4 апреля 1922 года проходило изъятие церковных ценностей в храме святых апостолов Петра и Павла. В июне — начале октября 1922 года протоиерей Сергий был членом Московского епархиального управления, которое в этот период находилось в руках обновленцев. В качестве члена Московского епархиального управления он присутствовал на собрании духовенства третьего отделения Замоскворецкого сорока. В условиях обновленческой смуты отец Сергий был поначалу в числе тех, кто признал обновленческое Высшее Церковное Управление.

19 июля 1922 года по поручению обновленческого Высшего Церковного Управления отец Сергий выступал на благочинническом собрании священноцерковнослужителей второго округа Звенигородского уезда. Собравшиеся под председательством благочинного протоиерея Виноградова постановили «…единогласно присоединиться к резолюции московских столичных благочинных и обратить внимание ВЦУ на необходимость сохранения неизменности догматов веры и основных канонов Церкви… Считать необходимым скорейший созыв Всероссийского Церковного Собора».

Однако, когда отец Сергий разобрался в истинной сути и источниках обновленческой смуты, он отошел от обновленцев и занял но отношению к ним непримиримую позицию.

В феврале 1924 года протоиерей Сергий, стоявший во главе православной общины, организовал активное сопротивление общине «Союза церковного возрождения», захватившей церковь Петра и Павла. Он подавал апелляцию заместителю наркома юстиции и даже сдал группу обновленцев, начавших переоборудовать храм по своему вкусу, в отделение милиции, так что обновленческий «епископ» Антонин (Грановский) вынужден был оправдываться. Отец Сергий с прихожанами организовали охрану храма. Когда явились обновленцы, то были заперты внутри, и отец Сергий привел к храму милицию, которая потребовала прекращения работ и препроводила участников в отделение для составления протокола, пообещав вернуть отцу Сергию ключи от храма.

В связи с этим 22 февраля Антонин написал на отца Сергия в Московский Совдеп донесение, которое заканчивалось словами: «Возрожденческая община просит Отдел управления принять меры к ликвидации махаевщины и содействия ей ко вступлению и пользованию храмом соответственно обряду»Союза возрождения»».

1 марта 1924 года отец Сергий подал митрополиту Крутицкому Петру (Полянскому) прошение следующего содержания: «Ввиду передачи нашего храма Управлением Моссовета группе верующих»Союза возрождения», прошу причислить временно, впредь до решения дела в Наркомюсте, к храму святого Марона Чудотворца, что в Старых Панех, прихожан, состоящих в каноническом общении со Святейшим Патриархом Тихоном, и причет в составе меня, диакона Федора Чемичева и просфорницы Марии Введенской».

В том же году отец Сергий был арестован и содержался в заключении три месяца.

В 1925 году он служил вторым священником в храме святого Марона Чудотворца в Старых Панех до его закрытия в 1930 году.

В 1937 году отец Сергий был назначен настоятелем Богоявленского собора города Ногинска (Богородска).

В августе 1937 года были арестованы все члены церковного совета Богоявленского собора. Чтобы избежать закрытия храма, отец Сергий организовал создание новой двадцатки. В обстановке массовых арестов некоторые члены новой двадцатки заявили о своем выходе из нее; впоследствии это дало повод обвинять отца Сергия в том, что, организуя новый церковный актив, он оказывал давление на верующих и, кроме того, ввел в церковный совет «антисоветски настроенных лиц».

22 ноября 1937 года отец Сергий был арестован по обвинению в «контрреволюционной агитации» и заключен в тюрьму города Ногинска. В тот же день он был допрошен.

—Вы арестованы за активную контрреволюционную деятельность, признаете вы это?

— Никакой контрреволюционной деятельности я не проводил.

— Следствием установлено, что вы подложным, обманным путем привлекали верующих в церковную двадцатку. Дайте показания по этому вопросу.