С такими воззваниями спешили из лавры гонцы в разные города и полки России. Троицкие грамоты ободрили народ: особенно сильно было воодушевление в Нижнем Новгороде. Здесь восстал на защиту родной земли приснопамятный муж Косма Минин. По его призыву собралось ополчение и под начальством князя Пожарского двинулось на защиту осажденной Москве. Услышал Господь молитву праведника, денно и нощно к Нему взывавшего, о избавлении православных христиан от кровопролитных напастей, о мире и тишине Московскому государству. Когда князь Димитрий Пожарский и Косма Минин двинулись к Москве со многим воинством и достигли Сергиевой обители, сей великий подвижник, совершив для них молебное пение, провожал всем собором воевод и ратных людей на гору, называемую Волкуша, и там остановился с крестом в руках, чтобы осенить их, священники же кропили святой водой. В то время сильный ветер дул навстречу воинам и смущалось их сердце от волнения; тревожились и воеводы, как идти в долгий путь при столь бурном ветре? Преподобный Дионисий благословляя воинства, обнадеживал ратных, внушая им призывать себе на помощь Господа, Пречистую Его Матерь и радонежских святых Сергия и Никона. Еще и вслед за ними осенял он идущих Животворящим Крестом, и — внезапное совершилось чудо: мгновенно изменился ветер и стал попутным православному воинству от самой обители, как бы от церкви Святой Троицы и чудотворных мощей, посему немалое было радование воеводам и войску. Высокая ступень иноческого подвига, достигнутая преподобным через непрестанную молитву, сообщила ему такой дар чудотворений, тщательно им хранимый от людей.

Сказание же сие, говорит писатель жития, слышали мы из уст самого князя Димитрия, который со многими слезами исповедал нам, какого чуда сподобил его Бог, заступлением Пречистой и великих чудотворцев и молитвами святого архимандрита Дионисия! На него излил Господь благодать Свою, ради крепкого его жития и щедро подавала ему чудная десница Божия то, чего со слезами молил у Господа дивный Его угодник. Одни только непрестанные молитвы Дионисия могли заставить князя пренебречь всей опасностью, какая угрожала им в стране от смут и заговоров, и двинуться сперва из Ярославля, а потом из-под лавры для довершения великого дела. Келарь Авраамий был отпущен архимандритом и находился безотлучно при войсках, лицом действующим не менее князя Димитрия Пожарского и Минина. Его одаренное перо передало потомству современные подвиги, подобно как его мудрые речи восстановляли мир и тишину посреди враждующего стана.

Немирны были между собой соединившиеся под Москвой Пожарский и Трубецкой, но преподобный Дионисий писал им сердечное красноречивое увещание о мире и любви.

Еще длилась осада: поляки засели в Кремле и Китай-городе, и снова возникли возмущения между казаками. Жаловались они на нищету свою и богатство вождей, они хотели умертвить их и разбежаться. Что же архимандрит и келарь? Последнее сокровище лавры — ризы и стихари, саженые жемчугом, посылают они в табор с слезным молением не покидать отечество. И тронулись казаки, вошли в разум и страх Божий и, возвратив обители ее пожертвования, поклялись переносить лишения. Скоро преподобный Сергий явился во сне греческому архиепископу Арсению, заключенному в Кремле, и утешил его вестью о избавлении. Приступом был взят Китай-город, сдался Кремль. С Божией помощью столица была очищена от врагов. С торжественным пением вступил прп. Дионисий и весь священный собор в храм Успения и восплакал при виде запустения святыни. Оба, архимандрит и келарь, были при избрании Михаила, которое совершилось в Москве в их Троицком подворье. Авраамий возвестил о том народу с лобного места, и сам в числе послов почетных ходил приглашать юношу на царство. Он умолял его променять тишину обители Ипатьевской на бурный престол, колеблемый всеми ужасами войны и внутренних смятений. Когда же, по многом плаче, умолен был юный царь, то на пути своем к столице усердно припадал к раке преподобного Сергия, и архимандрит Дионисий благословил Михаила на спасенное царство.

