Но тем не кончились страдания преподобного; через пять лет снова потребовали к суду Максима в престольный город; это было уже в 1531 году. Архиепископ Новгородский Макарий, собиравший свои Четьи–Минеи, обратил внимание митрополита на перевод жития Пресвятой Богородицы, сделанный Максимом за десять лет перед тем. В списках сего перевода найдено было много погрешностей. Митрополит открыл новый собор и припомнил прежние обвинения страдальца. С ужасом отвергнул Максим хульные изречения, внесенные в его перевод. «Я так не переводил, — восклицал он, — так не писал и не велел писать, это ложь на меня, я так не мудрствую. Если же кто произносит такие хулы, тот пусть будет проклят». Но его отрицания не приняли и поверили двум лжесвидетелям, которые утверждали, будто слышали неоднократно от самого Максима, когда изъявляли сомнение против его перевода: «так это надобно». Спрашивали еще Максима, почему исключил из службы Троицкой вечерни отпуст и из осьмого члена Символа веры слово «истиннаго»? Преподобный Максим защищался, сколько мог, отвечая, что ничего не приказывал исключать. Касательно же исключения в Символе ссылается на древние рукописи греческие, где вместо «истиннаго» стояло другое слово — «Господа Животворящаго».

Несмотря на то, не освободили узника и даже не разрешили ему приобщения Святых Таин. Изменили только место заключения, назначив ему пребыванием Тверской Отрочь монастырь под строгим надзором Тверского епископа Акакия. Это заключение было легче; епископ, не стесняясь определением соборным, часто приглашал невинного узника в свою трапезу. Большим утешением для него служило то, что он мог читать книги, и он написал себе в утешение слова инока, затворенного в темнице и скорбящего, которыми утверждал себя в терпении: «Не тужи, не скорби, ниже тоскуй, любезная душа, о том, что страждешь без правды, от руки тех, от коих подобало бы тебе приять все благое, ибо ты пользовала их духовно, предложив им трапезу, исполненную Святого Духа, т. е. сказания боговдохновенных песнопений Давидовых, которые перевел я от беседы эллинской на беседу шумящего вещания русского; но паче благодарствуй твоему Владыке и прославляй Его, что сподобил тебя в нынешнем житии привременными скорбями заплатить с лихвою весь долг многих талантов, коими был одержим. Внимай себе, да не помыслишь, что время сие есть время сетования, но паче Божественной радости, да не постраждешь, окаянная, сугубою нищетою, мучимая за свою неблагодарность в настоящем и будущем веке. Если так вооружаешь себя всегда, радуйся и веселися, как повелевает тебе Господь, ибо мзда твоя многа на небесех!»

В 1534 году скончался великий князь, и прп. Максим думал воспользоваться благоприятным временем, чтобы оправдать себя письменно в возведенных на него клеветах. В письменном исповедании он предложил свое верование, вполне православное, и свидетельствовал, что еретическими словами наполнены не те книги, которые им исправлены, но те, которые противники его считали за святыню.

«Поелику некоторые, не знаю почему, не страшатся называть еретиком меня, невинного человека, врагом и изменником богохранимой Российской державы, то праведным и необходимым нахожу отвечать моим клеветникам. Благодатью истинного Бога нашего Иисуса Христа я по всему правоверный христианин и прилежный богомолец Русской державы, если же и не велик в разуме и познании Божественных Писаний, однако послан сюда от всей Святой Горы по прошению и грамоте благоверного великого князя, от которого в течение девяти лет преизобильные получал почести. Повинуясь его повелению, не только перевел я толкование Псалтири с греческого, но и иные боговдохновенные книги, различно испорченные от переписчиков, хорошо я исправил благодатью Христовою и содействием Утешителя Духа, как всем известно.

