«Отче, — сказал поселянин, — нам всегда приходится ездить в Переяславль на торг с разными плодами и скотом около этого места, и мы спешим попасть в город пораньше, задолго до рассвета. Не один раз я видел на божедомье необычайный свет, слыхал шум точно от какого-то пения, и ужас напал на меня при проезде этими местами. Вспоминая, что многие из наших родных покоятся в скудельницах, я думал: наверно, это они требуют поминовения. Но не знаю, что делать: на этом пустынном месте нет ни церкви, ни живых людей. Отче, помолись обо мне, чтобы Господь избавил меня от страшного видения, и поминай родителей наших на этом месте, как Бог умудрит тебя».

С этими словами поселянин также передал старцу сто серебряных монет. Даниил со слезами на глазах воздал хвалу Господу Богу, что Он через трех людей послал ему триста сребреников, и приступил к построению церкви над скудельницами.

Прежде всего надо было решить, во имя кого строить храм. Многие по этому поводу давали свои советы, но более других пришлась по душе Даниилу мысль Горицкого священника Трифона (позднее постриженного в монахи с именем Тихона); он сказал подвижнику: «Следует на божедомье поставить церковь во имя Всех святых, от века Богу угодивших, так как ты хочешь творить память о душах весьма многих людей, которые упокоены в скудельницах; если среди усопших окажутся угодники Божии, то и они причтутся к сонму всех святых и будут заступниками и покровителями храма Божия».

Подвижник, не любивший доверяться одному своему разумению, охотно последовал благому совету Трифона и прибавил от себя: «Да и тот безвестный странник, который мне говорил: «дядюшка», если он воистину угодник Божий, со всеми святыми будет призываться в молитвах. А он ведь главный виновник того, что я стал размышлять о построении церкви: с тех пор, как я положил его в скудельнице, необыкновенно разгорелось во мне желание создать храм на божедомье». Преподобный решил построить всего одну церковь над скудельницами и призвать к ней белого священника с пономарем.

Отправившись на реку Трубеж (где стояло много плотов), чтобы приобрести бревна для церкви, Даниил встретился с престарелым купцом Феодором, который был переселен из Новгорода в Переяславль при великом князе Иоанне III в 1488 году. Приняв благословение от подвижника, купец спросил: «Для какой надобности, отче, ты покупаешь эти бревна?» — «Имею в виду, если угодно будет Господу, воздвигнуть на Божедомном месте церковь». — «Там будет монастырь?» — «Нет, будет одна церковка и при ней белый священник с пономарем». — «Следует на том месте быть монастырю; да и меня, отче, благослови купить бревенец, чтобы поставить себе на божедомье келлийку, там постричься в монашество и провести остаток дней своих».

Феодор, действительно, был потом пострижен с именем Феодосия и с усердием нес все тяготы иноческой жизни. И многие другие горожане и поселяне, купцы, ремесленники и земледельцы понастроили себе, по примеру Феодора, келлий и, с благословения Даниила, приняли пострижение. Так, помощью Божией, над скудельницами возник целый монастырь в лето от Рождества Христова 1508-е. Когда церковь во имя Всех святых была окончена, на освящение ее (15 июля) из города Переяславля и окрестных сел сошлось множество священников и всякого мирского люда со свечами, ладаном и милостынею, и была великая радость, что на опустелом месте устрояется святая обитель. Вместе с храмом во имя Всех святых поставлена была трапеза с церковью во имя Похвалы Пресвятой Богородицы. Даниил избрал игумена, призвал двух священников, диакона, пономаря и просфорника, и началось каждодневное совершение Божественной литургии. Заботами подвижника церкви украсились святыми иконами чудного письма; на монастырских вратах также были поставлены иконы хорошей работы; приобретены были книги и другая богослужебная утварь. У каждой скудельницы Даниил поставил высокие кресты и у подножия их часто стали совершаться панихиды всею служащею братиею обители. Когда от долгих лет изветшала клеть над скудельницами, где полагали усопших до их предания земле и где находили приют люди бездомные, — оказалось, что нет денег на построение новой. Преподобный обратился к упомянутому священнику Трифону: «У тебя есть клеть для жита, уступи ее мне». Трифон, думая, что подвижник хочет ссыпать хлеб, уступил клеть Даниилу, а старец поставил ее над скудельницей вместо старой. Немало дивился Трифон бескорыстию преподобного и его безграничной заботливости о упокоении странников и погребении умерших.

