В 1900 году, благодаря деятельности Тифлисского миссионерского братства, в одном из самых неблагоустроенных районов Тифлиса, населенного сектантами, открылись три церковноприходские школы, в которых училось до трехсот человек. Вскоре число школ возросло до восьми. Заведующим школами был поставлен отец Иоанн. Он не только руководил занятиями, но и совершал богослужения (сначала в классах, а затем в устроенной его усилиями домовой церкви), а также проводил беседы о воспоминаемых Церковью лицах и событиях, о поведении в храме, в школе и дома. Число учащихся через несколько месяцев достигло пятисот человек, двадцать процентов из них составляли дети сектантов. «Пусть они сближаются с Православной Церковью, — писал отец Иоанн, — пусть видят любовь к ним и заботливость о них. Не может быть, чтобы потом на любовь они не ответили любовью».

В декабре 1900 года Святейший Синод утвердил отца Иоанна в должности Наблюдателя церковноприходских школ и школ грамоты Грузинской епархии с возведением в сан протоиерея.

Среди множества трудов в должности руководителя церковношкольного дела в Грузинском Экзархате отец Иоанн находил силы и время участвовать в жизни общественных организаций. 18 декабря 1903 года он был избран членом Кавказского отдела Императорского Русского географического общества. В том же году утвержден секретарем Тифлисского отдела Православного Императорского Палестинского общества. Кавказское окружное управление Красного Креста 25 января 1905 года присваивает ему звание пожизненного члена Общества и избирает членом Комитета Кавказского окружного Управления Красного Креста.

Отмечены наградами и священнические труды отца Иоанна. Святейший Синод 6 мая 1904 года наградил его палицею.

Дважды обер–прокурор Святейшего Синода посылает его в ответственные командировки: 16 декабря 1904 года на Северный Кавказ (в Ставропольскую и Владикавказскую епархии) для обозрения инородческих церковноприходских школ и для ознакомления с делами местных Епархиальных Училищных советов, а 6 июля для выявления нужд и положения Ардонской Духовной семинарии[29]. Протоиерей Иоанн вновь безупречно выполнил порученные ему дела. По особому представлению Святейшего Синода от 27 августа 1905 года «Всемилостивейше сопричислен за отлично–усердную и полезную службу к ордену Святой Анны 2–й степени». За два дня до этого указа о награждении обер–прокурор Святейшего Синода направил его в продолжительную и крайне трудную поездку для ознакомления с нуждами духовно–учебных заведений Иркутской, Забайкальской и Приамурской епархий.

Особо значимым в жизни отца Иоанна был день 25 января 1906 года. Указом Святейшего Синода он назначается на должность проповедника–миссионера. Начинается последний — московский — период его жизни. Протоиерею Иоанну было тогда 42 года. Яркие и многообразные дарования, соединившись с опытом жизни, созрели для новых выдающихся трудов. Богатые силы своей незаурядной личности он всегда отдавал служению любимой им Церкви. «В Церкви наше спасение, — писал он. — В Церкви — мир, радость, счастье и жизнь; без нее не стоит работать, не к чему стремиться, без нее — скажем дерзновенно — не стоит жить, ибо бессмысленно жить. Итак, будем в послушании Церкви. Пусть послужит нам в этом руководством прекрасное слово древнего библейского мудреца:«Подставь послушанию плечо твое и, неся его, не тяготись узами его. Путы его будут тебе крепкою защитою, и цепи его славным одеянием (см. Сир. 6, 30—31).

Последние двенадцать лет жизни были отданы отцом Иоанном Восторговым святому делу миссионерского служения. Его кипучая энергия, блестящий дар слова, творческий ум и высокое чувство долга вполне соответствовали требованиям этого важнейшего общецерковного дела.

25 августа 1906 года митрополит Московский Владимир (Богоявленский), как Председатель Всероссийского Миссионерского общества, ввел отца Иоанна в состав Совета Общества. Трудился он и в миссионерском Братстве Св. Петра Митрополита, членом Совета которого был назначен еще 25 января 1906 года.

Святейший Синод также возложил на отца Иоанна ряд ответственных поручений. С 1 июня 1906 года он — член Предсоборного Присутствия при Святейшем Синоде. В сентябре 1906 года он посещает Самарскую и Симбирскую епархии, знакомясь с состоянием там церковных школ. В августе 1907 года участвует в работе Миссионерского съезда в Нижнем Новгороде. 22 августа 1907 года обер–прокурор Святейшего Синода посылает его в командировку для изучения состояния миссионерского дела в 24–х епархиальных городах: Твери, Рязани, Тамбове, Воронеже, Ярославле, Вологде, Вятке, Калуге, Казани, Ставрополе, Харькове, Туле, Орле и др.

6 декабря 1906 года отец Иоанн был награжден митрой.

К этим годам относится сближение его и дружеское общение со святым праведным Иоанном Кронштадтским. В день памяти святителя Николая — 6 декабря 1907 года отец Иоанн Восторгов в Кронштадтском Андреевском соборе произнес взволнованное слово о великом нашем праведнике: «Здесь, в этом святом храме, полвека трепетал самый воздух его от гласа молитв и воздыханий всероссийского пастыря и молитвенника… Он зажег священный огонь в тысячах душ; он спас от отчаяния тысячи опустошенных сердец; он возвратил Богу и в ограду Церкви тысячи погибших чад; он увлек на служение пастырское столько выдающихся людей, которые именно в личности отца Иоанна успели увидеть, оценить и полюбить до самозабвения красоту священства…»

Святой праведный Иоанн Кронштадтский высоко ценил отца Иоанна Восторгова. Известен отзыв его о нем, записанный в дневнике духовной дочери Иоанна Кронштадтского: «Похвалил священника Восторгова, сказав, что это дивный человек, обладающий необыкновенным красноречием, что это Златоуст, что он может великую пользу принести России».

Отец Иоанн был одним из организаторов 4–го Миссионерского съезда, проходившего в Киеве с 12 по 26 июля 1908 года. Общим собранием съезда он был избран председателем Отдела по организации мер борьбы с социализмом, атеизмом и противоцерковной литературой.

Он сделал доклад съезду о нарастающей опасности сектантства. Все 15 предложенных им тезисов были приняты общим собранием участников съезда. Другой его доклад: «Проповедь социализма и успех ее среди учащейся молодежи и, главным образом, среди рабочих». Отец Иоанн Восторгов с обостренным и тревожным вниманием следил за деятельностью социалистов в России и за успехами их пропаганды. Многочисленные его работы о социализме показывают, насколько точным было его видение сущности происходивших общественных процессов. Никто из церковных писателей того времени не посвятил столько усилий раскрытию богоборческой природы социализма и коммунизма. «Обманные, пагубные речи и тайно и явно раздаются теперь всюду в России. Они заманивают в свои сети людей часто искренних и хороших, но не понимающих того, как ими пользуются враги веры, Церкви и России. Таковы простые люди — крестьяне, рабочие, которым ложные учители ложно обещают всякие блага; таковы часто люди молодые, неопытные, увлекающиеся, из образованных и полуобразованных, думающие, что они самоотверженно жертвуют собою для общего блага, а на самом деле служащие только общей смуте, беспорядку, гибели родины». Отец Иоанн указывает на богоборческую природу социализма, который пытается приобрести все внешние черты религии и стать на место христианства. «Раз социализм отрицает Бога, душу, бессмертие, свободу духовную в человеке, постоянные правила нравственности, то он должен обратиться к единственному средству воздействия на человека — к насилию». Последующая история нашего отечества это полностью подтвердила.