Отпевание было назначено на 13-го октября. К этому дню в обитель съехалось множество почитателей старца. Приехали многие настоятели и настоятельницы соседних монастырей, иеросхимонахи и священники соседних обителей и приходов, большинство из них были учениками и ученицами покойного. В этот же день утром прибыл для совершения отпевания епископ Виталий. Он вошел в храм неожиданно. В это время совершалась очередная панихида и пели "аллилуйя" (по окончании "Благословен еси Господи"). Так исполнилось пророческое слово о.Амвросия, что при встрече архиерея сестры споют ему "аллилуйя".

Преосвященный Виталий отслужил в этот день в храме обители заупокойную литургию в сослужении многочисленного духовенства. После запричастного стиха студент Московской Духовной Академии иеромонах Григорий (Борисоглебский) произнес пространное слово, в котором он прекрасно рассказал о значении старца Амвросия для русского монашества и всего русского народа. Несколько раз вдохновенные слова молодого проповедника заглушались рыданиями присутствующих в храме.

После литургии епископ Виталий в сослужении 30-ти священнослужителей совершил чин отпевания.

Необыкновенное впечатление оставило на души всех присутствующих это отпевание. Все священнослужители были в белых одеяниях, величественно пел архиерейский хор, и ему проникновенно вторил сонм духовенства: "Упокой, Господи, душу усопшего раба Твоего". Перед пением кондака "Со святыми упокой..." студент Московской Духовной Академии иеросхимонах Трифон (впоследствии митрополит Дмитровский) произнес краткое, но глубоко прочувствованное слово. После окончания отпевания духовенство, а затем опять множество народа стали прощаться с покойником. В это время настоятельница в своих покоях предложила гостям поминальный обед, за которым присутствовало около 500 человек. Во время обеда произошел случай, который еще раз показал всем прозорливость старца. Среди обедавших была одна молодая чета, которая не имела детей и очень скорбела об этом. Еще при жизни старца Амвросия супруги просили его, чтобы он благословил им взять ребенка на воспитание. Батюшка ответил, что через год он пришлет им на воспитание девочку. И вот теперь, через год, они сидели за поминальным столом и скорбели не только о том, что нет уже старца в живых, но и о том, что он не успел исполнить своего обещания. В это время разнесся слух, что на лестнице настоятельских покоев найдена покинутая неизвестно кем младенец-девочка. Услыхав об этом, супруги сразу же объявили, что берут эту девочку себе на воспитание, как обещанный дар от старца Амвросия.

14-го октября после заупокойной литургии гроб с телом старца был поднят сестрами обители, обнесен вокруг храма, и многочисленная процессия направилась к воротам обители. Старец возвращался в свою обитель - Оптину Пустынь. Тяжело было сестрам расставаться со своим аввою. Они желали похоронить старца в своей обители, чтобы иметь возможность в любое время на его могилке изливать свои скорби. Но оптинские монахи также требовали, чтобы старец был погребен в их обители. Удивительно, что старец предвидел такой ход событий и незадолго до своей кончины говорил в шутливом тоне окружавшим его шамординским сестрам: "Смотрите, - идет осень: и там и сям достанется - и уткам и гусям. Гуси потащат, а утки поплачут". И действительно, не имея возможности переубедить шамординских сестер, братия Оптиной Пустыни обратилась за разрешением этого вопроса в Св. Синод, который распорядился похоронить старца в Оптиной Пустыни, рядом с могилой его учителя о.Макария. "Настала ужасная, тяжелая минута, - пишет один из очевидцев, - дорогой, любвеобильный батюшка навсегда покидал свое любимое детище, на которое столько сил и труда было положено. Его Шамордино видело в нем свое основание... С отчаянным взором следили сестры за удаляющимся от их пределов гробом". Торжественно и необычайно умилительно происходило перенесение гроба с телом старца Амвросия. Похоронное шествие растянулось на целую версту. Множество народа окружало гроб. Сестры, оптинские иноки и монахи попеременно несли на руках носилки с гробом; хоругви, зажженные свечи, колокольный звон, с которым встречали процессию в каждом селе, - все это напоминало скорее перенесение мощей, чем обычное погребение. В селах, через которые проходила похоронная процессия, священнослужители в облачениях и в преднесении хоругвей встречали гроб старца; около храмов делали краткие остановки и служили литии.

