— Ну что же, езжайте, только живите тихо, — предостерег Тучков.

Епископ Серафим подал митрополиту Сергию прошение об увольнении за штат. Такое же прошение подал и епископ Зиновий.

В город Меленки Владимирской губернии перебрались к концу октября. Дмитровцы, узнав новое местопребывание епископа, навестили его. Приезжало духовенство, дмитровское и московское, монашествующие и миряне. Извозчики, выезжая за архиерейскими гостями, сами указывали его место жительства. Шли пешком странники, богомольцы к владыке Серафиму, и «никтоже тощ и неутешен от него отыде». Владыке говорили, что начальству не нравятся частые посетители, как бы не забрали. «Пусть поездят, все равно ведь заберут», — отвечал владыка. На первой неделе поста он просил никого не приезжать. Уединялся в келии, с домашними до пятницы не говорил, ничего не вкушал, даже Святые Тайны не запивал теплотой. Ночью ежедневно в два часа служил полунощницу. Иногда случалось так: среди ночи, когда он читал правило, дверь келии отворялась от ветра. Послушницы подходили, полагая, что он отворил дверь сам, приглашая войти. Заглянув в нее, видели владыку, в молитве лежащим ниц на полу, повергшегося перед иконами, крестообразно раскинув руки…

Размеренно текла жизнь в Меленках около пяти лет. Все пять лет владыка за ворота не выходил.

В декабре 1931 года нагрянули с обыском сотрудники ОГПУ. Дочь хозяйки дома, где жил владыка, Марию Лаврентьевну в полночь увезли в Иваново, и вернулась она лишь через два месяца. В разговорах она намекала, что всех ждет тюрьма.

Наступила Лазарева суббота. После всенощной, когда ужинали, раздался стук и вошли трое. Во время придирчивого обыска взяли паспорта, а ранним утром 11 апреля, в Вербное воскресенье 1932 года, послушниц повели в ОГПУ. Бледный от болезни владыка просил следователя, когда уводили послушниц: «Не обижайте их, и вас Господь помилует. Не забудьте моей о них к вам просьбы, а я вас не забуду». Из раскрытого окна он благословил арестованных девушек.

«Не надейтесь на своего Бога, — говорили тюремщики. — Он вас не освободит, из наших рук никто не освободит вас». Но… из Москвы пришло распоряжение об освобождении.

После ареста послушниц епископа Серафима оставили под домашним арестом. В тюрьму его взяли 23 апреля во время приступа желчной болезни. 25 апреля владыку отконвоировали в Москву на Лубянку и поместили во внутреннем изоляторе, где уже находился епископ Арсений (Жадановский); его вскоре отпустили, а епископ Серафим остался в заключении. В июне с Лубянки перевели в Бутырскую тюрьму, и 7 июля 1932 года был вынесен приговор — три года ссылки в Казахстан.

В Алма–Ату владыка с послушницами прибыли 1 августа и поселились на терраске в чуланчике. Разреженность воздуха действовала на сердце, вызывая тяжелые приступы. Чуть ли не каждые два дня бегали за врачом: казалось, владыка умирает… На террасе осенью стало холодно: начались нарывы, ревматизм, зубная боль, малярия… Отец хозяйки собирал милостыню. Вернувшись домой, доставал лучшие куски и прянички из мешочка, делился с владыкой. Епископ брал и благодарил: «Спасибо, дедушка». — «Богу Святому спасибо, а не мне». 10 ноября 1932 года владыку вызвали в ОГПУ и приказали отправиться в город Гурьев.

Зима в Гурьеве прошла в скудости и нищете. Анна рисовала и вышивала, кормились, продавая ее изделия, но на праздник иконы Божией Матери «Живоносный Источник» вдруг посетила ссыльных милость Божия — телега посылок с крупой и сухарями.

17 июля 1933 года, во время совершения литургии, явился представитель ОГПУ — владыку перевели в Уральск.

1 августа, в день памяти преподобного Серафима, началась в Уральске новая жизнь в маленькой хатке. Здесь устроили келиюцерковь, снова стали постоянно служить, но вскоре владыка заболел малярией. Страшные приступы повторялись ежедневно, хина не помогала. Он терял сознание и приходил в себя лишь через несколько часов. Врач каждый раз предупреждал о возможности смертельного исхода в ближайшую ночь. Исцеление пришло неожиданно в день празднования памяти святого Иоанна Тобольского. С 23 июня, после двух месяцев болезни, приступы прекратились. По совету врача подали прошение переменить место ссылки, но ответа не последовало.

Наступила зима. Рамы в доме были одинарные, на окнах — лед, кругом снег и темнота. Листья деревьев и хворост из государственного сада запасали на дрова, а верблюжий навоз — для самовара. Голодно, цены высокие, не было ни хлеба, ни картофеля. Собирали в полях зеленый капустный лист и рубили в маленькую кадочку. В дни получения посылок был праздник, чувствовали помощь Божию и любовь духовных чад.

В Крещенский сочельник, когда епископ Серафим готовился к водосвятию, пришел представитель ОГПУ и объявил, что ссыльного переводят на жительство в Омск.