Наступила осень 1891 года. 21 сентября, в субботу, как всегда, приехал иеромонах из Оптиной для совершения бдения в келье батюшки, но в этот день старец настолько ослаб, что не смог слушать службу, у него появился озноб. Тревожная весть, подобно молнии, облетела обитель и встревожила всех. "Батюшка захворал", - передавали друг другу с трепетом сестры. Все понимали, что для старца, истощенного многими трудами, любая болезнь может быть очень опасна. Никто не хотел думать, что началась болезнь, которая сведет старца в могилу, но это было так. На следующий день у отца Амвросия заболели уши, в течении нескольких дней боль усиливалась, и он почти совершенно потерял слух. В эти дни старец сказал одной из прислуживающих ему сестер, что "это последнее испытание". Болезнь постепенно прогрессировала; к боли в ушах прибавилась еще боль в голове и во всем теле. Встревоженная настоятельница послала телеграмму в Москву, прося приехать к больному старцу известного опытного врача. 27 сентября нарыв в ухе о.Амвросия прорвался, и боль стала утихать. Вечером приехал доктор и успокоил всех, сказав, что болезнь не опасна. Старец действительно стал видимо поправляться и даже принимал некоторых посетителей. Однако ко всеобщему огорчению, 4-го октября головные боли у старца усилились, а к вечеру поднялся жар. Все следующие дни старец находился в лихорадочном состоянии, иногда от сильного жара погружался в забытье. В редкие промежутки, когда о.Амвросию становилось лучше, он делал распоряжения по обители, призывал некоторых лиц и беседовал с ними.

В эти дни проявилась прозорливость старца. Большая толпа его почитателей с утра до вечера стояла у его крыльца, хотя по состоянию здоровья он никого не мог принимать. Но однажды старец вдруг проговорил вслух: "Кто это опять там проситься в монастырь?" В келье никого из посторонних не было, и старца пытались успокоить, что никто не проситься. Через несколько минут болящий опять, но уже с гневом произнес: "Да что же мне не скажут, кто это еще проситься в монастырь?" После этих слов келейник вышел на крыльцо, недоумевая, как ему узнать, кто из многочисленной толпы желает поступить в обитель. Когда келейник появился на крыльце, к нему обратился молодой человек, желавший спросить у о.Амвросия, в какой монастырь благословит он его поступить. Вопрошавший был некогда послушником в Оптиной Пустыни, затем ушел на Афон, но и там не смог ужиться; но душа его тосковала в мире, и он решил с благословения о.Амвросия опять поступить в какую-либо обитель. Келейник передал просьбу вопрошавшего. Батюшка пригласил его к себе, благословил и велел поступить в известную по высоте и строгости духовной жизни Глинскую Пустынь. Восьмого числа усилился жар, который временами сменялся ознобом, временами больной бредил и впадал в забытье. Из скита были вызваны о.Анатолий (скитоначальник) и о.Иосиф (старший келейник о.Амвросия). Весь день батюшка был без сознания. Жар доходил до сорока градусов. К вечеру было решено совершать над болящим таинство Елеосвящения, но он был настолько слаб, что окружающие думали, что он умрет, и о.Иосиф прочитал отходную; а затем было совершено елеосвящение. Все время совершения таинства о.Амвросий был без сознания. После 12-ти часов жар стал постепенно спадать, и больной пришел в сознание. 9-го в шесть часов утра старец с большим трудом причастился Св.Таин. В этот день он не терял сознание, но был очень слаб. Когда к нему подошла матушка Евфросиния, он ласково посмотрел на нее и тихо произнес: "Плохо, мать".

В этот день к умирающему приезжал проститься настоятель Оптиной Пустыни о.Исаакий. Войдя к нему, он был поражен его изможденным видом и заплакал от жалости. В это время старец уже не мог говорить, но он узнал о.Настоятеля. Устремив на него глубокий пристальный взгляд, он поднял руку и снял шапочку - этим он выразил свое последнее приветствие своему горячо любимому настоятелю.

