Ужасное и тяжкое то было время для Русской земли — время, которое русский народ в своей памяти прозвал «лихолетьем». Москва была в руках поляков. Народ страдал от зверства польских и казацких шаек. Толпы русских людей обоего пола нагие, босые, измученные бежали к Троицкой обители, как к единственной, выдержавшей напор врагов, надежной защите. Одни из них были изуродованы огнем, у иных вырваны на голове волосы; множество калек валялось по дорогам; у тех были вырезаны ремни кожи на спине, у других отсечены руки и ноги, у иных были следы ожогов на теле от раскаленных камней. Всеми путями стремились беглецы к дому Живоначальной Троицы, и не было числа слезам; измученные, изломанные просили отцов духовных. Вся обитель Святой Троицы преисполнилась умиравшими от наготы, глада и ран; не только по монастырю лежали они, но и в слободах, и в деревнях, и по дорогам, так что невозможно было всех исповедать и приобщить Святых Таин.

Видя сие, архимандрит Дионисий решился употребить на доброе дело всю монастырскую казну. Со слезами молил он келаря, и казначея, и всю братию, чтобы соболезновали и сострадали несчастным во всех их нуждах. «Любовь христианская, — говорил он, — во всякое время помогает нуждающимся, тем более надобно помогать в такое тяжкое время». Келарь и братия со слугами отвечали с грустью безнадежно: «Кто, отец архимандрит, в такой беде с разумом соберется? Никому тут невозможно промыслить, кроме Единого Бога». Но Дионисий со многим рыданием опять говорил: «В таких-то искушениях и нужна твердость. От осады большой Бог избавил нас молитвами Владычицы нашей и великих чудотворцев, а ныне, за леность нашу и за скупость, может нас и без осады смирить и оскорбить». Умилились от плача его келарь, и братия, и слуги и стали просить совета в своем недоумении. Дионисий так начал молить всех: «Покажите в этом милость свою, государи мои, келарь и казначей, и вся братия святая! Пожалуйте, меня послушайте: видели все, что Москва в осаде, а люди литовские во всю землю рассыпались, у нас же в монастыре людей хотя и много, но мало ратных и умеющих, и те погибают от цинги, от голода и от ран; мы, государи, обещали в иночестве умереть, умереть, а не жить. Если в таких бедах не будет у нас ратных людей, то что будет? Итак, что у нас есть хлеб ржаной и пшеница и квасы в погребе, все отдадим, братии, раненым людям, а сами будем есть хлеб овсяный, без кваса, с одной водой, и не умрем. Пусть каждый делает все, что может для других, а дом Святой Троицы и великих чудотворцев не запустеет, если только станем молить Господа нашего, чтобы подал нам разум». Приятен был всем совет сей и тверд, слез его ради.

И вот закипела деятельность. Преподобный Дионисий посылал монахов и монастырских слуг подбирать несчастных по окрестностям, привозить в монастырь и лечить. Прежде всего, по благословению архимандрита Дионисия, начали монастырской казной строить дома деревянные для болящих и бесприютных и нашлись для них врачи. И повелено было ратных людей лечить и успокаивать их лучшей доброй пищей братской. В то время молитвами Дионисия было умножение муки в хлебне, ради великого чудотворца Сергия. Во все сие время не плакал, не просил себе милости у сего великого светильника; все со смиренномудрием вкушали только немного овсяного хлеба и то однажды в день, а в среду и пяток вовсе ничего не ели.

«Я и сам грешный, — пишет соборный ключарь Иоанн, — сколько на памяти моей постригал, причащал и погребал, вместе с братом моим Симоном: до четырех тысяч погребли мы мертвецов и, как теперь помню, что в один день похоронили в срубе на Клементьеве, у Николы Чудотворца, 960 человек, да в другом убогом доме — 640, и на Терентьевой роще — 450. Со священником Иоанном ходили мы по окрестным слободам и, по воле Дионисиевой, сосчитали, что в 30 недель погребли более трех тысяч, да зимою и весною погребал я всякий день тех, которые не хотели быть положены в убогих домах и ежедневно случалось до шести и более похорон, а в одной могиле никогда не клали по одному человеку, но не менее трех, а иногда и до пятнадцати; все сие беды продолжались полтора года».

