Для непрерывного общения с церквами и наблюдения за их жизнью святитель Николай предпринимал ежегодные пастырские путешествия по Японии. Обычно он объезжал общины со священником, в ведении которого они находятся. Местные христиане задолго до приезда владыки готовятся к встрече своего любимого «дайсимпы» (епископа) и устраивают ему по возможности торжественный прием. После первых приветствий вся процессия — прибывшие и встречающие — направляется в заранее отведенное помещение, где после краткого молебствия преосвященный произносит поучение. Затем просматривает списки крещеных, брачующихся и умерших данной общины. Местные христиане беседуют с епископом: высказывают ему свои предложения, спрашивают его советов и указаний по разным недоуменным вопросам. Иногда к приезду преосвященного приурочивается проповедь для язычников. В таких случаях заранее вывешивается объявление о прибытии в общину «известного проповедника» — епископа Николая. В назначенный час собирается публика и проповедь начинается. Говорят катихизатор, священник и наконец епископ. Речь его обыкновенно длится не менее часа и всегда производит сильное впечатление на слушателей. Иногда речь епископа прерывается возражениями. Если можно разрешить возражение, не нарушая хода мысли, то это сейчас же и делается. Если же нельзя, то возражающего просят подождать до конца. По окончании проповеди говорящий всегда обращается с вопросом: не имеет ли кто-либо из слушателей сделать возражения. Иногда завязывается целый диспут. Большое внимание преосвященного привлекали дети христиан. Справедливо видя в них будущее Церкви, преосвященный везде, где только можно, собирает их к себе, ласково беседует и наставляет их в вере. В каждой общине преосвященный остается дня по два, по три: обойдет непременно все дома христиан, присутствует на их собраниях, поучает, делает различные указания. С утра до глубокого вечера продолжается это архипастырское посещение христиан. Вот наступил вечер; все —— и катихизатор, и священник — разошлись на ночлег. Один епископ не спит; вынул свою записную книжку и тщательно записывает: что где видел, что кому сказал. Кончил записки, приступает к чтению различных сообщений и писем, на многие из которых приходится тут же писать ответы. А завтра опять встает чуть свет, опять отправляется по домам христиан или едет на такой же труд в другое место. И так изо дня в день полвека работал неутомимый труженик! Так трудился он на ниве Христовой. И благодаря таковым трудам его в настоящее время в Японии около 300 православных приходов и около 40 тыс. православных японцев.

Громадный труд употребил святитель Николай в переводе на японский язык Священного Писания и богослужебных книг. И этот труд он один и мог только исполнить. По этому поводу он сам говорил: «Я не из гордости говорю, но по глубокому сознанию, что я действительно теперь могу лучше всякого другого заниматься переводом богослужебных книг. Я знаю русский и славянский языки, знаю и греческий, а потому могу сличать славянский текст с греческими оригиналами; знаю японский и китайский языки и потому могу излагать переводы. Наконец, я имею уже опытность в деле переводов, и потому мне лучше всего сосредоточить все свое внимание на удовлетворении именно этой, самой важной, нужды Церкви». И святитель с великим усердием трудился над этим делом. В течение 30 последних лет, минута в минуту, в шесть часов вечера входил в его келью его постоянный сотрудник по переводам Накаисан, садился рядом с архиепископом на низенький, аршина полтора в квадрате, табурет, на котором лежала подушка, называемая по-японски «забутон», и начинал писать под диктовку архиепископа переводы. Работа эта продолжалась в течение четырех часов и оканчивалась в 10 часов вечера. Откладывалась она только в дни вечернего богослужения и праздников. В часы работы над переводами двери келлии высокопреосвященного были абсолютно закрыты, и входил туда только слуга преосвященного Иван-сан, чтобы подать чаю. «Хотя бы небо разверзлось, — говорил владыка, — а я не имею право отменить занятий по переводу». И святитель перевел на японский почти весь Ветхий Завет, весь Новый Завет, весь круг богослужебных книг (Октоих, Триодь постную и цветную и все другие богослужебные книги), Православное вероисповедание свт. Димитрия Ростовского, Катихизис, Краткую Священную историю и многое другое. В этом случае он один сделал то, чего не смогли бы так сделать десятки других в течение многих лет. Благодаря его трудам на японском языке совершается все православное богослужение во всем его годовом разнообразии, благодаря его трудам Японская Церковь читает слово Божие на своем родном языке.

