Как видно из Устава Успенского собора 1634 года, здесь особо чтилась память патриарха Ермогена. По патриархе, как по «новом исповеднике», после Фоминой недели совершалась «безпереводно», «по вся годы» «всем собором панихида большая и вечная память большая», а после панихиды в палатах государя для патриарха, освященного собора и властей была поминовенная трапеза. Восхваляя митрополита Новгородского Никона за самоотверженное усмирение бунта в Новгороде в 1650 году, царь Алексий Михайлович между прочим пишет Никону: «Ты, богомолец наш, исполнял Господню заповедь… ревнуя прежнему святителю и хвалы достойному новому исповеднику, Ермогену патриарху». Ими патриарха Ермогена встречаем и в древних списках святых или в списках тех усопших, которые хотя не чтились как святые, но признавались таковыми.

Спустя 40 лет после мученической кончины патриарха Ермогена, в феврале 1652 года, «повелением великого государя царя Алексия Михайловича принесоша честныя и многострадальныя мощи новаго исповедника Ермогена патриарха из Чудова монастыря в соборную церковь Успения Пресвятыя Богородицы». Когда раскрыли могилу патриарха, то в распавшемся гробе останки первосвятителя оказались «целы, нетленны и благоухание испущающи». Их переложили в новый гроб, который поставили под каменным надгробьем, сверх пола Успенского собора, подле медного шатра Ризы Господней, в юго-западном углу храма. В 1812 году мощи патриарха Ермогена были выброшены французами из гробницы на пол собора, где их и нашли по уходе неприятеля сияющими нетлением. Во время приготовления к коронации императора Александра III, при реставрировании Успенского собора, со стены сорвался камень и пробил надгробие и самый гроб патриарха Ермогена, в котором мощи святителя оказались в состоянии нетления.

Так в течение трех столетий из поколения в поколение передавалась память о патриархе Ермогене как святителе-мученике и росла народная вера в него как печаловника и молитвенника за землю Русскую у Престола Вседержителя. В тяжкие годы отеческих бедствий молитвенная мысль народа обращалась к памяти героя-патриарха. Шли русские люди к его гробнице и со своими личными скорбями, в недугах и болезнях благоговейно призывали на помощь святого Ермогена, веруя в него как в теплого молитвенника и предстателя пред Господом. И Милосердный Господь не посрамил этой веры. У гроба святителя Ермогена по его молитвенному предстательству совершились и совершаются обильные чудотворения. В слове, произнесенном в Московском Успенском соборе 11 мая 1913 года во время последней заупокойной литургии по Святейшем Патриархе Ермогене, проповедник утверждает: «Если бы я захотел здесь только перечислить все известные нам и строго проверенные случаи чудесных исцелений по молитвам святителя, то и для этого не достало бы времени повествующу.

А потому, — говорил он, обращаясь к слушателям, — сообщу только два-три наиболее поразительных факта, и вы несомненно убедитесь, что здесь нет места случаю, что нельзя объяснить чудесных исцелений простым естественным путем, что приходится с изумлением и страхом признать чудодейственность благодати Божией, изливающейся по молитвам Ермогена на страждущие и верою пламенеющие души народные».

Вот жена некая (московская мещанка Елена Жалуболина), страдающая в течение многих месяцев болезнью ног настолько, что и двигаться без посторонней помощи не может, с большим трудом вводится родными в Успенский собор, слезно молится за панихидой у гробницы патриарха Ермогена и тотчас же получает возможность ходить без посторонней помощи и со слезами благодарит Господа за свое чудесное исцеление.

Вот шестнадцатилетняя девица (Елена Кашаева), дочь состоятельных родителей, лечится от мучительного хронического насморка и соединенной с ним постоянной головной боли у всех известных врачей Москвы и Петрограда; четыре раза ей делают операции, а облегчения все нет и нет. 23 марта 1911 г. привозит наконец больную девушку ее верующая мать в Успенский собор, просит отслужить панихиду у гробницы святого Ермогена, берет из лампады, горящей над этой гробницей, святого масла, дома на ночь намазывает этим маслом больной нос (дочери), и наутро 24 марта девушка делается совершенно здоровой.

А вот и еще более поразительный случай чудесного исцеления по молитвам угодники Божия некой жены (А. М. Гаух), бывшей уже прямо на краю могилы. В апреле 1911 года она заболевает воспалением сердечной оболочки и расширением аорты и помещается родными в частную лечебницу (Цандеровскую на Петровке, в Москве), где и пользуется прекрасным уходом и постоянной помощью врачей (доктора Мамонтова и др.). Но и при таких условиях болезнь все прогрессирует: сердечные припадки все учащаются и больная впадает в беспамятство. В конце второй недели после помещения в лечебницу положение больной настолько ухудшилось, что доктора признали его безнадежным: у больной посинели ноги, дыхание стало прерывистым и началась уже предсмертная агония. По желанию близких был приглашен приходской священник для прочтения «отходной» над умирающей. Как только священник начал читать положенные молитвы, больная вдруг приподнялась и сложила руки, как бы под благословение. Окружающие были страшно изумлены и почувствовали, что происходит что-то таинственное. И вот что поведала им пришедшая в себя больная: «Я увидела приближающегося старца, в котором узнала святого патриарха Ермогена, перед гробницей которого часто и усердно молилась я, бывая в Успенском соборе. Подойдя ко мне, святитель сказал: «Молись великому святителю Православия — Святейшему Патриарху Ермогену, ты исцелена и спасена Господом Богом» — и трижды благословил меня».

