А грубые злобные невежды всячески ругались над ним, бросали в него грязью. Но преподобный был, как младенец, и все принимал со смирением и утешал братию, страдавшую с ним вместе, говоря: «Не скорбите, и не безумствуйте, Господь все видит, мы же страждем за слово истины, и это еще не вечная мука, все минет!» Его обложили пенею в 500 рублей за то, что «Духа Святаго не исповедывал, яко огнь есть». Преподобный же, стоя в железах, толкавшим и оплевавшим его говорил: «Денег не имею, да и давать не за что: лихо чернецу то, если расстричь его велят, а если только достричь, то ему венец и радость. Мне грозят Сибирью и Соловками, но я рад тому, это жизнь мне». Когда другие с состраданием говорили: «Что это за беда с тобой, отче?», он отвечал: «Беды нет никакой, а милость Божия; преподобный Иона, митрополит, смиряет меня по делам моим, чтобы не был я горд. Такие беды и напасти — милость Божия, а вот беда, если придется гореть в геенском огне; да избавит нас Бог от сего!» И по Москве распустили нелепую молву, будто бы Дионисий и его сотрудники хотят огонь совсем вывести. Чего не выдумают и чему не поверит невежество народное! И что же? Ради сей безрассудной клеветы, чернь толпами выходила на улицу, когда на худой лошади везли святого старца из обители или в обитель, чтобы над ним потешаться и бросать в него камнями и грязью; но он, как незлобивый младенец, ни на кого не скорбел.

А главными обвинителями угодника Божия были свои же, троицкие иноки: головщик Логгин и уставщик Филарет. Это были люди крайне дерзкие, невежественные; Филарет от невежества говорил даже богохульные ереси. Их дерзость и прежде доходила до того, что во время богослужения они вырывали из рук архимандрита книги. Случилось однажды, при недостатке певчих, что сам Дионисий, сойдя с клироса, хотел читать первую статью. Логгин же, бросившись к нему, вырвал из рук его книгу и с большим шумом опрокинул аналой, на соблазн всей братии. Преподобный только перекрестился и молча сел на клиросе. Логгин прочитал статью и, подойдя к архимандриту, вместо прощения, начал плевать на него. Тогда Дионисий взял в руки пастырский свой жезл, махнул им, говоря: «Перестань, Логгин, не мешай пению Божию и братию не смущай; можно нам о том переговорить и после утрени». Логгин же до такой степени разъярился, что, выхватив посох из рук Дионисия, переломил его на четыре части и бросил обломки в настоятеля. Заплакал Дионисий и, воззрев к образу Владычню, сказал: «Ты, Господи Владыко, все ведаешь; прости меня грешного, ибо я согрешил пред Тобою, а не он». Сойдя с места своего, стал он перед иконой Богоматери и проплакал всю утреню: ожесточенного же Логгина все братия не могли принудить, чтобы испросил прощения у архимандрита. Уставщик Филарет был другом Логгина. Этот был еще замечательнее. Он иночествовал в обители более 50 лет. Но «от простоты ненаучения мысли мудрования не добраго» имел он в себе, и в одном и том же лице был и темный невежда и дерзкий еретик. Прп. Дионисий скорбел о Филарете, говорил ему, что многолетние подвиги свои губит он самоволием невежества своего. Оба ожесточенные инока, раздражавшись на святого, писали против него в другие обители, в царствующий град, разные воздвигая на него козни, от которых он много страдал. Вот каковы были его клеветники. «Смею сказать о возводящих на нас неправду, писал страдавший вместе с Дионисием инок Арсений, что не знают они ни православия, ни кривославия, проходят священные писания по буквам и не стараются понимать смысл их». Каковы и всегда ревнители старой буквы.

Были однако и светлые минуты в жизни великого подвижника, когда после всех понесенных им искушений за чистоту догматов церковных и после мира, на время упокоившего бедствовавшую Россию, сам патриарх Иерусалимский Феофан, в 1619 году присланный вселенскими патриархами для поддержания на Руси Православия, пришел поклониться великому чудотворцу Сергию и подивиться подвигам защитников лавры. Где еще можно было найти другого Дионисия, другого Авраамия и подобную им братию? Иерусалимский патриарх предложил патриарху Филарету, вернувшемуся из польского плена, облегчить положение преподобного, и в его оправдание указал на греческий требник. Дионисий освобожден был из темницы.

Слышав об обители Преславной Троицы, как во время разорения Московского государства и самого царствующего града то малое место спасено было от польских и литовских народов, удивился патриарх и хотел видеть с желанием сердечным не место, но дивного хранителя места, великого Сергия чудотворца. Когда же пришел в его обитель, архимандрит Дионисий сотворил ему честь, подобающую царскому величеству, и вышел в сретение вне монастыря, во множестве чина священного. Наутро же патриарх пришел служить литургию. Но прежде, отпев молебен, со многими слезами окроплял святой водой образ Живоначальной Троицы и Пресвятой Богородицы и, приступив к мощам чудотворца, велел архимандриту открыть святое лицо Сергия — ужас объял его и затрепетало в нем сердце, когда узрел нетление святого и осязал руки его и ноги.