По благословению св. Дионисия, как скоро обретали обнаженного мертвеца, тотчас посылалось все нужное для погребения; приставы ездили на конях по лесам смотреть, чтобы звери не съели замученных от врагов, и если еще кто был жив, привозили в странноприимницы, а которые умирали, тех худые одежды раздавали бедным: женщины шили и мыли беспрестанно рубашки и саваны, за что их довольствовали из монастыря одеждой и пищей. Келейник Дионисия, старец Дорофей, днем и ночью разносил от него больным и раненым полотенца и деньги. Такое пособие лавра оказывала страждущим все время, пока Москва боролась с поляками. Келарь Симон полагает, что за это время одних умерших было более 7000 и до 500 оставшихся при лавре в разных службах: можно по этому судить как велико было число всех, воспользовавшихся пособиями от обители.

Если праведным судом Господь и наказал нас во время осады, замечает писатель жития, то не обогатил ли нас потом сугубо Своею благодатью, как это видимо ныне всем человекам. Сколькими богатствами расширил Он и украсил селение славы Своей, обитель Пресвятой Троицы, молитвами великого чудотворца Сергия. Господь восставил, как некогда Иосифа на прокормление Египта и Товию праведного в Вавилоне, сего дивного мужа Дионисия, через которого многие сподобились получить благой конец с напутствием.

Но этого было мало для святой души Дионисия: его любящее сердце томилось страданиями всей Русской земли. Великий имел он подвиг, усердно молясь о избавлении царствующего града; во все полтора года, когда была в осаде Москва, непрестанно и в церкви Божией, и в келлии с великим плачем стоял он на молитве. И в 1611–1612 гг. в келлии архимандрита собираются скорописцы и переписывают послания Дионисия и его келаря Авраамия Палицына. Грамоты сии в Рязань, в Пермь с уездами, и в Ярославль, и в Нижний Новгород, князю Димитрию Пожарскому и Косьме Минину, и в Понизовские города, князю Димитрию Трубецкому и к Заруцскому под Москву, и в Казань к строителю Амфилохию, и много было в тех грамотах болезнования Дионисиева о всем государстве Московском. «Православные христиане, — писалось в этих посланиях смиренными иноками, доблестными сынами отечества, призывающими русский народ к братскому единодушию и к защите разоряемой врагами родной земли, — вспомните истинную православную веру и покажите подвиг свой, молите служилых людей, чтобы быть всем православным в соединении и стать сообща против предателей христианских (изменников отечеству) и против вечных врагов христианства польских и литовских людей! Сами видите, какое разорение учинили они в Московском государстве. Где святые церкви Божии и Божии образы? Где иноки, сединами цветущие, инокини, добродетелями украшенные? Не все ли до конца разорено и поругано злым поруганием? Не пощажены ни старцы, ни младенцы грудные… Если же есть и недовольные в ваших пределах, то Бога ради отложите все сие на время, чтобы вам всем единодушно пострадать для избавления православной веры, покамест еще враги не нанесли какого-либо удара боярам и воеводам. Если мы прибегнем к Прещедрому Богу и Пречистой Богородице и ко всем святым и обещаемся сообща сотворить наш подвиг, то Милостивый Владыка, Человеколюбец, отвратит праведный Свой гнев и избавит нас от лютой смерти и латинского порабощения. Смилуйтесь и молитесь! Но немедля сотворите дело избавления христианского народа, помогите ратным людям. Много и слезно со всем народом христианским вам о том челом бьем».