Кроме сего святитель устроил прекрасную православную библиотеку. «Библиотека Православной Японской Миссии, — пишет собеседник святителя Д. Позднеев, — представляет собою поистине удивительное учреждение. Каким образом архиепископ Николай успел собрать такую чудную коллекцию книг, известно одному Господу Богу! Библиотека эта помещается в специальном здании, построенном со всеми противопожарными приспособлениями, какие только возможны. Одних европейских книг в ней насчитывается свыше 12 тысяч названий, из коих большинство на русском языке, но много также книг английских, французских, немецких. Независимо от этого существуют также особые коллекции книг — японская и китайская. Миссийская библиотека является удивительнейшим доказательством аккуратного и любовного отношения почившего архиепископа к миссийскому делу и к миссийской собственности. Каждая получавшаяся книга не только заносилась им собственноручно в каталог, но после переплета он даже сам наклеивал ярлыки и ставил книги на полку. Библиотека до сих пор в глазах православных японцев составляет как бы святилище, куда доступ разрешается только лицам, преданным научным знаниям и стяжавшим полное доверие архиепископа. До самых последних лет архиепископ собственноручно в назначенные часы выдавал книги из этой библиотеки, собственноручно записывал их в отпускной журнал и собственноручно делал отметки о возвращении. Ясно, что при таком порядке библиотека оставалась и остается в идеальном порядке и сохранности. Только в самое последнее время выдача и получение книг доверяется владыкой ректору семинарии Сэнума».

Основаны владыкой православные японские журналы: «Православный Вестник» («Сэикёо симпоо»), «Православная Беседа» («Сэикёо ёова»), издавались также и другие. Под руководством святителя Николая переведены на японский язык все наши лучшие богословские сочинения, издано много и других книг. Есть богословские православные сочинения, написанные самими японцами.

Все это совершено святителем среди крайней скудости средств, без особенной посторонней помощи, единственно своим упорным, не знавшим отдыха, трудом, твердостью своего железного характера, постом, молитвой и всесильной помощью Божией.

Внутреннее состояние Церкви Японской, созданной святителем, таково. Все православное население разделено на общины, во главе которых стоят священники. Ежегодно архиепископ объезжает эти общины. При посещении каждого прихода община собирала совет, и здесь вместе с архиепископом решали свои дела. Кроме того, в каждой общине периодически происходят собрания, где клир и народ вместе беседуют, молятся, слушают поучения и рассуждают о своих приходских нуждах. Высшей же инстанцией церковного управления являются Соборы. Они собираются ежегодно, попеременно то в Токио, то в Осака в конце июня. Сюда собираются духовенство, катихизаторы и выборные от мирян. Собор собирается в церкви, у амвона для архиепископа и старших священников ставят стол, а прочие садятся на полу. Архиепископ открывает заседание молитвой и поучением; затем читается отчеты о состоянии приходов, решаются важнейшие вопросы по устройству и управлению Японской Церковью, производятся выборы священника, назначаются катихизаторы. О внутреннем состоянии своей Церкви святитель говорил так: «Как в первоначальной Церкви проповедь Христова учения сначала была устной, а потом в помощь и утверждение ей являлась проповедь письменная, так точно было и у нас. В помощь проповеди с первых времен Церкви основалось общество переводчиков, первоначальником которых явился сендайский молодой ученый Савва Хорие; трудами переводчиков образовалась наша уже весьма значительная богословская литература. Явились издатели журналов и писатели, произведения которых составляли порядочную литературу оригинальных сочинений, по преимуществу брошюр. Женская половина нашей Церкви также являет на себе ясные следы попечения Божия о ней. Учащие наших женских школ в главном составе своем суть жены, навсегда и всецело посвятивший себя Богу, те же монахини, кроме монашеского одеяния; без помощи воодушевляющей благодати Божией не возможны такая решимость и такая преданность в служении Божьему делу. Воспитавшиеся под их влиянием ныне жены церковнослужащих или еще девицы везде по церквам ревностно и разнообразно помогают церковному делу, т. е. благочестивые жены Японской Церкви совершают то же служение, которое совершали благочестивые жены Церкви первоначальной. Женское же усердие и искусство украшает наши храмы иконами, как вот эти, что на стенах храма, и как множество других во многих иконостасах провинциальных церквей. Наконец, Господь наш Иисус Христос, Сам воспевший со Своими учениками в Сионской горнице, украсил Свою Церковь таким прекрасным пением, которое мы слышим здесь и которым возбуждается и питается наше молитвенное настроение. Не без Божией помощи наставники и руководители его ведут это дело и все участвующие в нем исполняют его. Отсюда они, вместе с кончающими здесь учение и поступающими в церковную службу, переходят в другие церкви и приносят духовную пользу.

