Прп. Антонию было тогда 42 года. Тяжка была их жизнь вначале. Питались они лишь грибами и ягодами. Раз неизвестный человек принес им припасы, но больше он не появлялся.

Однажды на них хотели напасть разбойники, но внезапно в какомто ужасе разбежались. После этого один из них пришел к преподобному с покаянием и рассказал ему, что им показалось, что иноков защищают вооруженные люди.

Когда число братии стало умножаться, прп. Антоний послал двух из них в Москву просить разрешения основать обитель.  Митрополит дал свое благословение, а вел. князь Василий III – денежную помощь и необходимую для церкви утварь. Но только успели создать церковь во имя Пресвятой Троицы, как юную обитель постигло несчастие: церковь эта сгорела, а икона Пресвятой Троицы, написанная для нее самим преподобным, как бы невидимой силой была выброшена из пламени и упала посреди монастыря. С тех пор от нее стали источаться исцеления. Сгоревшую церковь возобновили и воздвигли кроме нее еще церкви – во имя Благовещения Пресвятой Богородицы и прп. Сергия Радонежского, которого особенно чтил прп. Антоний. Была собрана библиотека. Братии было уже 70 человек, среди них многие вели высокую духовную жизнь, как, например, старец Иона, писатель жития прп. Антония.

Сам преподобный настоятель был примером братии во всем, принимал участие во всех трудах и особенно утешал тех, кто находился на тяжелых работах. Он заботился о бедных и больных, приходивших в монастырь, уча братию милосердию. Ночи он проводил в молитве, а спал лишь краткое время после обеда. Но почет и уважение, которые ему оказывали, тяготили его, и он ушел на пустынный остров на лесном озере. Там он обработал поле, сеял рожь, молол ее и посылал в монастырь.

Раз пришел к нему молодой инок, желавший тайно уйти из монастыря. Преподобный взглянул на него и сказал: «Чадо, тебя смущают недобрые мысли? Ты хочешь нарушить обеты и думаешь скрыть это от меня?» Инок пал ему в ноги и во всем сознался. Преподобный поднял его, успокоил и отослал в монастырь.

Потом он ушел еще дальше, в столь дикое место, что окружавшие его горы казались достигавшими небес. Келья преподобного стояла у подножия этих гор, окруженная двенадцатью березами. Часто преподобный ловил рыбу, творя непрестанную молитву, причем обнажал плечи на съедение комарам. Но братия умоляла его опять принять настоятельство. Он был уже так стар, что молился сидя и не мог сам ходить, а его водили под руки.

Пред кончиной он сам назначил себе преемника и оставил завещание, в котором повелевал настоятелю любить братий всех одинаково и служить им, непокорных изгонять, но кающихся прощать и принимать обратно. Братии он приказывал любить друг друга, повиноваться старшим, хранить устав, иметь страх Божий, не оставаться никогда праздными и заботиться о больных и бедных. Тело свое он завещал бросить в болото, но на это ему братия прямо сказали, что ослушаются его. Когда же они окружили его со слезами в его последние минуты, он сказал им, что «настал день его покоя и им подобает более радоватися, нежели печалиться».

Скончался прп. Антоний 7 декабря 1556 г. и был погребен в церкви Пресвятой Троицы.

В обители до нашего времени хранились иконы его письма. Он считается покровителем иконописцев. Он явился болящему игумену Питириму, иконописцу, исцелил его и приказал не оставлять этого труда.

Раз купец вез рыбу в монастырь в лодке. Внезапно поднялась буря. Вдруг он увидел на воздухе инока, мантией своей защищавшего его ладью. «Ты призываешь многих на помощь, а меня не зовешь, – сказал он. – Не бойся, чадо, я с тобой, и Бог устроит нам тишину». – «Кто ты, человек Божий?» – спросил его в трепете купец. «Я Антоний, игумен обители, что на Михайловском озере и на реке Сии», – ответил инок и стал невидим. Купец благополучно прибыл в монастырь и остался в нем иноком. Всех чудес прп. Антония перечислить здесь невозможно.

• По выходе из Кенской обители преподобный со сподвижниками основал шелексинскую Николаевскую пустынь при впадении р. Шелексны в р. Емец, левый приток Северной Двины, у порога, называвшегося Темная Стремнина.

• АнтониевоСийский монастырь был основан преподобным на р. Сии, притоке Северной Двины (в 9 верстах от впадения), в 90 верстах к югу от Холмогор. Подвизался преподобный на Новгородском Севере (совр. Архангельская обл.).