В течении семи часов продолжалось перенесение тела почившего старца. Все это время погода была самая ненастная, почти непрерывно шел дождь и дул сильный ветер. Замечательно, что в течении всего времени перенесения тела старца из Шамордино в Оптину свечи у гроба ни разу не погасли, и даже не слышно было обычного треска, который бывает, когда капельки воды попадают на фитиль горящей свечи. При жизни своей старец Амвросий был светильником, который в любых жизненных условиях ярко светил светом своих добродетелей истомившемуся от греховной жизни человечеству, - и вот теперь, когда его не стало, Господь горением свечей в ненастную дождливую погоду засвидетельствовал всем еще раз о святости старца.

Недалеко от Оптиной Пустыни похоронную процессию встретило все духовенство города Козельска с именитыми гражданами и множеством народа, и все влились в общее шествие. Около пяти часов величественная процессия подошла к Оптиной Пустыни. Большой оптинский колокол своим густым, плавным, исполненным траура звоном возвестил оптинцам о приближении их старца, более 50-лет подвизавшегося в этой обители. Навстречу похоронной процессии из ворот обители вышло все многочисленное оптинское братство во главе с двумя архимандритами, игуменами, иеромонахами и приезжим белым духовенством. Все священнослужители были в облачениях. Братия несли множество хоругвей и икон. Все это встречное шествие подошло к реке Жиздре и остановилось у моста, специально возведенного к этому дню. Около моста две процессии слились в одну, и все направились к монастырским воротам. "Величественное было зрелище, - пишет архимандрит Агапит (очевидец), - когда перенесенный через мост гроб старца внесен был в ряды многочисленного сонма священнослужителей в блестящих облачениях, и несметные толпы народа с той и другой стороны соединились вместе. Похоронный перезвон колоколов, пение певчих, развивающиеся хоругви, и это необозримое множество народа и впереди и сзади далеко, далеко за рекой, и наконец, этот бедный гроб, к которому устремлены слезные взоры всех присутствующих, к которому неслись со всех сторон сердечные вздохи, - все это поражало сердца всех, собравшихся отдать последний долг старцу".

Через северные врата гроб был внесен в обитель и затем в холодный Введенский собор, который был украшен по-праздничному и блистал от множества зажженных свечей и паникадил.

После того, как гроб был установлен на середине храма, о.Настоятель с несколькими парами отслужил панихиду. В это время в теплом Казанском храме началось торжественное заупокойное всенощное бдение. Всю ночь во Введенском храме служили панихиды, и народ во множестве стоял при гробе старца.

На следующий день, 15-го октября, гроб был перенесен в Казанский храм. В 9 часов Преосвященный Виталий в сослужении старшей братии обители совершил Божественную литургию, в конце которой он произнес исполненную глубокой скорби о почившем старце речь. После литургии Владыка в сослужении сорока священнослужителей отслужил панихиду. Поле 9-ой песни канона иеромонах Григорий (Борисоглебский), по благословению Преосвященного, произнес краткое слово, в котором он высказал последние прощальные слова старцу от Московской Духовной Академии. Свое слово проповедник окончил земным поклоном усопшему.

После панихиды гроб с телом старца был поднят братией обители, и в преднесении хоругвей и икон, при печальном похоронном перезвоне и умилительном пении погребальных песнопений его несли к юго-восточной стене Введенского собора, где рядом с часовней над могилой старца Макария была приготовлена свежая могила.

Известно, как благоговел в течении всей своей жизни о.Амвросий перед своим учителем - о.Макарием. Близкие к о.Амвросию лица нередко слышали от него следующее: "Великий человек был батюшка о.Макарий! - вот привел бы мне Господь хоть у ножек его лечь". И теперь даже и не "у ножек", а рядом с великим учителем погребался не менее, а может быть, и более великий его ученик.

По совершении литии и провозглашении "Вечной памяти" почившему гроб был опушен в могилу. Владыка первый бросил на гроб горсть земли, за ним остальные, и вскоре небольшой холмик возвысился над местом вечного упокоения великого праведника.

"Вот появилась, наконец, новая, свежая могила, в которой сокрыто драгоценное сокровище, сосуд Божией благодати, храм великой святой души - многотрудное тело старца иеромонаха, батюшки отца Амвросия!" - пишет один из его жизнеописателей.