О наших служащих в Церкви вообще я должен сказать следующее.

Что же удерживает их на сей службе, заставляет пренебрегать всеми мирскими благами из-за нее? Что, как не Бог Своим таинственным благодатным внушением! И, кстати сказать, счастливы они, что есть у них в душе то чистое, высокое, к чему может коснуться перст Божий, чтобы разбудить их, возжечь их ревность и делать их светочами для людей».

Но бедность священников и катихизаторов сильно угнетала святителя.

И он не раз обращался к своим христианам с просьбами содержать духовенство самим прихожанам. Вот одно его Окружное письмо к христианам Японской Православной Церкви: «Возлюбленные братья и сестры во Христе, благословение Божие да осеняет всех вас, и да помогает вам и всей Церкви Божией, да возрастет из силы в силу. Господь наш Иисус Христос, посылая Своих учеников на проповедь Евангелия, не велел им заботиться о их пропитании, а сказал им, что служащие и принимающие их будут питать их. Вот слова Господа: жатвы много, а делателей мало… Идите… Не берите ни мешка, ни сумы, ни обуви… В какой дом войдете, сперва говорите: мир дому сему… В доме том же оставайтесь, ешьте и пейте, что у них есть, ибо трудящийся достоин награды за труды свои (Лк. 10, 2–7; Мф. 10, 9–11). Что Господь установил, то всегда исполнялось, всегда и должно исполняться. Служащие проповеди от проповеди должны питаться; вообще, служащие Церкви от Церкви должны получать свое содержание. Но здесь, в Японской Церкви, это еще не вошло в обычай. Чтобы подать пример христианской благотворительности, иностранные христиане до сих пор жертвовали на содержание здешних проповедников Евангелия и всех служащих. Неизвестно, долго ли это продолжится; во всякое время Японская Церковь должна быть готова принять своих служащих на полное свое содержание. Но теперь еще обычное пожертвование иностранных христиан приходит; только с постепенным увеличением числа служащих Церкви и в то же время с постепенным возрастанием цен на все жизненные предметы сделалось это крайне недостаточным; оттого наши проповедники крайне бедствуют. Почти отовсюду христиане просят к себе катихизаторов семейных, и наши катихизаторы почти все семейные. Получают же они от Миссии на свое содержание: катихизаторские ученики — 10 иен (иена — около нашего рубля) в месяц, помощники катихизаторов — 12 иен, катихизаторы — 14 иен, из них самые многосемейные — 16 и иногда 18 иен. Истинно удивляться нужно, как Господь хранит их от голодной смерти, как они со своими семействами питаются, одеваются и имеют все прочее для жизни на такие малые средства. Правда, в некоторых церквах христиане от себя оказывают помощь, но это весьма недостаточно. Так не может продолжаться далее. Возлюбленные братья и сестры! Умоляю вас исполнять заповедь Божию, позаботиться о содержании ваших проповедников. Если мы посеяли в вас духовное, велико ли то, если пожнем в вас телесное (1 Кор. 9, 11), — писал апостол Павел коринфским христианам. Слово его простирается к вам о преподававших вам Евангелие душевного спасения. Помогите им, кто чем может: служащий государству — от своего жалования, купец — от предмета своей торговли, земледелец — от плодов своей нивы, ремесленник — от своих изделий и пр. Кто богат, давай от своего избытка, кто беден, отделяй от скудости своей. И всякий делай это с радостью, в той мысли и в той уверенности, что это руками человеческими приносимая жертва Богу, ибо по Божию повелению и в угождение Богу это делается. Помни всякий, что это будет не только телесная помощь проповеднику, но и духовная: проповедник, получая телесное, одушевляется благодарностью и вящщей любовью к благотворящим и большей ревностью к исполнению своей духовной обязанности, а отсюда произойдет больший успех проповеди и оживление и возрастание Церкви Божией везде, где это будет твориться. Итак, да возгреет Господь Своей благодатью в ваших сердцах ревность к исполнению Его святой воли о проповедующих вам слово спасения. Архиепископ Николай».