Преподобный, живя в Горицкой обители, всякий день ходил в монастырь, им устроенный: посещал игумена и братию и поучал их свято хранить монастырский чин и украшать себя добродетелями. Подавая добрый пример новосозванным инокам, Даниил строил для братии келлии своими руками и распахивал небольшое поле по соседству с монастырем. Без сел и имений пребывали эти иноки, снискивая себе пропитание рукодельем, какое кто знал, да принимая милостыню от христолюбцев. Но находились жестокие люди, которые были не прочь покорыстоваться от обители и поживиться на счет ее трудов. Недалеко от устрояемого Даниилом монастыря было село Воргуша, которым владели немецкий выходец Иоанн с женой Наталией. Наталия, женщина свирепая и бесстыдная, вместе с Григорием Изъединовым, почувствовали сильную вражду к преподобному и стали укорять его: «На нашей земле, — говорили они, — поставил монастырь и распахивает поле и хочет захватить наши земли и села, которые близко подходят к монастырю».

Наталия, скача на коне, вместе со слугами, вооруженными кольями, отгоняла Даниила с трудниками от пашни и не давала им выходить из монастыря на полевые работы. Преподобный кротко сносил брань и укоры, утешал братию и молил Бога, чтобы Он смягчил сердца враждующих с монастырем, Наталию же с Григорием увещевал не обижать братии и не злобствовать на новоустрояемую обитель. С течением времени кротость преподобного победила ярость соседей: они образумились, просили у старца прощения и никогда больше не враждовали с ним.

Не всегда был мир и в монастыре, который с беспредельной любовью и самоотвержением строил преподобный. Кое-кто из братии роптали на Даниила, говоря: «Мы ожидали, что ты соорудил обитель, собрав довольно имущества, а теперь нам приходится одеваться и питаться, как попало; не знаем, на что решиться: уйти назад в мир, или же ты промыслишь как-нибудь о нас?»

Преподобный утешал ропотников: «Бог Своим неизреченным промыслом все устрояет на пользу людям; потерпите немного: Господь не оставит места этого и пропитает вас, не по моей воле устроился здесь монастырь, а по велению Божию. Что я могу сделать? Как позаботиться о вас? Господь же милосердый может все устроить и при моей жизни, и после моей смерти».

То, что было у Даниила в запасе, он немедленно раздал жалобникам и успокоил их недовольство. Но эти жалобы наполняли его душу скорбью и сомнениями: он уже хотел прекратить дальнейшее устроение обители и удалиться в Пафнутьев монастырь.

«Не по моему хотению, — грустил подвижник, — начал строиться монастырь: у меня и в мыслях этого не было; я желал одного — воздвигнуть церковь и вверить ее Промыслу Господню и царскому попечению, а самому почить от трудов и предаться безмолвному житию. По Божьей воле началось это дело, на нее я и оставлю его: как угодно Господу, так пусть и будет! Если бы я сам думал строить монастырь, то и жил бы в нем; а я живу под началом Горицкого архимандрита и не состою пастырем новособранного стада».

О мысли преподобного оставить начатое дело построения обители узнала мать его и стала увещевать сына: «Какая польза, дитя мое, что ты хочешь оставить начатое строение, опечалить братию обители, порвать свой союз с нею и огорчить меня, близкую к смерти. Совсем не думай об этом, заботься о монастыре, сколько хватит сил, а скорби, какие будут выпадать тебе на долю, принимай с благодарностью, и Господь не оставит тебя с твоей обителью. А когда Бог возьмет меня из этой жизни, ты и мое грешное тело положишь в своем монастыре».

При этом мать дала Даниилу сто серебряных монет и полотно, которым велела покрыть себя при погребении. Мало-помалу бедность монастыря стала уменьшаться, а число братии прибавилось. Преподобный часто посещал братию монастыря и поучал их со вниманием относиться к своей душе; правило для церкви и келлии он налагал нетрудное, однако никому не давал разлениться.