С такими воззваниями спешили из лавры гонцы в разные города и полки России. Троицкие грамоты ободрили народ: особенно сильно было воодушевление в Нижнем Новгороде. Здесь восстал на защиту родной земли приснопамятный муж Косма Минин. По его призыву собралось ополчение и под начальством князя Пожарского двинулось на защиту осажденной Москве. Услышал Господь молитву праведника, денно и нощно к Нему взывавшего, о избавлении православных христиан от кровопролитных напастей, о мире и тишине Московскому государству. Когда князь Димитрий Пожарский и Косма Минин двинулись к Москве со многим воинством и достигли Сергиевой обители, сей великий подвижник, совершив для них молебное пение, провожал всем собором воевод и ратных людей на гору, называемую Волкуша, и там остановился с крестом в руках, чтобы осенить их, священники же кропили святой водой. В то время сильный ветер дул навстречу воинам и смущалось их сердце от волнения; тревожились и воеводы, как идти в долгий путь при столь бурном ветре? Преподобный Дионисий благословляя воинства, обнадеживал ратных, внушая им призывать себе на помощь Господа, Пречистую Его Матерь и радонежских святых Сергия и Никона. Еще и вслед за ними осенял он идущих Животворящим Крестом, и — внезапное совершилось чудо: мгновенно изменился ветер и стал попутным православному воинству от самой обители, как бы от церкви Святой Троицы и чудотворных мощей, посему немалое было радование воеводам и войску. Высокая ступень иноческого подвига, достигнутая преподобным через непрестанную молитву, сообщила ему такой дар чудотворений, тщательно им хранимый от людей.

Сказание же сие, говорит писатель жития, слышали мы из уст самого князя Димитрия, который со многими слезами исповедал нам, какого чуда сподобил его Бог, заступлением Пречистой и великих чудотворцев и молитвами святого архимандрита Дионисия! На него излил Господь благодать Свою, ради крепкого его жития и щедро подавала ему чудная десница Божия то, чего со слезами молил у Господа дивный Его угодник. Одни только непрестанные молитвы Дионисия могли заставить князя пренебречь всей опасностью, какая угрожала им в стране от смут и заговоров, и двинуться сперва из Ярославля, а потом из-под лавры для довершения великого дела. Келарь Авраамий был отпущен архимандритом и находился безотлучно при войсках, лицом действующим не менее князя Димитрия Пожарского и Минина. Его одаренное перо передало потомству современные подвиги, подобно как его мудрые речи восстановляли мир и тишину посреди враждующего стана.

Немирны были между собой соединившиеся под Москвой Пожарский и Трубецкой, но преподобный Дионисий писал им сердечное красноречивое увещание о мире и любви.

Еще длилась осада: поляки засели в Кремле и Китай-городе, и снова возникли возмущения между казаками. Жаловались они на нищету свою и богатство вождей, они хотели умертвить их и разбежаться. Что же архимандрит и келарь? Последнее сокровище лавры — ризы и стихари, саженые жемчугом, посылают они в табор с слезным молением не покидать отечество. И тронулись казаки, вошли в разум и страх Божий и, возвратив обители ее пожертвования, поклялись переносить лишения. Скоро преподобный Сергий явился во сне греческому архиепископу Арсению, заключенному в Кремле, и утешил его вестью о избавлении. Приступом был взят Китай-город, сдался Кремль. С Божией помощью столица была очищена от врагов. С торжественным пением вступил прп. Дионисий и весь священный собор в храм Успения и восплакал при виде запустения святыни. Оба, архимандрит и келарь, были при избрании Михаила, которое совершилось в Москве в их Троицком подворье. Авраамий возвестил о том народу с лобного места, и сам в числе послов почетных ходил приглашать юношу на царство. Он умолял его променять тишину обители Ипатьевской на бурный престол, колеблемый всеми ужасами войны и внутренних смятений. Когда же, по многом плаче, умолен был юный царь, то на пути своем к столице усердно припадал к раке преподобного Сергия, и архимандрит Дионисий благословил Михаила на спасенное царство.

Среди этих забот и трудов для спасения отечества Дионисий успел поправить и вверенную ему лавру. Ее башни и стены после осады были полуразрушены; уцелевшие от огня келлии стояли почти без крыши; имения разорены и рабочие разбежались. По ходатайству Дионисия царь подтвердил права лавры грамотами и повелел возвратить на свои места разбежавшихся крестьян. Деятельностью настоятеля мало-помалу изглаждались следы разорения в обители.