Очевидец последних часов жизни старца Амвросия рассказывает, что в последнюю ночь старец шептал молитву вплоть до утра; в три часа утра жар начал спадать, но вместе с тем последние силы начали оставлять старца. Его взор начал останавливаться на какой-то точке, губы перестали шевелиться, пульс становился слабее. В одиннадцать часов прочитали отходную молитву. Через несколько минут началась агония: ноги вытянулись, присутствующие могли заметить, что старец быстро взглянул на лево и быстро же отвернулся, страдальчески скосив лицо как бы от испуга или от острой боли. Правой рукой он будто отмахнулся, бросив ее к левому плечу, и, повернул голову вправо, просиял, лицо осветилось, и он чуть-чуть улыбнулся. Лицо старца начало покрываться мертвенной бледностью - старец умирал. Дыхание становилось все реже и реже. Вскоре он сильно вздохнул; через несколько минут вдох повторился, после этого батюшка поднял правую руку, слабо перекрестился и вздохнул в третий и последний раз. Душа великого старца-подвижника оставила его многострадальное тело. Все присутствующие в священном трепете стояли вокруг одра своего духовного отца, никто не решался нарушить священную тишину, во время которой произошла тайна разлучения души с телом; все молчали, а "святая душа его была уже далеко: она тихо отлетела в иной мир и предстала престолу Всевышнего, в сиянии той любви, которой он полон был на земле".

Через несколько минут после кончины батюшки вся обитель погрузилась во всеобщий стон. Невозможно словом описать горе сестер, для которых старец Амвросий был единственной опорой в их тяжелой земной участи.

В этот же день было разослано множество телеграмм во все концы России с извещением о кончине старца. Была послана телеграмма и Калужскому епископу Виталию, но она застала его уже на дороге в Шамординскую обитель. Владыка выехал из Калуги в половине двенадцатого, в то самое время, когда скончался старец. Узнав о смерти о.Амвросия, Преосвященный произнес: "Теперь я вижу, что это старец меня пригласил на отпевание; простых иеромонахов не отпевают епископы, но этот старец так велик, что его непременно должен отпевать епископ. Меня доктора отпустили с условием, чтоб я нигде не служил, но я считаю обязанностью отпевать старца".

Сразу же после кончины старца в соседней комнате начали читать попеременно псалтырь по усопшему. 11-го октября в Шамординской обители, Оптиной Пустыни и многих других местах были отслужены заупокойные литургии. После литургии началось непрерывное служение панихид, во время которых непрестанно прибывавшие почитатели старца изливали горячие молитвы об упокоении его души и в этом находили облегчение своему безутешному горю. Панихиды большей частью служили представители белого духовенства, съехавшиеся из окрестных сел и городов. Они считали за честь отслужить панихиду по великом старце. Белевский женский монастырь прислал свой хор певчих. Уставших шамординских певчих сменяли белевские, затем пели воспитанницы приюта, пели оптинские монахи, пели, наконец, все, кто мог петь, и как придется, потому что все-таки не хватало сил служить все панихиды. В два часа гроб с телом почившего старца перенесен из настоятельского корпуса в храм. Народ нескончаемой вереницей стал подходить к гробу и, прощаясь с великим печальником, воздавал ему последнее целование. Многие приносили своих детей и прикладывали их ко гробу. Приносили также платки, куски холста и разные вещи, прикладывали их к телу праведника и, как великую святыню, уносили обратно.

Отпевание было назначено на 13-го октября. К этому дню в обитель съехалось множество почитателей старца. Приехали многие настоятели и настоятельницы соседних монастырей, иеросхимонахи и священники соседних обителей и приходов, большинство из них были учениками и ученицами покойного. В этот же день утром прибыл для совершения отпевания епископ Виталий. Он вошел в храм неожиданно. В это время совершалась очередная панихида и пели "аллилуйя" (по окончании "Благословен еси Господи"). Так исполнилось пророческое слово о.Амвросия, что при встрече архиерея сестры споют ему "аллилуйя".

Преосвященный Виталий отслужил в этот день в храме обители заупокойную литургию в сослужении многочисленного духовенства. После запричастного стиха студент Московской Духовной Академии иеромонах Григорий (Борисоглебский) произнес пространное слово, в котором он прекрасно рассказал о значении старца Амвросия для русского монашества и всего русского народа. Несколько раз вдохновенные слова молодого проповедника заглушались рыданиями присутствующих в храме.

После литургии епископ Виталий в сослужении 30-ти священнослужителей совершил чин отпевания.

Необыкновенное впечатление оставило на души всех присутствующих это отпевание. Все священнослужители были в белых одеяниях, величественно пел архиерейский хор, и ему проникновенно вторил сонм духовенства: "Упокой, Господи, душу усопшего раба Твоего". Перед пением кондака "Со святыми упокой..." студент Московской Духовной Академии иеросхимонах Трифон (впоследствии митрополит Дмитровский) произнес краткое, но глубоко прочувствованное слово. После окончания отпевания духовенство, а затем опять множество народа стали прощаться с покойником. В это время настоятельница в своих покоях предложила гостям поминальный обед, за которым присутствовало около 500 человек. Во время обеда произошел случай, который еще раз показал всем прозорливость старца. Среди обедавших была одна молодая чета, которая не имела детей и очень скорбела об этом. Еще при жизни старца Амвросия супруги просили его, чтобы он благословил им взять ребенка на воспитание. Батюшка ответил, что через год он пришлет им на воспитание девочку. И вот теперь, через год, они сидели за поминальным столом и скорбели не только о том, что нет уже старца в живых, но и о том, что он не успел исполнить своего обещания. В это время разнесся слух, что на лестнице настоятельских покоев найдена покинутая неизвестно кем младенец-девочка. Услыхав об этом, супруги сразу же объявили, что берут эту девочку себе на воспитание, как обещанный дар от старца Амвросия.

