Многостороннее церковное домостроительство первого Московского Патриарха также касалось укрепления веры и благочестия просвещенных святым крещением восточных народов. Однажды святитель Казанский Гермоген обратился к Патриарху Иову за советом по поводу отступления крещеных Казанцев от обычаев и обетов христианских. Патриарх рекомендовал охранительные меры — создавать христианские слободы в казанских землях и не позволять христианам поступать на службу к некрещеным татарам.

По Божьему благоволению для укрепления в вере казанских христиан явилась чудотворная икона Пресвятой Богородицы, именуемая Казанской. После обретения святыни святителем Гермогеном им была составлена о том повесть. "Заступница Усердная" вскоре стала спасительницей Руси от великой Смуты.

Смута продолжалась во все правление Иова. В своем духовном завещании Иов говорит следующее: "Бог знает, в какие рыдания и слезы я впал с тех пор, как возложен был на меня сан святительства; или из-за своей немощи, не имея сил духовных, или соболезнуя бедам паствы своей, погружаем был в лютые напасти, озлобления, клеветы и укоризны; все это меня, смиренного, постигло". Попущением Божьим в Угличе в 1591 году совершилось несчастье: при загадочных обстоятельствах погиб царевич Димитрий, сын Иоанна IV. Возник стихийный бунт и устроен самосуд над государевыми людьми. Правительство послало для расследования дела авторитетную комиссию во главе с митрополитом Сарским и Подонским Геласием и боярином Василием Шуйским — будущим царем.

Выводы расследования комиссия представила Думе и освященному собору; комиссия доказывала, что кончина царевича была нечаянной вследствие его болезни. Собор духовенства и бояр согласился с выводами следственной комиссии и определил, что "смерть Димитрия царевича учинилась Божьим судом". Патриарх Иов не верил в причастность Бориса Годунова к убийству царевича и сохранил свою уверенность в этом до конца дней.

Спустя семь лет по преставлении царевича Димитрия скончался царь Теодор Иоаннович. Умирающему царю явился "муж в светлых одеждах", которого царь назвал Патриархом и велел окружавшим его одр боярам воздать сему мужу должную честь.

Придя к царю, угасающему рабу Божью Теодору, Патриарх Иов благодарил Бога за чудное явление Ангела Господня. Затем Патриарх совершил святое таинство елеосвящения и причастил Теодора Святых Христовых Тайн. Вскоре царь Теодор скончался, наследников он не оставил, и так пресеклась прямая династия Рюриковичей.

Патриарх Иов благословил завершить панихиду и пение надгробного рыдания раздачей милостыни бедным, церквам, и монастырям, а также освобождением узников из темниц.

Московский престол по завещанью царя Теодора переходил к его супруге Ирине, но она восхотела принять монашеский постриг. Патриарх стал просить царицу Ирину, чтобы она благословила на царство своего брата Бориса. Несколько дней Патриарх убеждал Бориса — и все тщетно.

На мясопустной неделе 17 февраля 1598 года открылся земский собор речью Патриарха Иова. Поведав о неудачных попытках склонить боярина Бориса Годунова на принятие всероссийского царства, Московский первосвятитель завершил речь свою словами: "Что касается до меня и земского собора, бояр и дворян и православных христиан, которые были в Москве, то наша единодушная мысль та, чтобы, кроме государя Бориса Теодоровича, не искать иного государя". Тогда все выборные земли Русской объявили свое полное согласие с этим мнением.

Но Борис Годунов был непреклонен и не желал принять решения земского собора. Тогда Патриарх устроил крестный ход к стенам Новодевичьего монастыря с чудотворными богородичными иконами: Владимирской, Донской и Петровской.

Борис, увидя крестный ход, сам вышел ему навстречу со Смоленской иконою Божьей Матери. Благословив Бориса крестом, Святейший Патриарх Иов сказал: "Не печалься, Богом избранный сын. Не я совершил сей подвиг, но Пречистая Богородица, возлюбив тебя, пришла к тебе. Устыдись пришествия Ее, не противься Божественной воле и ослушанием не привлеки на себя праведного гнева Его".

Затем Патриарх Иов совершил Божественную литургию в монастыре, после чего благословил избранного на царство Бориса Теодоровича крестом Животворящего древа, нарек царем и провозгласил первое многолетие. Патриарх составил утвердительную грамоту об избрании Бориса Годунова на царство, которую подписали все, числом около пятисот, участники земского собора. По Руси были разосланы грамоты Патриарха, сообщавшие об избрании нового царя и повелевавшие молиться о нем.

Вскоре новая кара обрушилась на Русь — самозванство. Патриарх Иов разослал обличительные грамоты в Малороссию. В соборной грамоте к литовским панам и киевскому воеводе Константину Острожскому велено было поймать самозванца Григория Отрепьева и прислать в Москву для наказания. Все было безуспешно, и к концу 1604 года почти вся Юго-Западная Русь отделилась от Москвы, оказавшись под властью самозванца. Патриарх не переставал писать грамоты и рассылать их по всем землям, призывая помнить Бога и крестное целование царю Борису; в этих посланиях Патриарх Иов клятвенно утверждал, что самозванец есть расстрига Гришка, а не царевич Димитрий. Народ же словно ослеп и оглох, и тогда Патриарх предал анафеме самозванца со всеми его сообщниками как злодея и еретика, замышляющего упразднить Православие на Руси. По повеленью Патриарха анафему произносили во всех церквах великой России.

В апреле 1605 года неожиданно скончался царь Борис, и благодаря стараниям Всероссийского первосвятителя Москва и войско присягнули сыну Борисову — царевичу Теодору. Клятва оказалась некрепкой, спустя сорок дней последовала измена — первого июня на Красной площади был зачитан манифест самозванца. Патриарх умолял бояр успокоить народ, но они устранились от активных действий. Мятежники ворвались в Кремль, зверски расправились с царем Теодором Борисовичем и его матерью и присягнули самозванцу, называя его царем Димитрием. Святейший Патриарх Иов, искренний защитник Отечества и Православия, не тронутый мятежниками, оказался в плену врагов Христовых.