27 апреля 1933 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило иеродиакона Феодора к трем годам заключения в исправительно–трудовой лагерь. 7 мая он был отправлен этапом в Новосибирск. Перед этапом ему дали свидание с сестрой. Он вышел к ней радостный и бодрый. Благодать Божия давала силы быть стойким и мудрым; узы, которые пришлось переносить ради Христа, не были омрачены малодушием и тем более предательством и устрояли мирное состояние духа.

В мае 1934 года он был отправлен во Владивосток, в 1–е отделение Дальлага. Во время посадки заключенных на пароход у него отнялись ноги. Несмотря на жесточайшие побои, он не смог встать, и конвой вызвал врача. Осмотрев его, врач убедился, что перед ним действительно больной, которому нужна неотложная помощь.

Впоследствии врач выяснил, что отец Феодор имеет неоконченное высшее медицинское образование, и взял его к себе помощником. Иеродиакону Феодору пришлось ассистировать более чем при ста операциях аппендицита, удалять зубы и даже принимать роды, так как в лагере, кроме врача и иеродиакона Феодора, медицинского персонала не было. Желая как можно больше принести пользы страждущим, он являлся для них врачом не только телесным, но и духовным, укрепляя словом больных и умирающих.

Попав в исправительно–трудовой лагерь, отец Феодор имел намерение не сообщать о месте своего нахождения и никому не писать. Ему хотелось в заключении, которое явилось для него подвигом сугубым, пожить, полагаясь только на Бога, не надеясь ни на материальную помощь близких ему людей, ни на согревающее душу слово их поддержки. В брани против духов злобы поднебесной ему не нужны были ни излишки одежды, ни пищи, а только чистое сердце и душа, не преклоняющаяся на грех, о спасении которой воинствовали ангелы небесные. Но когда летом 1934 года одно из писем членов общины достигло лагеря, где он находился, он переменил свое решение и ответил на него. В ответах он везде, когда писал слово «семья», имел в виду общину, с которой был тесно связан по храму Грузинской иконы Божией Матери. В это время его сестра Ольга ушла из общины, почувствовав потребность в руководстве опытного духовника–монаха, и стала окормляться у священноиноков Высокопетровского монастыря; некоторые из них, как, например, схиархимандрит Игнатий (Лебедев), в то время еще не были арестованы.

В письме монаху Сергию (Савельеву) отец Феодор писал:

«Владивосток, 8 октября 1934 г.

Дорогой мой брат и все родные! Поздравляю вас всех с сегодняшним радостным днем, который мне так же дорог, как и вам…

Новые обстоятельства моей жизни уничтожили много внешних и внутренних препятствий к нашему общению, и это общение теперь могло бы проявиться во всей возможной при данных условиях полноте…

С какою радостью я получал и читал письма родных, в которых находил все новые пути, связующие нас. Я видел, что эти годы, когда мы росли вдали друг от друга, возрастили в нас одни и те же плоды, потому что почва и семена были одни и те же. Я понимал, что любовь к семье, чудесно укрепляющая жизнь, — выражение высшей и большей любви, соединяющей всех верующих в одну семью — святую Церковь. Если бы не любовь к Богу рождала любовь к семье и друг другу, то мертва была бы семья и взаимная любовь.

Теперь каково же мое место в этом? Могу ли я быть членом вашей семьи, связав себя с другой семьей самым неразрывным образом 24 ноября 1930 года?..

14 октября. Поздравляю вас с праздником и продолжаю свое письмо, которое мне тоже не сразу дается. Меня затрудняет не боязнь написать что‑нибудь лишнее, а стремление высказаться как можно проще и откровеннее.

Итак, когда я увидел, что жизнь Олюни (его сестры. — И. Д.) в семье не оправданна и не содействует ее внутреннему росту, а, скорее, задерживает его, и когда она сообщила мне о своем не решении, а уже уходе из семьи, тогда я принял это как неизбежный в данный момент положительный вывод из всей жизни последних лет. Мне было ясно, что в условиях ее жизни в семье ее внутренний кризис не находит разрешения, и в то же время я знал, что»петровские»условия могут очень помочь ей, и я совершенно искренне, по–братски, написал это вам, имея в виду прежде всего душевную пользу Олюни, с одной стороны, и всей семьи в целом — с другой.

Я был очень удивлен и огорчен, что не получил тогда никакого отклика на то письмо, которое не могло остаться безразличным для родных, но я объяснял ваше молчание неполучением вами того письма и никак не полагал, что вы могли отнестись к нему так, как показало твое письмо. Конечно, можно возразить, что тут дело идет о самом существенном, а именно о любви и верности семье, но повторяю, что семью я понимаю как жизненное выражение нашей веры, и если она для кого‑нибудь из нас перестанет им быть, то весь смысл ее для него пропадет. Правда, меня можно упрекнуть в том, что я не верю в силу любви родных. Да, это, пожалуй, верно…

А теперь, если время для нашего плодотворного общения еще не наступило, будем молиться и трудиться раздельно. Для меня одна лишь память о вас служит постоянным источником радости и ободрения. Да хранит вас Господь».