Наталия, скача на коне, вместе со слугами, вооруженными кольями, отгоняла Даниила с трудниками от пашни и не давала им выходить из монастыря на полевые работы. Преподобный кротко сносил брань и укоры, утешал братию и молил Бога, чтобы Он смягчил сердца враждующих с монастырем, Наталию же с Григорием увещевал не обижать братии и не злобствовать на новоустрояемую обитель. С течением времени кротость преподобного победила ярость соседей: они образумились, просили у старца прощения и никогда больше не враждовали с ним.

Не всегда был мир и в монастыре, который с беспредельной любовью и самоотвержением строил преподобный. Кое-кто из братии роптали на Даниила, говоря: «Мы ожидали, что ты соорудил обитель, собрав довольно имущества, а теперь нам приходится одеваться и питаться, как попало; не знаем, на что решиться: уйти назад в мир, или же ты промыслишь как-нибудь о нас?»

Преподобный утешал ропотников: «Бог Своим неизреченным промыслом все устрояет на пользу людям; потерпите немного: Господь не оставит места этого и пропитает вас, не по моей воле устроился здесь монастырь, а по велению Божию. Что я могу сделать? Как позаботиться о вас? Господь же милосердый может все устроить и при моей жизни, и после моей смерти».

То, что было у Даниила в запасе, он немедленно раздал жалобникам и успокоил их недовольство. Но эти жалобы наполняли его душу скорбью и сомнениями: он уже хотел прекратить дальнейшее устроение обители и удалиться в Пафнутьев монастырь.

«Не по моему хотению, — грустил подвижник, — начал строиться монастырь: у меня и в мыслях этого не было; я желал одного — воздвигнуть церковь и вверить ее Промыслу Господню и царскому попечению, а самому почить от трудов и предаться безмолвному житию. По Божьей воле началось это дело, на нее я и оставлю его: как угодно Господу, так пусть и будет! Если бы я сам думал строить монастырь, то и жил бы в нем; а я живу под началом Горицкого архимандрита и не состою пастырем новособранного стада».

О мысли преподобного оставить начатое дело построения обители узнала мать его и стала увещевать сына: «Какая польза, дитя мое, что ты хочешь оставить начатое строение, опечалить братию обители, порвать свой союз с нею и огорчить меня, близкую к смерти. Совсем не думай об этом, заботься о монастыре, сколько хватит сил, а скорби, какие будут выпадать тебе на долю, принимай с благодарностью, и Господь не оставит тебя с твоей обителью. А когда Бог возьмет меня из этой жизни, ты и мое грешное тело положишь в своем монастыре».

При этом мать дала Даниилу сто серебряных монет и полотно, которым велела покрыть себя при погребении. Мало-помалу бедность монастыря стала уменьшаться, а число братии прибавилось. Преподобный часто посещал братию монастыря и поучал их со вниманием относиться к своей душе; правило для церкви и келлии он налагал нетрудное, однако никому не давал разлениться.

Среди иноков были тогда люди простые, больше всего из поселян; между ними находился и один брат, который сильно желал рассказать Даниилу чудесное явление, но по простоте своей робел и не решался. Подвижник понял намерение брата и спросил его: «Какое у тебя дело ко мне? Не стыдись, расскажи, брат». Простец ответил: «Не смею, отче, как бы братия не назвали меня клеветником». Преподобный сказал ему: «Не бойся, чадо, я никому не объявлю о том, что ты мне сообщишь». Тогда брат начал речь: «Накажи, отче, здешнего пономаря, так как он расточает твое достояние, и я думаю, будет большой ущерб тебе и монастырю, потому что он не бережет церковного имущества. Как-то я не спал ночью, глядел в окно из келлии на монастырь и видел большой огонь: думая, что начался пожар, я пришел в ужас. Но, осмотревшись, заметил, что отворена церковь, и в ней горит бесчисленное множество свеч: они прилеплены к стенам с одной стороны и с другой, изнутри и снаружи, и даже паперти были наполнены ими. Также и скудельница вся изнутри и снаружи, с обеих сторон, была облеплена свечами, и по всему монастырю горело множество огней. Самого пономаря я не видел, но ключи церковные обычно хранятся у него; ему поручены все свечи и, кроме него, кто может устроить это, когда нет ни людей, ни пения церковного? Ты, отче, запрети ему делать это, а на меня не сказывай». Даниил ответил брату: «Если бы ты пребывал в лености и спал, не удостоился бы видеть такого чудного явления. И впредь, брат, делай также, всегда упражняйся в молитве, и увидишь больше этого, а я усовещу пономаря и тебя не выдам».