«О великий Сергий чудотворец, слава святого жития твоего достигла и до востока солнечного: благодарение Содетелю всех Христу Богу, что и на конец века дошедшим людям, верующим в Него, дает упование не отпадать от правил веры, ради молитв Пресвятыя Своея Матери, и вас ради, со всеми святыми подвизавшимися в благочестии». Сказав сие, совершил сам литургию.

По совершении литургии молил его Дионисий совершить успокоение себе и всем пришедшим с ним из Иерусалима, и на трапезе воздана была ему почесть, как царям московским, когда приходят на поклонение в праздники. Святейший Феофан, сидя за обильной трапезой с братией, ничего не вкушал и был неутешен от плача, хотя торжество совершалось с пением ликов. Но патриарх, духом уразумев их печаль, сказал Дионисию и всей братии: «Что смущаетесь? Не скорбите о слезах моих, ибо радостью веселится о вас сердце мое; не ищу я чего-либо вашего, но вас самих, по глаголу апостола: «Вы бо радость моя и венец» (1 Фес. 2, 19), ибо здравых вас обрел. Прежде слышали все Церкви Восточные скорбь вашу и труд, какие подъяли за Христа от гонящих вас, ради правой веры, и мне не безызвестно было о всех приключившихся бедах. Ныне же еще нечто прошу у вас видеть, да возвеселюся по желанию моему. Слышал я, что во время беды ратной некоторые иноки обители вашей дерзнули возложить на себя броню и, приняв оружие в руки, ратовать крепко; дайте мне их видеть».

Умилительное зрелище представляла беседа патриарха со старцами — защитниками лавры, подвизавшимися во время ее осады. Преподобный Дионисий принял было сие требование с недоумением, но подвижники добровольно вызвались: «Яви нас, отче, владыце нашему; буди все по воле его». И представлены патриарху более двадцати иноков, «нихже первый был именем Афанасий Ощерин, зело стар сый, и весь уже пожелтел в сединах». Патриарх спросил его: «Ты ли ходил на войну и начальствовал пред вои мученическими?» Афанасий ответствовал: «Ей, владыко святый, понужден был слезами кровными». Патриарх спросил еще: «Что ти свойственнее, иночество ли в молитвах особо, или подвиг пред всеми людьми?» Афанасий, поклонись ответствовал: «Всякая вещь и дело, владыко святый, во свое время познавается: у вас, святых отец, от Господа Бога власть в руку прощати и вязати, а не у всех; что творю и сотворих — в повелении послушания». И обнажив седую голову свою, поклонился ему и сказал: «Известно ти буди, владыко мой, се подпись латынян на главе моей от оружия; еще же и в лядвиях моих шесть памятей свинцовых обретаются; а в келлии сидя, в молитвах, как можно найти было из воли таких будильников к воздыханию и стенанию? А все се бысть не наше изволение, но пославших нас на службу Божию». Патриарх, без сомнения, удовлетворенный дознанием, что над воинственным одушевлением тем не менее господствует дух иноческого благочестия, смирения и простоты, благословил Афанасия, поцеловал его «любезне», и прочих его сподвижников отпустил «с похвальними словесы».

Потом велел патриарх петь конечный молебен Пресвятой Троице и, знаменовавшись у св. икон, подошел ко гробу великого чудотворца, снял с себя клобук и отер им колено Сергия и ноги до подошвы и, подложил под плесна его со многими слезами, приникнув молитвенно ко гробу. А Дионисию велел стоять без клобука, с преклоненной главой, и, взяв свой клобук из-под ног чудотворца, поцеловал и дал целовать архимандриту, возложил руку на его главу. Архидиакон возгласил: «Вонмем», а архимандрит Синайской горы трижды: «Кирие элеисон». Патриарх же, возложив клобук свой на Дионисия с молитвой, благословил и целовал его в уста, с сими словами: «Во имя Отца, и Сына, и Святаго Духа, дал я тебе благословение, сын мой, и знаменовал тебя в великой России, среди братии твоей да будешь первый в старейшинстве по благословению нашему, так же и кто по тебе будет, да носит в сем святом месте благословение наше, величаясь и хвалясь нашим смирением и радостно всех извещая: сие им дано знамение, что и патриархи Восточные — поклонники суть сему святому месту, и честь свою перед Святой Троицей оставили, сняв с главы своей память, по себе, и положили под ноги великому стражу и блюстителю, богоносному Сергию чудотворцу!» Потом велел петь на обоих клиросах: «Спаси Христе Боже, отца нашего архимандрита Дионисия» и, обратясь к братии, сказал: «Запишите себе все сие, что совершил я над архимандритом, и если впредь кто из братии нашей придет сюда на поклонение, пусть ведомо будет изволение наше грядущим родам, чтобы и вы не забыли наше смирение и любовь, и памятовали в своих молитвах».