В другом письме святитель еще подробнее объясняет необходимость для христиан содержать своих церковнослужителей. «Непременно все смотрите, — пишет он, — на помощь, оказываемую в содержании катихизаторам, как на пожертвование Богу, ибо это действительно есть таковое, как делаемое по повелению Божию и в угождение Богу. Эта уверенность удержит вас от смущения и неохоты жертвовать, если вы увидите, что катихизатор не всегда ревностно исполняет свои обязанности. Да не смущает вас это. Катихизатор ответит Богу за свое небрежение; вы же исполните свой долг, не переставая приносить Богу вашу жертву, и будете иметь похвалу от Бога. Не переставайте приносить Богу раз определенное и обещанное даже тогда, когда по каким-нибудь причинам катихизатора нет в вашей церкви, например, он послан священником временно для проповеди в другое место, или же при распределении служащих церкви, по недостатку катихизаторов, вы оставлены на время без катихизатора. Сделайте для себя обычаем, привычкой обещанное Богу непременно приносить Ему, несмотря ни на какие обстоятельства, — и тогда основание самостоятельности вашей Церкви будет положено; вы перестанете быть, как теперь, в зависимости от иностранной Церкви в постоянном опасении, что при внезапном отнятии от вас посторонней руки помощи ваша Церковь подвергается страшному бедствию потерять всех своих служащих. Считаю уместным продолжить несколько об этом. Устроить содержание служащим Церкви — предмет нелегкий. Трудность его испытывали у всех народов, во всех местах, где возникала Церковь Божия. И нигде не открыто другого лучшего средства содержания служащих Церкви, как добровольными пожертвованиями людей, составляющих Церковь. И никогда, до скончания мира, не будет открыто другого, более совершенного средства, потому что так установил Бог, и не только устным повелением установил, но, когда явился в человеческом образе на землю, Сам же подал пример подчинения сему постановлению. Смотрите, Господь наш Иисус Христос, немногими хлебами чудесно насытивший тысячи народа, Сам со Своими учениками во время Своего земного служения чем питался? Чем содержался? Добровольными приношениями слушавших Его учение. Для чего у учеников Его был ковчежец, в который влагались приношения, употреблявшиеся на нужды Его и апостолов, составлявших в то время число служителей Церкви. Всемогущий Господь мог бы указать сотни и тысячи способов содержания служащих Церкви, и Он указал только одно приношение лиц, составляющих Церковь. И причина сего так ясна, что ее и объяснять много не нужно. Спаситель сказал: где сокровище ваше, там будет и сердце ваше (Мф. 6, 21). Ты жертвуешь на Церковь сокровище твое, быть может, тяжелым трудом добытое тобою; понятно, что вместе с сокровищем твоим идет и сердце твое в жертву Богу; ты непременно и мыслью, и чувством участвуешь в деле Церкви, а не остаешься холодным зрителем его; итак, вместе с твоей материальной помощью катихизатору твоя мысль, твое чувство, твое участливое слово, твоя молитва помогают ему в его служении.

Так ли теперь в Японской Церкви? Нет, не так.

Совсем другое будет, когда христиане материальной помощью, а вместе с тем и сердечным участием и добрым словом и советом примут участие в деле Церкви, а служащие Церкви, отвечая на все это сердечной признательностью и любовью, одушевятся к исполнению своего служения всеми душевными силами».

Сам же святитель все свои личные средства делал достоянием своей юной Церкви. Вот как про это говорит один из японских христиан Кавамото: «Преосвященный Николай служит живым образом миссионерского самоотвержения. Все свои материальные средства он отдает Церкви, покрывая этим недостатки в содержании школ, редакций, проповедников, и при всем том не отказывается жертвовать иногда на разные случайные нужды бедных христиан: на постройки новых молитвенных домов, на обеспечение бедных семейств после пожаров и землетрясений, столь частых в Японии, тогда как сам он лишается первых удобств жизни. Нам лично приходилось встречать его дома одетым подобно какому-нибудь пустыннику, в грубом, даже местами заплатанном подряснике или же на улице идущего пешком, с одной тростью в руке».