14-го октября после заупокойной литургии гроб с телом старца был поднят сестрами обители, обнесен вокруг храма, и многочисленная процессия направилась к воротам обители. Старец возвращался в свою обитель - Оптину Пустынь. Тяжело было сестрам расставаться со своим аввою. Они желали похоронить старца в своей обители, чтобы иметь возможность в любое время на его могилке изливать свои скорби. Но оптинские монахи также требовали, чтобы старец был погребен в их обители. Удивительно, что старец предвидел такой ход событий и незадолго до своей кончины говорил в шутливом тоне окружавшим его шамординским сестрам: "Смотрите, - идет осень: и там и сям достанется - и уткам и гусям. Гуси потащат, а утки поплачут". И действительно, не имея возможности переубедить шамординских сестер, братия Оптиной Пустыни обратилась за разрешением этого вопроса в Св. Синод, который распорядился похоронить старца в Оптиной Пустыни, рядом с могилой его учителя о.Макария. "Настала ужасная, тяжелая минута, - пишет один из очевидцев, - дорогой, любвеобильный батюшка навсегда покидал свое любимое детище, на которое столько сил и труда было положено. Его Шамордино видело в нем свое основание... С отчаянным взором следили сестры за удаляющимся от их пределов гробом". Торжественно и необычайно умилительно происходило перенесение гроба с телом старца Амвросия. Похоронное шествие растянулось на целую версту. Множество народа окружало гроб. Сестры, оптинские иноки и монахи попеременно несли на руках носилки с гробом; хоругви, зажженные свечи, колокольный звон, с которым встречали процессию в каждом селе, - все это напоминало скорее перенесение мощей, чем обычное погребение. В селах, через которые проходила похоронная процессия, священнослужители в облачениях и в преднесении хоругвей встречали гроб старца; около храмов делали краткие остановки и служили литии.

В течении семи часов продолжалось перенесение тела почившего старца. Все это время погода была самая ненастная, почти непрерывно шел дождь и дул сильный ветер. Замечательно, что в течении всего времени перенесения тела старца из Шамордино в Оптину свечи у гроба ни разу не погасли, и даже не слышно было обычного треска, который бывает, когда капельки воды попадают на фитиль горящей свечи. При жизни своей старец Амвросий был светильником, который в любых жизненных условиях ярко светил светом своих добродетелей истомившемуся от греховной жизни человечеству, - и вот теперь, когда его не стало, Господь горением свечей в ненастную дождливую погоду засвидетельствовал всем еще раз о святости старца.

Недалеко от Оптиной Пустыни похоронную процессию встретило все духовенство города Козельска с именитыми гражданами и множеством народа, и все влились в общее шествие. Около пяти часов величественная процессия подошла к Оптиной Пустыни. Большой оптинский колокол своим густым, плавным, исполненным траура звоном возвестил оптинцам о приближении их старца, более 50-лет подвизавшегося в этой обители. Навстречу похоронной процессии из ворот обители вышло все многочисленное оптинское братство во главе с двумя архимандритами, игуменами, иеромонахами и приезжим белым духовенством. Все священнослужители были в облачениях. Братия несли множество хоругвей и икон. Все это встречное шествие подошло к реке Жиздре и остановилось у моста, специально возведенного к этому дню. Около моста две процессии слились в одну, и все направились к монастырским воротам. "Величественное было зрелище, - пишет архимандрит Агапит (очевидец), - когда перенесенный через мост гроб старца внесен был в ряды многочисленного сонма священнослужителей в блестящих облачениях, и несметные толпы народа с той и другой стороны соединились вместе. Похоронный перезвон колоколов, пение певчих, развивающиеся хоругви, и это необозримое множество народа и впереди и сзади далеко, далеко за рекой, и наконец, этот бедный гроб, к которому устремлены слезные взоры всех присутствующих, к которому неслись со всех сторон сердечные вздохи, - все это поражало сердца всех, собравшихся отдать последний долг старцу".