Еще не совсем окончились начатые поправки хозяйства по обители, как преподобный Дионисий должен был начать подвиги для святой веры. Казалось, после столь великих заслуг преподобного для отечества и лавры наступило для него время отдыха и успокоения. Не то судил Бог. Царь Михаил Феодорович, зная благочестие и ученость Дионисия, поручил ему грамотой от 8 ноября 1616 года исправить Требник от грубых ошибок, которые вкрались от времени. Дионисий и его сотрудники, старец Арсений и священник Иоанн, с усердием и благоразумием занялись этим делом; для пособия, кроме многих древних славянских требников, в числе коих был и требник митрополита Киприана, были и греческие требники. Ошибок найдено множество и иные крайне грубые: «О воплощении Сына Божия в потребниках письменных и в служебниках выхода первых печатей обрелося, яко Отец Бог с Сыном воплотися». Через полтора года представили исправленный ими требник в Москву, на рассмотрение Собора. Собор 1618 года, по наветам врагов преподобного, без вины осудил его как еретика, на лишение сана и заточение. Дионисия обвиняли и в том, что «имя Святой Троицы велел в книгах марать и Духа Святаго не исповедует, яко огнь есть». Это означало, что исправители полагали сделать перемены в славословиях Святой Троице, оканчивающих собой разные молитвы, а в чине водоосвящения исключали слово: «и огнем», как внесенное произволом невежества. В защитительной речи прп. Дионисий сказал: «Писано во всех требниках письменных старых, в том числе и пергаменных, в молитве: Твоею бо волею от небытия в бытие привел еси всяческая. Ты и ныне, Владыко, освяти воду сию Духом Твоим Святым. Так стоят слова в пергаменных и в бумажных списках и в них нет слова: и огнем. Так и в списках, присланных из Москвы, — в книге митрополита Киприана (а Киприан митрополит — человек святой, как все знают) и в двух других списках! Так и в греческих книгах! Но не так в Московском печатном служебнике, где напечатано: Духом Твоим Святым и огнем. Мы не знаем, с чего напечатано: и огнем. Мы думали, что напечатано так сообразно с словами евангелиста Луки: Той вы крестит Духом Святым и огнем. Но зная, что евангелисты Марк и Матфей не сказали: и огнем, а только — Духом, приняли в основание слова Господа к Никодиму: аще кто не родится водою и Духом, не может внити в Царствие Небесное. Сам евангелист Лука, предлагая обетование Господа, пишет: имате креститися Духом Святым, но не сказал: и огнем. По книге Деяний апостольских, в день Пятидесятницы снисшел Дух Святой на апостолов и явишася им разделени языцы яко огненни; не сказано: явились языки огненные, но яко огненни. Да и книга Деяний не определяет, в каком виде снисходил Дух Святой на крещающихся. Крещением же огненным означается только испытание огненное». Весьма любопытно и поучительно, что говорил Арсений о прибавке слова «и огнем» в чине крещения. Из числа 12-ти славянских списков, писал он, в 10 не было этого слева; в одном приписано на поле «и огнем», и в другом то же слово написано выше строки; в печатном же требнике это слово поставлено уже в строке. Вот происхождение прибавлений, за которые так упорно стоят ревнители мнимой старины! Прп. Дионисию пришлось вытерпеть много и много оскорблений незаслуженных.

Но по всей земле Русской еще бродили шайки литовцев и поляков, так что Дионисий не мог достигнуть места заточения, а потому его возвратили в Москву, заключили в Новоспасский монастырь, морили голодом, томили в дыму бани, заставляли класть каждый день по тысячу поклонов. Преподобный, укрепляемый Господом, не только выполнял наложенную эпитимию, но еще от усердия своего клал другую тысячу поклонов ежедневно. По праздникам его водили, а иногда возили верхом на кляче, еще до обедни, к митрополиту на смирение. Здесь в оковах он стоял на открытом дворе в летний зной до вечерни, не освежаемый и чашей студеной воды.