Не знаю, что случилось с некоторыми враждебно ко мне расположенными, которые утверждают, будто я не исправляю, а только порчу боговдохновенные книги. Воздадут они слово Господу за то, что не только препятствуют богоугодному делу, но и на меня, бедного и невинного, клевещут и ненавидят, как еретика. Я же не порчу священные книги, но прилежно и со всяким вниманием, со страхом Божиим и правым разумом исправляю в них то, что испорчено или переписчиками ненаученными и неопытными, или даже в начале, при их переводе, мужами приснопамятными, но не довольно разумевшими силу эллинских речей. Исправляю не Святые Писания, но то, что в них вкралось от непохвальных описей, от недоумения или забвения древних переводчиков или от многого невежества и небрежения новых переписчиков. Но, быть может, многие противники скажут: великое ты наносишь сим оскорбление воссиявшим в земле нашей чудотворцам. С сими священными книгами благоугодили они Богу в жизни и по преставлении прославлены от Него силой чудодейственной.

Не я буду отвечать им, но сам блаженный апостол Павел, да научит их Духом святым, глаголя: Одному дается Духом слово мудрости, другому слово знания, тем же Духом; иному вера, тем же Духом; иному дары исцелений, тем же Духом; иному чудотворения, иному пророчество, иному различение духов, иному разные языки, иному истолкование языков. Все же сие производит один и тот же Дух, разделяя каждому особо, как Ему угодно (1 Кор. 12, 7–11). Ясно из сего, что не всякому даются вместе все дарования духовные. Исповедую и я, что святые русские чудотворцы по дарованию, им данному свыше, воссияли в земле Русской, и покланяются им как верным Божиим угодникам, но ни различные языки, ни толкование оных не прияли они свыше. Посему не должно удивляться, если от столь святых мужей утаилось исправление многих исправленных мною описей: им ради апостольского их смиренномудрия, кротости и святости жития дано было дарование исцелений и чудес предивных; другому же, хотя и грешен он паче всех земнородных, дарованы разумение и толкование языков и не должно тому дивиться».

«Будь мне свидетелем Господь Иисус Христос, истинный Бог наш, что кроме множества моих согрешений ничего хульного в себе не ведаю о святой христианской нашей вере. Называвшим же меня врагом Русской державы да не вменит Господь Бог такое их согрешение». В заключении умолял отпустить его на святую гору Афонскую, представляя и то, что суд о нем принадлежит не русским епископам, а вселенскому патриарху. Но участь страдальца Максима не изменилась; крамольные бояре, управлявшие государством во дни малолетства Иоанна, заняты были только своими кознями и губили один другого. Недолго пользовался преподобный и снисхождением епископа Тверского Акакия. Пожар, истребивший в 1555 году великолепный храм, созданный в Твери Акакием, подал повод Максиму высказать, по обыкновению своему, правду о жителях Твери и их пастыре, и это возбудило сильное негодование Акакия, который даже огласил такое обличение неправославным.

Между тем умерла правительница Елена, и сам митрополит Даниил после 10-летнего управления Церковью сослан был в заточение в Иосифов монастырь. Страдалец Максим почел долгом примирить с собою совесть изгнанного святителя. Узнав через близкого к себе человека, что Даниил продолжает питать к нему прежнее нерасположение, заклинал его именем Отца Небесного оставить вражду, с глубоким смирением говорил о своей невиновности и в заключение сказал, что обвинение в ереси, которое не перестают против него повторять, есть только действие оскорбленного самолюбия, всегда жестокосердого к другим. Преподобный решился написать еще о своей вере новому митрополиту Иоасафу и на имя бояр слово отвещательное для исправления книг русских, с той же свободой духа свидетельствуя перед ними, что не по лицемерию пишет к ним и не с ласкательством, чтобы получить временную славу и некую отраду в своих бедах.

Новый митрополит старался утешить страдальца милостивым словом, но, будучи сам обуреваем крамольными боярами, не мог облегчить участи невинного узника. «Целуем узы твои, как единого от святых, — писал он преподобному, — но ничего не можем более сделать в твою пользу». Он желал допустить осужденного до причастия Святых Таин, но противники соглашались не иначе, как под предлогом смертной болезни. Гнушаясь примесью обмана к святому делу, Максим не согласился на такое условие и, наконец, к своему утешению, после 13-летнего несправедливого запрещения получил разрешение приступать к Святым Тайнам, когда пожелает. Новый опыт крамолы боярской, низвержение святителя Иоасафа, возбудил в преподобном ревность; презрев собственной опасностью, он изобразил опытной рукой бедственное состояние Русского царства под образом жены, окруженной лютыми зверями, одетой в рубище и сидящей на распутье, ибо бедствия его отечества поражали глубоко душу Максима, так как и радости его были радостями для его сердца.

