С 1947 года начались службы в Трапезном храме. Здесь пел уже монашеский хор. Отец Вениамин сам регентовал за всенощными, а в Великий пост всегда пел басом в трио с отцом Антонием (тенор) и протодиаконом Даниилом (баритон):"Да исправится молитва моя…."

С1947 года отец Вениамин стал исповедовать. Популярность его была столь велика, что это послужило поводом для многих искушений".

В июле 1948 года архимандрит Вениамин защитил диссертацию"Божественная любовь по учению Библии и Православной Церкви", получив степень магистра богословия, и был утвержден в звании профессора кафедры патрологии и в должности инспектора академии.

За недолгие годы преподавания он написал несколько работ:"Чтения по литургическому богословию","Грехопадение человеческой природы в Адаме и восстание во Христе"(по учению преподобного Макария Великого),"Опыт приспособления"Догматики"митрополита Московского Макария (Булгакова) к потребностям современной духовной школы", собрание лекций по пастырскому богословию за 1947–1948 годы,"Троицкие цветки с луга духовного"(по воспоминаниям архимандрита Кронида (Любимова), бывшего наместника Лавры)[31].

В июне 1949 года отца Вениамина попросили зайти по какому‑то маловажному делу в отделение милиции Лавры. Назад он уже не вернулся, а оказался в Казахстане на положении ссыльного. Об этом периоде его жизни свидетельствуют письма Татьяне Борисовне и Тихону Тихоновичу Пелих. Усталость, болезни, голод, нищета, зачастую отсутствие крова над головой стали его уделом на целых пять лет. А ведь отцу Вениамину было уже шестьдесят два года и за плечами — двенадцать лет лагерей и ссылок. Удивительно, однако, другое: как только обстоятельства становились минимально терпимыми, отец Вениамин начинал заниматься интеллектуальным трудом — если не богословием, то хотя бы филологией. Поэтому в письмах он постоянно просит присылать ему книги. Уже через два–три года ссылки у него собралась такая библиотека, что он не смог перевезти ее на новое место.

Пять лет прошли в муках, попытках выяснить причину ссылки и каким‑то образом изменить"меру пресечения". В октябре 1954 года Патриарх Алексий I неожиданно вызвал архимандрита Вениамина в Одессу, затем они прилетели в Москву, где отец Вениамин получил должность настоятеля храма святого пророка Илии в Серпухове. А уже 4 февраля 1955 года в Богоявленском кафедральном соборе архимандрит Вениамин был рукоположен во епископа Саратовского и Балашовского. Хиротонию совершали Патриарх Московский Алексий I, Католикос–Патриарх всея Грузии Мелхиседек, митрополит Крутицкий и Коломенский Николай (Ярушевич) и еще семеро архиереев.

Между тем радостное событие уже не смогло существенно повлиять на внутреннюю жизнь владыки. Он как бы предчувствовал, что жить на этой земле ему осталось всего полгода, и в своей речи при наречении во епископа сказал, что переживает уже"одиннадцатый час своей жизни"

Владыка прибыл на кафедру в праздник Сретения Господня. С этого времени он служил постоянно — не только в праздничные дни, но и по будням. Неизменно проповедовал за каждой литургией. Благоговейное, сосредоточенное служение архиерея быстро привлекло к нему саратовскую паству: храмы, где служил владыка, всегда были переполнены молящимися.

Владыка Вениамин скоропостижно скончался 2 августа 1955 года — в день празднования святого пророка Божия Илии. Отпевали епископа Вениамина архиепископ Казанский и Чистопольский Иов и епископ Астраханский и Сталинградский Сергий. Скорбную телеграмму прислал Патриарх Алексий I.

Всю ночь саратовский кафедральный собор не закрывался: верующие непрерывным потоком шли прощаться со своим архипастырем.

Погребен владыка Вениамин на саратовском кладбище, где его могила до сих пор пользуется особым почитанием[32].