Среди этих забот и трудов для спасения отечества Дионисий успел поправить и вверенную ему лавру. Ее башни и стены после осады были полуразрушены; уцелевшие от огня келлии стояли почти без крыши; имения разорены и рабочие разбежались. По ходатайству Дионисия царь подтвердил права лавры грамотами и повелел возвратить на свои места разбежавшихся крестьян. Деятельностью настоятеля мало-помалу изглаждались следы разорения в обители.

Еще не совсем окончились начатые поправки хозяйства по обители, как преподобный Дионисий должен был начать подвиги для святой веры. Казалось, после столь великих заслуг преподобного для отечества и лавры наступило для него время отдыха и успокоения. Не то судил Бог. Царь Михаил Феодорович, зная благочестие и ученость Дионисия, поручил ему грамотой от 8 ноября 1616 года исправить Требник от грубых ошибок, которые вкрались от времени. Дионисий и его сотрудники, старец Арсений и священник Иоанн, с усердием и благоразумием занялись этим делом; для пособия, кроме многих древних славянских требников, в числе коих был и требник митрополита Киприана, были и греческие требники. Ошибок найдено множество и иные крайне грубые: «О воплощении Сына Божия в потребниках письменных и в служебниках выхода первых печатей обрелося, яко Отец Бог с Сыном воплотися». Через полтора года представили исправленный ими требник в Москву, на рассмотрение Собора. Собор 1618 года, по наветам врагов преподобного, без вины осудил его как еретика, на лишение сана и заточение. Дионисия обвиняли и в том, что «имя Святой Троицы велел в книгах марать и Духа Святаго не исповедует, яко огнь есть». Это означало, что исправители полагали сделать перемены в славословиях Святой Троице, оканчивающих собой разные молитвы, а в чине водоосвящения исключали слово: «и огнем», как внесенное произволом невежества. В защитительной речи прп. Дионисий сказал: «Писано во всех требниках письменных старых, в том числе и пергаменных, в молитве: Твоею бо волею от небытия в бытие привел еси всяческая. Ты и ныне, Владыко, освяти воду сию Духом Твоим Святым. Так стоят слова в пергаменных и в бумажных списках и в них нет слова: и огнем. Так и в списках, присланных из Москвы, — в книге митрополита Киприана (а Киприан митрополит — человек святой, как все знают) и в двух других списках! Так и в греческих книгах! Но не так в Московском печатном служебнике, где напечатано: Духом Твоим Святым и огнем. Мы не знаем, с чего напечатано: и огнем. Мы думали, что напечатано так сообразно с словами евангелиста Луки: Той вы крестит Духом Святым и огнем. Но зная, что евангелисты Марк и Матфей не сказали: и огнем, а только — Духом, приняли в основание слова Господа к Никодиму: аще кто не родится водою и Духом, не может внити в Царствие Небесное. Сам евангелист Лука, предлагая обетование Господа, пишет: имате креститися Духом Святым, но не сказал: и огнем. По книге Деяний апостольских, в день Пятидесятницы снисшел Дух Святой на апостолов и явишася им разделени языцы яко огненни; не сказано: явились языки огненные, но яко огненни. Да и книга Деяний не определяет, в каком виде снисходил Дух Святой на крещающихся. Крещением же огненным означается только испытание огненное». Весьма любопытно и поучительно, что говорил Арсений о прибавке слова «и огнем» в чине крещения. Из числа 12-ти славянских списков, писал он, в 10 не было этого слева; в одном приписано на поле «и огнем», и в другом то же слово написано выше строки; в печатном же требнике это слово поставлено уже в строке. Вот происхождение прибавлений, за которые так упорно стоят ревнители мнимой старины! Прп. Дионисию пришлось вытерпеть много и много оскорблений незаслуженных.

Но по всей земле Русской еще бродили шайки литовцев и поляков, так что Дионисий не мог достигнуть места заточения, а потому его возвратили в Москву, заключили в Новоспасский монастырь, морили голодом, томили в дыму бани, заставляли класть каждый день по тысячу поклонов. Преподобный, укрепляемый Господом, не только выполнял наложенную эпитимию, но еще от усердия своего клал другую тысячу поклонов ежедневно. По праздникам его водили, а иногда возили верхом на кляче, еще до обедни, к митрополиту на смирение. Здесь в оковах он стоял на открытом дворе в летний зной до вечерни, не освежаемый и чашей студеной воды.