В 1545 году по предстательству Небесной Владычицы была спасена Москва от несметных полчищ крымского хана нечаянным их бегством, и Максим воспел благодарственную песнь Господу Иисусу за спасение России; а между тем, в уединении своем, изливал скорбь об участи грешной души за пределами гроба, переводя Слово св. Кирилла об исходе души.

Святители восточные не оставались равнодушными к участи долго томившегося на Руси страдальца, и патриарх Вселенский Дионисий и столетний старец Иоаким, патриарх Александрийский, писали в 1545 году к юному царю Иоанну об освобождении страдальца Максима. Особенно умилительно было послание последнего: «Имеем слово и малое прошение изглаголать царствию твоему и молим, да услышишь внятно: тут в земле царства твоего обретается некий человек, инок от святой горы Афонской, учитель православной веры, имя ему Максим. На него, по действу диавольскому и козням злых людей, крепко разгневалось величайшее твое царство и ввергло его в темницы и узы нерешимые, и не может ни туда, ни сюда ходить и учить слову Божию, как даровал ему Бог. Мы слышали о нем и получили писания от многих великих людей, там сущих, и от святой горы Афонской, что тот Максим связанный неправедно связан и пойман от царства и власти твоей. Не творят так православные христиане над нищим, паче же над иноком, и наипаче цари, удостоенные великого смысла и учиненные от Бога праведными судиями, чтобы иметь дверь свою отверстою всем приходящим. Праведно заключить в узы не боящихся тебя, озлобляющих, и вязать хотящих тебе зла, но убогих, наипаче же учителя, каков тот убогий Максим, который наставлял, поучал и пользовал многих христиан в царствии твоем и инде, не подобает неправедно держать и силою оскорблять, ибо воздыхания убогих не погибнут до конца, а наипаче иноков. Неприлично царствию твоему давать веру всякому слову и всякому писанию, к тебе приходящему, без рассмотрения и испытания. Сего ради молим, когда увидишь послание наше, да освободишь вышеписанного инока Максима святогорца и дашь ему всякую свободу идти куда пожелает, наипаче на свое пострижение. Помоги и поспеши ему, сколько Бог положит на сердце твоем, по обычаю похвального твоего царствия, и не хоти посрамить нас в этом. Если послушаешь словес моих, будешь иметь похвалу от Бога, а от нас молитву и благословение. Никогда я не писал к тебе доселе, не просил какого-либо утешения от тебя, не оскорби же меня и в этом и не заставь написать иное послание к царствию твоему, вторичное моление, ибо не престану от таких прошений, доколе не услышит меня великое твое царствие и не даруешь мне сего человека».

Но и это прошение осталось безуспешным. Преподобный, со своей стороны посылая к царю кроткое увещание жить по-христиански, просил преклониться к умиленным его молениям и исполнить праведное прошение о нем святителей. Но подозрительный дух того времени не позволил исполнить подобное прошение: слишком много видел на Руси преподобный, чтобы быть ему отпущенным из России. Наконец, только в 1551 году, после 20-летнего заключения в Твери, троицкий игумен Артемий, друг Максима, с некоторыми добродетельными боярами упросил державного освободить невинного пришельца, и старец, мирно принятый в Москве, с честью вступил в лавру прп. Сергия, но уже он был изможден тяжестью оков и темницы, внутренними скорбями и внешними страданиями и был слаб не только ногами, но и всем телом; однако дух его еще был бодр и способен к высоким созерцаниям.

По просьбе ученика своего Нила, из рода князей Курлятевых, прп. Максим после стольких бурь занялся в уединении лавры Сергиевой переводом Псалтири с греческого на русский язык, несмотря на свои преклонные годы, ибо ему было уже около 70 лет.

Через два года водворения его под сенью прп. Сергия царь Иоанн Васильевич посетил святого старца в его мирной келлии и открыл ему свое намерение совершить богомолье в обитель Кириллову, по данному обету за свое исцеление.