремеслу среброковач, бродя по своим делам в разных странах, заболел проказою: опроказилась правая рука его. Отяжелев, она сделалась неподвижной, не поднималась и для крестного знамения. Не зная, как избавиться от проказы, Стефан начал усердно молить Бога об исцелении и дал обет ходить по святым местам. Он обошел много монастырей: побывал в обителях Кирилловой и Ферапонтовой и в волости Сяма, где молился перед чудотворной иконой Богоматери; однако не находил даже малейшего облегчения своей болезни. Тогда он оделся в иноческие одежды и, возвратившись в обитель преподобного Кирилла, стал просить игумена Афанасия и старцев, чтобы его приняли в монастырь. Но они, по болезни Стефана, не приняли его: он принужден был поселиться в монастырской странноприимнице вместе с другими больными и прожил здесь недели три. Потом, по совету своих знакомых, Стефан пошел в Ферапонтов монастырь.

В одежде инока предстал он перед игуменом Гурием и усиленно просил его о принятии в обитель. Видя его уже монахом, игумен сдался на мольбы Стефана, тем более, что за него просили некоторые из братии, и, приняв в обитель, поручил его старцу. Прошло с тех пор еще три месяца, а болезнь Стефана не только не ослабевала, но еще более усилилась. Рука его так сгнила, что в четырех местах виднелись кости и невозможно было жить с ним в одной келлии вследствие тяжелого запаха. Сознавая свое бедственное положение и боясь удаления из монастыря, Стефан снова обратился к молитвам. С горькими слезами молился он у раки преподобного Мартиниана, прося чудотворца об исцелении от тяжкого недуга и обещаясь поработать в его обители до конца своей жизни. В то же время, чувствуя угрызение совести в том, что не будучи еще пострижен, он самовольно надел монашеские одежды, Стефан открыл это келарю, который управлял монастырем за отъездом игумена. Келарь, по совету с братией, повелел иеромонаху Симеону постричь Стефана и наречь его Сергием, что тот и сделал.

С тех пор новопостриженный инок никогда не оставлял молитвы к преподобному и за это скоро получил исцеление от своей тяжкой болезни. Однажды Стефан со скорбью пришел ко гробу преподобного Мартиниана и долго молился со слезами, прикладывая свою больную руку к раке святого. И вот в ту же ночь в дремоте он увидел, что кто-то, войдя, толкнул его и сказал: «Встань и молись».