Даниил наставил брата душеполезными словами и отпустил в келлию, а сам воздал слезное благодарение Господу, что Он открыл простецу, ради его великого подвига, благодать света, озаряющую души праведников, которые упокоились в новосозданной обители.

О подобном же сиянии рассказывал Даниилу и монах Исаия, прежде бывший в миру священником, хромой на одну ногу. «Однажды я не спал ночью, отяготивши себя питьем (и это говорил он притворно, чтобы сокрыть свой духовный подвиг) и вышел из келлии в сени, чтобы прохладиться, отворил двери на монастырь и видел от церкви необыкновенный свет, который озарял всю обитель; церковь была отворена, внутри и вне ее горело множество свеч и большое число священников пело и совершало каждения внутри храма и около него, а также и в скудельнице (которая тогда была в монастыре); они окадили весь монастырь, так что запах фимиама наполнивший обитель, дошел и до меня грешного».

Даниил дивился столь чудному явлению и возблагодарил Господа. В первой четверти XVI века из монастыря, основанного преподобным Кириллом Белозерским, в Данилов прибыл священноинок Тихон, родом переяславец, ранее бывший священником при церкви святого Владимира, а позднее епископом города Коломны. Проживая в Даниловой обители, Тихон начал утверждать в братии правило церковное и келейное по примеру великих подвижников из Заволжских монастырей. Одни из братии последовали новым обычаям, другие же, частью по старости, частью от простоты сердечной, не могли подчинить себя им и подвизались по мере сил своих. Тихон же требовал, чтобы правило совершалось у него на глазах: кто не мог сделать десяти поклонов, тому предписывалось положить сто и более; кто был не в силах исполнить тридцати, получал приказание совершить триста. Немощные из братии приуныли, не зная как им быть, и с плачем обратились к Даниилу, чтобы он вывел их горького положения. Преподобный похвалил нововведение Тихона и не велел роптать на него.

«Кто эти законоположения выполнит без возражений, получит великую пользу душе своей». А Тихону сказал: «Надобно строгие правила налагать на людей сильных, по заветам Великого Пахомия, а немощным и не привыкшим к чрезмерным трудам предъявлять более слабые требования. Братия этой обители — из старых поселян и не привыкли к подвигам совершенных иноков. Проведши всю жизнь в простых обычаях и вступив в монахи с надломленными силами, они не могут вести себя как опытные подвижники: их добрые намерения, воздыхание сердечное, пост и молитва пред лицем Божиим заменят подвиги монахов, известных строгим соблюдением тяжелых иноческих уставов».

Скоро после этого Тихон ушел в Чудов монастырь в Москве.

Когда Горицкий архимандрит Исаия остарел, и ему было не под силу управлять монастырем, он оставил архимандритство и удалился на место своего пострижения — в Пафнутьев монастырь. Братия стали молить преподобного Даниила, чтобы он взял на себя начальствование в обители, так как он был всем угоден и все желали иметь его своим пастырем и наставником. Но напрасны были просьбы братии: преподобный не соглашался принять начальство над монастырем. Тогда было отправлено посольство в Москву к Челядниным, которые пригласили к себе преподобного и упросили его принять архимандритство в Горицкой обители, близкой сердцу названных бояр. Вынужденный на то, чего в душе не желал, Даниил сказал Челядниным: «Да будет вам известно, что хотя вы и принудили меня сделаться архимандритом, но не до конца я останусь в этой должности».