Вся жизнь преподобного была жизнью истинного Божия подвижника. Большую часть времени он проводил в молитве. «Келлия устава не имать», — говаривал преподобный, и в келлии читал Псалтирь с поклонами, Евангелие и Апостол, вычитывал сполна акафисты и каноны; в церкви выстаивая все положенные службы, Дионисий совершал, кроме того, ежедневно по шесть и по восемь молебнов. Ложился спать за три часа до утрени и вставал всегда так, что успевал еще положить до нее триста поклонов. В церкви соблюдал строго церковный устав, сам пел и читал на клиросе, имея дивный голос, так что все утешались, внимая ему: как бы тихо не читал он, каждое слово было слышно во всех углах и притворах храма. Признательный к благотворителям обители, он требовал, чтобы читались сполна синодики на проскомидии; во время соборного служения все иеромонахи в епитрахилях стояли в алтаре и поминали имена усопших вкладчиков. В каждую утреню обходил он церковь и осматривал, все ли в храме. Он выходил с братией и на работы монастырские. У него были и иконописцы, и мастера серебряных дел. Благородные князья любили его и помогали, но были и такие властолюбцы, которые ему не только не помогали, но и оскорбляли его словом и делом. Это не останавливало однако Дионисия, до конца жизни, от ревностного обычая строить и обновлять церкви, и после его смерти много осталось утвари, приготовленной им для обновления храмов. Он усердно заботился о храмах Божиих не только в своей обители, но и по селам монастырским, где построено им несколько церквей после польского разгрома. Один из этих храмов в 1844 году был перенесен из села Подсосенья в новооснованный тогда Гефсиманский скит близ Сергиевой лавры, где и теперь привлекает он всех богомольцев своей изящной простотой. По благословению архимандрита Дионисия и при его собственноручной редакции рукописей был составлен сборник Четьих-Миней.

При нем было в обители 30 иеромонахов и 15 иеродиаконов, а на клиросах стояло до 30 певцов. Каждую утреню сам архимандрит обходил всю церковь со свечой в руках, посмотреть, нет ли отсутствующих, и если кого не было — посылал за ним будильщиков; если же кто, действительно, был болен, то промышлял об нем, как врач духовный и телесный и упокоевал в больнице. Примером своего смиренномудрия он внушил равенство между братией, а подвижническая жизнь его возбуждала и других к подвигам: по его примеру даже старцы почтенные не стыдились ходить звонить на колокольню. В обращении с братией он был кроток и прямодушен, приветлив и терпелив. Он во всем старался подражать великому в своем смирении основателю лавры преподобному Сергию, и чудотворец видимо помогал ему во всем. «Я, многогрешный, — пишет келарь Симон, — и прочие из братии, жившие с ним в одной келлии, никогда не слышали от него ничего обидного. Он всегда имел обычай говорить: "Сделай, если хочешь", так что некоторые, не понимая его простого нрава, оставляли без исполнения его повеление, думая, что он оставляет дело на их волю. Тогда добрый наставник, помолчав немного, говорил: "Время, брат, исполнить повеленное: иди и сделай"».

