Вскоре новые смуты возникли в Константинополе. Благочестивые епископы, истинно желавшие блага и мира Церкви, боялись возбуждать богословские споры, столь опасные для христианской любви; они знали, сколько эти споры, столь опасные для христианской любви, возбуждают взаимной вражды, как часто они служат предлогом для корыстных целей, орудием ненависти и честолюбия. Но не таков был преемник Кирилла Александрийского Диоскор, человек честолюбивый и гордый; из личных видов своих он стал покровителем новой ереси Евтихия.

Евтихий был архимандритом одного из Константинопольских монастырей — и ревностным противником Нестория. Но, опровергая лжеучение Нестория, он впал в новую ересь — видоизменение несторианства. Он утверждал, что в Господе Иисусе Христе человеческое естество было совершенно поглощено Божеством, и потому в Нем следует признавать только одно Божеское естество (отсюда название этой ереси монофизитской). Некоторые епископы обвинили Евтихия в ереси перед Флавианом, патриархом Константинопольским, а один из них потребовал, чтобы мнения Евтихия были подвергнуты рассмотрению поместного собора, который именно в это время происходил в Константинополе.

Миролюбивому Флавиану нежелательно было поднимать спор; он знал, как легко в таком отвлеченном вопросе придать всякому необдуманному выражению значение ереси; и, боясь нарушить только что водворившийся мир, он всячески старался частным образом привести Евтихия к сознанию своего неправомыслия; но все было тщетно, и собор должен был принять обвинения и призвать Евтихия к ответу. Евтихий несколько раз отказывался явиться; и лишь по третьему зову явился с вооруженной стражей. На вопросы епископов он отвечал двусмысленно, оказывал пренебрежение Флавиану; но был уличен в ереси и определением собора лишен церковной степени.

Евтихий не покорился этому решению и требовал пересмотра дела. Он имел сильных покровителей при дворе слабого Феодосия; они обвинили Флавиана в ереси и убедили царя созвать собор в Ефесе в 449 году. Диоскор на нем председательствовал: он признал изложение учения Евтихия правым и произнес низложение Флавиана. Толпа монахов, фанатически преданных Евтихию, вместе с вооруженными воинами, которых призвал Диоскор, набросилась на Флавиана: ему нанесли столько тяжких ран, что он скончался через несколько дней. Среди шума и смятения кончился этот беззаконный собор, справедливо заклейменный названием Разбойничьего собора.

Тогдашний папа Римский Лев и множество епископов восточных стали настойчиво требовать, чтобы император снова созвал Вселенский собор; но Феодосии внезапно скончался, и уже сестра его Пульхерия и супруг ее, император Маркиан, в 451 году созвали Четвертый Вселенский собор в Халкидоне.

Заседания Собора происходили в церкви святой мученицы Евфимии при участии 630 епископов, в присутствии императора и императрицы; председателем был патриарх Анатолий, преемник Флавиана. Ересь Евтихия была осуждена; Евтихий и Диоскор низложены и изгнаны; повторено осуждение ереси Нестория, и по прочтении письма папы Льва изложен догмат, что Иисус Христос есть истинный Бог и истинный человек; по Божеству Он вечно рождается от Отца и во всем Ему подобен; по человечеству же Он во времени родился от Пресвятой Девы Богородицы и во всем подобен нам, кроме греха; по воплощении Он имеет одно лицо и два естества, соединенные в Нем неслиянно, неизменно, нераздельно, неразлучно.

Собор Халкидонский подтвердил определения бывших прежде трех Вселенских соборов и семи Поместных и равенство Константинопольской кафедры с Римской, которой она уступала только место.

Прошло столетие после Халкидонского собора, но споры и смуты не прекращались между ожесточенными партиями, из которых одна держалась несторианства, другая евтихианства; и те, и другие старались оправдывать свои мнения ссылками на писания отцов Церкви, толкуя выражения их по-своему. Эти споры, распространяя смуту в умах, дошли до такого раздражения, что оказался необходимым новый Вселенский собор, Пятый. Он созван был в 553 году в Константинополе Юстинианом I. То был император, знаменитый в истории и гражданской, и церковной; глубоко вникая во все вопросы своего времени, он поставил целью своей жизни умиротворить Церковь.

Пятый Вселенский собор, не провозглашая никаких новых догматов, торжественно утвердил вероопределение всех прежних Вселенских соборов и повторил осуждение и Несторию, и Евтихию.

Сам император Юстиниан изложил исповедание Божества и человечества Иисуса Христа в молитве, которая тогда же вошла в состав литургии: Единородный Сыне и Слове Божий, безсмертен сый, и изволивый спасения нашего ради воплотитися от Святыя Богородицы и Приснодевы Марии, непреложно вочеловечивыйся, распныйся же Христе Боже, смертию смерть поправый, един сый Святыя Троицы, спрославляемый Отцу и Святому Духу, спаси нас.

Однако богословские споры и затем не прекратились. К прежним предметам пререканий присоединились новые — о единстве воли, соединенной с естеством в лице Христа Спасителя.

В 648 году император Констанс II по внушению тогдашнего патриарха Феодора издал указ, известный под названием образца веры(типос), в котором запрещал под страхом строгих взысканий рассуждать о спорных вопросах, повелевая держаться во всем постановлений пяти Вселенских соборов. Не склоняясь ни на сторону истины, ни на сторону заблуждений, указ предписывал одно — молчание; но буря не унялась. Тогда начались гонения против ослушников царского указа, причем пострадали по ненависти врагов и прямые защитники православия: таковы были Мартин, папа Римский, и Максим Исповедник — святые, чествуемые Церковью.

По смерти Констанса, властью которого одобрены были все варварства последнего гонения, сын и преемник его, Константин IV, глубоко скорбя о разделении в Церкви, решился созвать в Константинополе Шестой Вселенский собор (680 год). В нем участвовали 170 отцов; после долгих прений положено: признавать в Иисусе Христе без смешения и разделения две воли, сообразно двум естествам. По истечении 11 лет Собор этот вновь открыл заседания свои в царских палатах, называемых Трулльскими, для пересмотра некоторых правил, касавшихся церковного благочиния. Собор принял за закон церковный 85 правил апостольских, правила

Вселенских соборов и семи Поместных. Этот собор называется Трулльским и тоже Пято-Шестым, потому что был как бы дополнением пятого и шестого. В Шестом соборе участвовал один из ревностных защитников истины, святой Андрей Критский, синкелл (домашний секретарь) Иерусалимского патриарха. Впоследствии он был архиепископом на острове Крите и славился благочестием и усердием в вере. Ему Церковь обязана Великим каноном покаяния, который читается в первые дни Великого поста и известен под его именем. Ирмосы этого канона составлены позже Иоанном Дамаскиным.