26 сентября, вечером под Воздвижение, когда во всех храмах выносили Животворящий Крест Христов для поклонения, заключенных этапом отправили в Нижний Новгород. Вскоре из Нижегородской тюрьмы пришли известия, что у владыки Серафима опять начались приступы каменной болезни. 8 октября 1927 года епископов Серафима и Зиновия, игумению Александру освободили, но 17 октября 1927 года епископов неожиданно вызвали в Москву. В Москве они искали пристанища, и владыка сказал: «Легче упокоиться навеки, чем так скитаться». На другой день отправились в главное управление ОГПУ. Их пригласил Тучков, принял вежливо. Предложил:

— Кого будем вам посылать для посвящения — посвящайте. Вот Вы, епископ Зиновий, и Вы, епископ Серафим, поезжайте, управляйте епархиями. Побывайте у митрополита Сергия, приходите, договоримся и поедете.

— Я морально не могу, — отвечал владыка Зиновий.

— Я монах, при посвящении во епископы давал обет управлять по каноническим правилам, — сказал епископ Серафим.

— Тогда в 24 часа выезжайте из Москвы подальше.

— Я — в Муром, — решил епископ Зиновий.

— А я — в Меленки, — сказал владыка Серафим.

— Ну что же, езжайте, только живите тихо, — предостерег Тучков.

Епископ Серафим подал митрополиту Сергию прошение об увольнении за штат. Такое же прошение подал и епископ Зиновий.

В город Меленки Владимирской губернии перебрались к концу октября. Дмитровцы, узнав новое местопребывание епископа, навестили его. Приезжало духовенство, дмитровское и московское, монашествующие и миряне. Извозчики, выезжая за архиерейскими гостями, сами указывали его место жительства. Шли пешком странники, богомольцы к владыке Серафиму, и «никтоже тощ и неутешен от него отыде». Владыке говорили, что начальству не нравятся частые посетители, как бы не забрали. «Пусть поездят, все равно ведь заберут», — отвечал владыка. На первой неделе поста он просил никого не приезжать. Уединялся в келии, с домашними до пятницы не говорил, ничего не вкушал, даже Святые Тайны не запивал теплотой. Ночью ежедневно в два часа служил полунощницу. Иногда случалось так: среди ночи, когда он читал правило, дверь келии отворялась от ветра. Послушницы подходили, полагая, что он отворил дверь сам, приглашая войти. Заглянув в нее, видели владыку, в молитве лежащим ниц на полу, повергшегося перед иконами, крестообразно раскинув руки…

Размеренно текла жизнь в Меленках около пяти лет. Все пять лет владыка за ворота не выходил.

В декабре 1931 года нагрянули с обыском сотрудники ОГПУ. Дочь хозяйки дома, где жил владыка, Марию Лаврентьевну в полночь увезли в Иваново, и вернулась она лишь через два месяца. В разговорах она намекала, что всех ждет тюрьма.

Наступила Лазарева суббота. После всенощной, когда ужинали, раздался стук и вошли трое. Во время придирчивого обыска взяли паспорта, а ранним утром 11 апреля, в Вербное воскресенье 1932 года, послушниц повели в ОГПУ. Бледный от болезни владыка просил следователя, когда уводили послушниц: «Не обижайте их, и вас Господь помилует. Не забудьте моей о них к вам просьбы, а я вас не забуду». Из раскрытого окна он благословил арестованных девушек.

«Не надейтесь на своего Бога, — говорили тюремщики. — Он вас не освободит, из наших рук никто не освободит вас». Но… из Москвы пришло распоряжение об освобождении.