А грубые злобные невежды всячески ругались над ним, бросали в него грязью. Но преподобный был, как младенец, и все принимал со смирением и утешал братию, страдавшую с ним вместе, говоря: «Не скорбите, и не безумствуйте, Господь все видит, мы же страждем за слово истины, и это еще не вечная мука, все минет!» Его обложили пенею в 500 рублей за то, что «Духа Святаго не исповедывал, яко огнь есть». Преподобный же, стоя в железах, толкавшим и оплевавшим его говорил: «Денег не имею, да и давать не за что: лихо чернецу то, если расстричь его велят, а если только достричь, то ему венец и радость. Мне грозят Сибирью и Соловками, но я рад тому, это жизнь мне». Когда другие с состраданием говорили: «Что это за беда с тобой, отче?», он отвечал: «Беды нет никакой, а милость Божия; преподобный Иона, митрополит, смиряет меня по делам моим, чтобы не был я горд. Такие беды и напасти — милость Божия, а вот беда, если придется гореть в геенском огне; да избавит нас Бог от сего!» И по Москве распустили нелепую молву, будто бы Дионисий и его сотрудники хотят огонь совсем вывести. Чего не выдумают и чему не поверит невежество народное! И что же? Ради сей безрассудной клеветы, чернь толпами выходила на улицу, когда на худой лошади везли святого старца из обители или в обитель, чтобы над ним потешаться и бросать в него камнями и грязью; но он, как незлобивый младенец, ни на кого не скорбел.

А главными обвинителями угодника Божия были свои же, троицкие иноки: головщик Логгин и уставщик Филарет. Это были люди крайне дерзкие, невежественные; Филарет от невежества говорил даже богохульные ереси. Их дерзость и прежде доходила до того, что во время богослужения они вырывали из рук архимандрита книги. Случилось однажды, при недостатке певчих, что сам Дионисий, сойдя с клироса, хотел читать первую статью. Логгин же, бросившись к нему, вырвал из рук его книгу и с большим шумом опрокинул аналой, на соблазн всей братии. Преподобный только перекрестился и молча сел на клиросе. Логгин прочитал статью и, подойдя к архимандриту, вместо прощения, начал плевать на него. Тогда Дионисий взял в руки пастырский свой жезл, махнул им, говоря: «Перестань, Логгин, не мешай пению Божию и братию не смущай; можно нам о том переговорить и после утрени». Логгин же до такой степени разъярился, что, выхватив посох из рук Дионисия, переломил его на четыре части и бросил обломки в настоятеля. Заплакал Дионисий и, воззрев к образу Владычню, сказал: «Ты, Господи Владыко, все ведаешь; прости меня грешного, ибо я согрешил пред Тобою, а не он». Сойдя с места своего, стал он перед иконой Богоматери и проплакал всю утреню: ожесточенного же Логгина все братия не могли принудить, чтобы испросил прощения у архимандрита. Уставщик Филарет был другом Логгина. Этот был еще замечательнее. Он иночествовал в обители более 50 лет. Но «от простоты ненаучения мысли мудрования не добраго» имел он в себе, и в одном и том же лице был и темный невежда и дерзкий еретик. Прп. Дионисий скорбел о Филарете, говорил ему, что многолетние подвиги свои губит он самоволием невежества своего. Оба ожесточенные инока, раздражавшись на святого, писали против него в другие обители, в царствующий град, разные воздвигая на него козни, от которых он много страдал. Вот каковы были его клеветники. «Смею сказать о возводящих на нас неправду, писал страдавший вместе с Дионисием инок Арсений, что не знают они ни православия, ни кривославия, проходят священные писания по буквам и не стараются понимать смысл их». Каковы и всегда ревнители старой буквы.

Были однако и светлые минуты в жизни великого подвижника, когда после всех понесенных им искушений за чистоту догматов церковных и после мира, на время упокоившего бедствовавшую Россию, сам патриарх Иерусалимский Феофан, в 1619 году присланный вселенскими патриархами для поддержания на Руси Православия, пришел поклониться великому чудотворцу Сергию и подивиться подвигам защитников лавры. Где еще можно было найти другого Дионисия, другого Авраамия и подобную им братию? Иерусалимский патриарх предложил патриарху Филарету, вернувшемуся из польского плена, облегчить положение преподобного, и в его оправдание указал на греческий требник. Дионисий освобожден был из темницы.