Из учеников преподобного Дионисия особенно известен Дорофей, прозванный «великим трудником». Келарь Симон Азарьин пишет о нем: «Он был так тверд в благочестии, что никогда не оставлял церковного богослужения, исправлял должность пономаря в церкви чудотворца Никона и вместе с тем был канонархом и книгохранителем. В келлии он выполнял правило необыкновенное: ежедневно читал всю Псалтирь и клал до тысячи поклонов; при том же писал книги. Спал он весьма мало и никогда не ложился для сна. Пищею его служил кусок хлеба и ложка толокна и притом не каждый день; только по убеждению архимандрита стал он есть хлеб с квасом». И другой писатель жития Дионисиева, ключарь Иоанн (священник Иоанн Наседка), бывший также самовидцем строгого жития Дорофеева, свидетельствует о нем, что он всегда по Дионисиеву приказу разносил больным и раненым, мученным от врагов, деньги и одежды от щедрого настоятеля и по целым ночам оставался сидеть с больными и увечными. Братья, наблюдавшие в тайне за образом его жизни, видели, что и по неделе иногда не прикасался он ни к какой пище; некоторые из келейников над ним смеялись и было у них прение: одни говорили, что он свят, другие же, что безумен. Однажды я сам над ним посмеялся, будучи еще мирянином, смиренно сознается писатель, но в ту минуту взошедший Дионисий строго на меня посмотрел, ничего однако не сказал мне. Десять лет спустя, когда был я у архимандрита в Москве на духовной беседе, просил я себе прощения со слезами за свой поступок и он с кроткой улыбкой, благословив меня, сказал: «Не вопрошай иноков о делах иноческих, ибо для нас великая беда открывать вам, мирянам наши тайны; писано: шуйца да не весть, что творит десница». Однако, по настоянию моему, старец продолжал: «Вы миряне, если что услышите худого о чернецах, нелепо их осуждаете, и это вам грех, а что услышите доброго, о том не ревнуете, но только хвалите и от ваших похвал еще больше приходит искушение, ибо от того происходит величание и гордость; по сему для нас полезнее прикрывать от вас дела свои, чтобы никто о нас не слышал». Когда спросил я: «Что означал строгий его взгляд, когда встретился мне в келлии у Дорофея?», Дионисий отвечал: «Не гневайся, святому мужу вы посмеялись и всем вам грех, потому что не по-вашему он жил. Мне ведомо, что не только седмицу он не едал, но часто до десяти дней и ложки воды не выпивал, а на все службы ходил наг, и бос, и голоден, да еще не умывая ни лица, ни рук, а когда ходил за больными, то не гнушался никаких смрадных ран. Будучи же юн возрастом, мучился блудными помыслами, и потому так сильно ратовал против врагов мысленных алчбой и жаждой; вместо воды служили ему для омовения лица, персей и рук слезы, непрестанно им проливаемые при совершении добрых своих дел, потому и болезненно мне стало смехотворство ваше».

В 1622 году святой архимандрит собрался ехать в Москву. Братия пришли просить благословение, вышел к нему и Дорофей в тяжкой немощи, прося себе последнего прощения: «Уже время мое подходит, — говорил он, — и смерть приближается; о едином скорблю, что уезжаешь отсюда и не сподоблюсь погребения от твоей преподобной руки». Дионисий как бы шутя сказал ему с запрещением: «До моего приезда будь жив, и не дерзай умирать, доколе не возвращусь от самодержца; тогда умрешь, если Господь изволит, и я погребу тебя». — «Воля Господня да будет», — отвечал Дорофей. Архимандрит был в столице и возвратился в лавру. Когда с молитвой входил в сени своей келлии и опять принимала от него благословение братия, вышел и Дорофей, уже в конечном изнеможении, прося себе прощения. Преподобный благословил его и простился с ним, а сам, облачившись, пошел в церковь петь молебен за царское здравие, по обычаю, какой содержался в обители Троицкой, на приезде властей. Но он еще не успел начать молебна, когда пришли сказать ему, что Дорофей отошел ко Господу. Прослезился Дионисий и похоронил труженика собором, со всей братией.

Кроткому старцу Божию до конца дней своих привел Бог терпеть скорби и искушения от своих собратий, ибо вечный враг рода человеческого вооружился против святого, чтобы каким-нибудь образом удалить его из обители чудотворца Сергия. Диавол возбудил одного чернеца, по имени Рафаил, присланного под начало в обитель Сергиеву от патриарха Филарета и даже окованного за различные крамолы и поступки, недостойного монашеского звания. Покушаясь освободиться от уз, Рафаил оклеветал преподобного Дионисия перед царем Михаилом и патриархом Филаретом, и старца потребовали в Москву. Много скорбели о том и братия, свидетельствуя о праведном житии его, и в скором времени был он отпущен в лавру, а клеветники его сосланы в заточение, получив достойную мзду за свое беззаконие. Вскоре за сим искушением последовало и другое. Эконом обители Сергиевой, будучи властолюбив, не питая в сердце страха Божия, оклеветал архимандрита, будто бы ни во что вменяет повеление царское и святительское; лукавством своим до такого бесчестия довел блаженного мужа, что был он ввержен в темное и смрадное место, где в тайне пробыл три дня в заточении.

И столь велико было терпение и смиренномудрие святого, что никто даже не узнал о его страдании, кроме духовника; после многих угроз от патриарха был он однако отпущен в лавру. Но эконом тайными грамотами продолжал еще клеветать на него, будто бы Дионисий промышляет себе патриаршество, и дошел до такого безумства, «что однажды на соборе при всей братии, не стыдясь честнаго лица его», дерзнул бить по ланитам, и с бесчестием запер настоятеля в келлию, откуда не выпускал его четыре дня к церковному пению. Сам благоверный государь, услышав о том, властью державной освободил страдальца и, будучи в обители, перед всей братией сделал расследование о его страданиях. Но преподобный Дионисий все покрыл любовью и всех представил себе доброхотами, себя одного представляя во всем виновным. Таким образом гнев царский преложил на милость, к общему изумлению всех бывших при царе бояр. С тех пор самодержец уже не верил ни какой клевете на святого мужа до конца его жизни.