Очнувшись от сего чудного видения, больная почувствовала себя намного лучше и стала быстро поправляться. Доктора, лечившие ее, сначала объясняли это улучшение положения болящей только временным нервным подъемом сил, но затем, видя ее окончательное выздоровление, признали, что спасти бывшую на краю могилы больную могло только чудо. По выздоровлении своем исцеленная прямо из больницы в сопровождении своего доктора приехала в Успенский собор, чтобы молитвенно возблагодарить святителя Ермогена за свое исцеление.

Настали юбилейные 1912–1913 гг., когда православные русские люди и мыслью, и чувством перенеслись в далекое прошлое — к ужасной смуте, пережитой их предками 300 лет назад. Из туманной дали минувшего все яснее и яснее выступал величавый образ святителя Ермогена — истинного архипастыря, по завету Пастыреначальника Христа положившего душу свою за врученную ему Господом паству. Созерцая в сумраке времен подвиги чистого житием святителя, неутомимого борца за сокровище Русской земли — Христову веру, мудрого книжника, песнотворца, нищелюбца, богомольца и страдальца за родину, ныне молитвенника и чудотворца, сыны Православной Русской Церкви, и среди них преимущественно жители Москвы, которым особенно близок первосвятитель, не могли не придти к сознанию, что «настало лето благоприятное, приспел день светлого торжества для общецерковного исповедания святителя — мученика и чудотворца». Почитатели его памяти через Московского митрополита Макария обратились к Святейшему Синоду с ходатайством о причтении Святейшего Патриарха Ермогена к лику святых Божиих как великого молитвенника за Русь Православную. Представив это ходатайство на благоустроение Святейшего Синода, митрополит Московский приложил и книгу с записью проверенных исследованием чудесных знамений у гробницы Святейшего Патриарха Ермогена.

«Святейший Синод, — говорит Деяние Святейшего Синода 14 апреля 1913 года, —

Посему Святейший Синод в полном убеждении в истинности и достоверности таковых чудес, по молитвам святителя Ермогена совершающихся, воздав хвалу дивному и славному во святых Своих Господу Богу, присно благодеющему твердой в праотеческом Православии Российской державе и ныне, в дни благословенного царствования Государя Императора Николая Александровича, благоволившему явить прославлением сего великого иерарха Церкви Российской новое и великое знамение Своих благодеяний православному народу русскому, подносит Его Императорскому Величеству всеподданнейший доклад, в котором изложил следующее свое решение: 1) мученически скончавшегося Святейшего Всероссийского Патриарха Ермогена признать в лике святых, благодатью Божией прославленных, оставив всечестные останки его под спудом на месте их упокоения; 2) торжественное прославление святителя приурочить к воскресенью, 12 мая сего года, поручив сие совершить первенствующему члену Святейшего Синода преосвященному митрополиту Санкт-Петербургскому Владимиру совместно с преосвященным митрополитом Московским и другими постоянно прибывающими в Москве и нарочито для сего туда имеющими прибыть по своему желанию иерархами; 3) над местом погребения прославляемого угодника Божия устроить особое надгробие и поставить над ним находящийся вблизи места погребения святителя шатер, устроенный усердием и иждивением родоначальника царствовавшего ныне Дома царя Михаила Феодоровича Романова; 4) службу святителю Ермогену составить особую, а до времени составления таковой, после дня прославления памяти его, отправлять ему службу общую святителям, память же его праздновать как в день мученической кончины его — 17 февраля, так и в день торжественного прославления его — 12 мая; 5) на службах церковных при возглашении имени патриарха Ермогена именовать его святителем и 6) объявить о сем во всенародное известие от Святейшего Синода.

На всеподданнейшем докладе о сем Святейшего Синода Государь Император в 4-й день сего апреля соизволил собственноручно начертать: «Прочел с чувством истинной радости»».

Ко дню торжественного прославления памяти святителя Ермогена в Москву начали стекаться богомольцы из разных мест Православной России. С раннего утра до позднего вечера народ шел, выстаивая продолжительную очередь в Успенский собор, который не мог вместить сразу всех желающих помолиться у гробницы патриарха. Почти безостановочно здесь служились панихиды по святителе Ермогене. Переполнено было народом и подземелье в Чудовом монастыре, под Михайловским собором — место кончины святого Ермогена. Подземелье обращено в храм во имя новопрославленного угодника Божия. Самое место заключения святого Ермогена находится в левой стороне от алтаря, в северо-восточном углу подземелья, и представляет собою маленькую комнатку с крошечным оконцем вверху, с железной решеткой.

10 мая в 6 часов вечера с колокольни Ивана Великого, а за ним и во всех церквах Москвы начался благовест к последнему заупокойному бдению по Святейшем Патриархе Ермогене. В Кремле не только Успенский собор, но и самая площадь около собора была переполнена богомольцами. Заупокойное всенощное бдение, «парастас», в соборе совершал первенствующий член Святейшего Синода митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир в сослужении Макария, митрополита Московского и Коломенского, одного архиепископа, пяти епископов, с двадцатью архимандритами и соборным духовенством. Все священно- и церковнослужители были в белых облачениях. К началу богослужения в собор прибыли Ее Императорское Высочество великая княгиня Елизавета Феодоровна, Его Высочество князь Иоанн Константинович, Обер-прокурор Святейшего Синода В. К. Саблер и другие высокопоставленные лица. «Как только присутствующие в соборе, — пишет на страницах «Церковных Ведомостей» очевидец настоящего торжества, — услышали ектению об упокоении приснопамятного раба Божия Святейшего Патриарха Ермогена, трогательное чувство охватило многих… Приятно и сладостно было помолиться в последний раз о упокоении души того, к которому — пройдет немного времени — будут прибегать с молитвой, прося помощи и заступничества пред Богом».