Слышав об обители Преславной Троицы, как во время разорения Московского государства и самого царствующего града то малое место спасено было от польских и литовских народов, удивился патриарх и хотел видеть с желанием сердечным не место, но дивного хранителя места, великого Сергия чудотворца. Когда же пришел в его обитель, архимандрит Дионисий сотворил ему честь, подобающую царскому величеству, и вышел в сретение вне монастыря, во множестве чина священного. Наутро же патриарх пришел служить литургию. Но прежде, отпев молебен, со многими слезами окроплял святой водой образ Живоначальной Троицы и Пресвятой Богородицы и, приступив к мощам чудотворца, велел архимандриту открыть святое лицо Сергия — ужас объял его и затрепетало в нем сердце, когда узрел нетление святого и осязал руки его и ноги.

«О великий Сергий чудотворец, слава святого жития твоего достигла и до востока солнечного: благодарение Содетелю всех Христу Богу, что и на конец века дошедшим людям, верующим в Него, дает упование не отпадать от правил веры, ради молитв Пресвятыя Своея Матери, и вас ради, со всеми святыми подвизавшимися в благочестии». Сказав сие, совершил сам литургию.

По совершении литургии молил его Дионисий совершить успокоение себе и всем пришедшим с ним из Иерусалима, и на трапезе воздана была ему почесть, как царям московским, когда приходят на поклонение в праздники. Святейший Феофан, сидя за обильной трапезой с братией, ничего не вкушал и был неутешен от плача, хотя торжество совершалось с пением ликов. Но патриарх, духом уразумев их печаль, сказал Дионисию и всей братии: «Что смущаетесь? Не скорбите о слезах моих, ибо радостью веселится о вас сердце мое; не ищу я чего-либо вашего, но вас самих, по глаголу апостола: «Вы бо радость моя и венец» (1 Фес. 2, 19), ибо здравых вас обрел. Прежде слышали все Церкви Восточные скорбь вашу и труд, какие подъяли за Христа от гонящих вас, ради правой веры, и мне не безызвестно было о всех приключившихся бедах. Ныне же еще нечто прошу у вас видеть, да возвеселюся по желанию моему. Слышал я, что во время беды ратной некоторые иноки обители вашей дерзнули возложить на себя броню и, приняв оружие в руки, ратовать крепко; дайте мне их видеть».

Умилительное зрелище представляла беседа патриарха со старцами — защитниками лавры, подвизавшимися во время ее осады. Преподобный Дионисий принял было сие требование с недоумением, но подвижники добровольно вызвались: «Яви нас, отче, владыце нашему; буди все по воле его». И представлены патриарху более двадцати иноков, «нихже первый был именем Афанасий Ощерин, зело стар сый, и весь уже пожелтел в сединах». Патриарх спросил его: «Ты ли ходил на войну и начальствовал пред вои мученическими?» Афанасий ответствовал: «Ей, владыко святый, понужден был слезами кровными». Патриарх спросил еще: «Что ти свойственнее, иночество ли в молитвах особо, или подвиг пред всеми людьми?» Афанасий, поклонись ответствовал: «Всякая вещь и дело, владыко святый, во свое время познавается: у вас, святых отец, от Господа Бога власть в руку прощати и вязати, а не у всех; что творю и сотворих — в повелении послушания». И обнажив седую голову свою, поклонился ему и сказал: «Известно ти буди, владыко мой, се подпись латынян на главе моей от оружия; еще же и в лядвиях моих шесть памятей свинцовых обретаются; а в келлии сидя, в молитвах, как можно найти было из воли таких будильников к воздыханию и стенанию? А все се бысть не наше изволение, но пославших нас на службу Божию». Патриарх, без сомнения, удовлетворенный дознанием, что над воинственным одушевлением тем не менее господствует дух иноческого благочестия, смирения и простоты, благословил Афанасия, поцеловал его «любезне», и прочих его сподвижников отпустил «с похвальними словесы».