Тогда 21 марта 1568 г., в воскресенье 4й седмицы Великого поста, он всенародно обратился к царю со словом. «Филипп, – в ярости воскликнул царь, – не противься нашей державе или сложи с себя сан!»

«Я не искал его, – ответил митрополит. – Зачем ты лишил меня пустыни? Если ты хочешь нарушать законы Божественные, делай как знаешь, но мне было бы непростительно ослабевать, когда время подвига приближается».

Царь вышел в страшном волнении, опричники же постарались его окончательно восстановить против митрополита, потому что больше всего боялись его влияния на царя. Но царь не желал нарушать церковные уставы. Он желал, чтобы митрополит был низложен Собором. Обвинители нашлись среди недостойных лиц духовенства, ненавидевших святителя за его строгость. Главным среди них оказался соловецкий игумен Паисий, преемник его по настоятельству. Остальные молчали из страха; тех, кто пытался высказаться за митрополита, не слушали.

4 ноября 1568 г. собрался лжесобор против святителя, но поставить его лицом к лицу с его обвинителями не посмели. Выслушав обвинения, святитель Филипп оправдываться не стал, а только сказал: «Государь! Ты думаешь, что я тебя боюсь или боюсь смерти? Нет, лучше быть неповинным мучеником, чем молча переживать ужасы беззакония!» Он стал снимать с себя знаки своего достоинства, но царь хотел всенародного торжественного низложения.

А через два дня (6 нояб.) был зарублен опричниками единственный его защитник на Соборе – святитель Герман, архиепископ Казанский (память его б нояб.). Вторым открытым сторонником митрополита Филиппа из среды высшего духовенства был Елевферий, архиепископ Суздальский.

8 ноября 1568 г., в то время когда митрополит совершал в Успенском соборе Божественную литургию, двери его шумно растворились и вошла толпа опричников. Богослужение было прервано. Митрополиту был прочитан обвинительный акт и постановление Собора. Потом опричники на него набросились, сорвали облачение, вытолкали из собора, посадили на розвальни и повезли в Богоявленский монастырь. За ним в отчаянии бежала толпа народа, узкая улица перед монастырем была битком набита. Один только митрополит был невозмутим.

Перед входом в монастырь он обратился с последним словом к народу, благословил его, и ворота закрылись за ним. Молча расходился удрученный народ. Через несколько дней произошла очная ставка митрополита с его главным врагом – соловецким игуменом Паисием. В ответ на клеветы своего недо стойного ученика святитель только кротко сказал: «Чадо, что посеял, то и пожнешь». Тогда поднялся невообразимый шум. Все кричали и обвиняли наперерыв святителя во всевозможных преступлениях, особенно в волшебстве. Но святитель уже не отвечал ни слова. Его приговорили к пожизненному заключению в смрадной темнице, в цепях. Но цепи сами собой спали. А привыкший ко всевозможным лишениям подвижник терпеливо переносил голод и грубое обращение. Раз к нему ввели голодного медведя. Утром царь сам пришел к нему, но застал святого узника на молитве, а медведя – спокойно лежащим в углу.

Родственники и близкие люди митрополита погибали в страшных пытках. Отрубленную голову любимого его племянника Ивана Колычева прислали ему в мешке. Митрополит с благоговением принял страшный дар, благословил его и поцеловал. Наконец его сослали в Тверской Отрочь монастырь.  Везли зимой в летней одежде и в дороге не давали есть. Но ни одной жалобы не вырвалось у страдальца. Там он провел год.

В декабре 1569 г. царь предпринял поход против обвиненного в измене Новгорода. Из Твери он послал в Отрочь монастырь к заточенному митрополиту самого страшного из своих опричников, палача Малюту Скуратова, якобы за благословением идти царю на Новгород. За три дня перед этим митрополит сказал: «Время моего подвига настало – близка кончина». И когда палач вошел к нему, спокойно ему ответил: «Делай то, что ты пришел делать, и не искушай меня, испрашивая ложно небесный дар!» Тогда Малюта задушил его подушкой, братии же сказал, что владыка умер от угара, и при себе приказал погребсти его без всякого отпевания. Затем поспешно покинул монастырь. Братия были поражены ужасом, но не посмели ничего ему сказать. Это было 3 декабря 1569 г. Но царь никогда не мог простить врагам святого его смерть: совесть мучила его, и всем им пришлось так или иначе искупить свое преступление. Один только Малюта Скуратов не понес в этой жизни никакой кары. Он был убит на войне. Сын и наследник Грозного царя – благочестивый царь Феодор Иоаннович приказал перенести останки священномученика в Соловецкий монастырь, где он и был погребен на месте, избранном им самим в бытность свою игуменом. Тогда же было обнаружено нетление его мощей. В тот же год, в ночь под Рождество Христово, он явился во сне рабочему Василию, придавленному деревом, и сказал ему: «Встань, Василий, будь здоров во имя Господа и ходи!» Больной проснулся исцеленным, стоя на ногах. Также явился он болящему Иоанну, золотых дел мастеру, и перекрестил его больное место со словами: «Ты меня не знаешь. Я – Филипп Соловецкий». И болящий проснулся исцеленным. Инок Георгий, страдавший болезнью ног, исцелился от одного прикосновения к гробнице святого.

В 1648 г. святитель Филипп был причислен к лику святых. А в 1652 г. прибыло в Соловки посольство во главе с митрополитом Новгородским Никоном от имени царя Алексея Михайловича – испросить у святителя прощения в грехе его предшественника, царя Иоанна Грозного, и просить его вернуться в свой кафедральный град – Москву. Встретил святые мощи царь с сонмом духовенства и огромной толпой народа; и во время торжеств, которые продолжались от 9 до 17 июля, по свидетельству самого царя Алексея Михайловича, ни один день не проходил без исцелений, а иногда их бывало до 7 в день. Особенно поразительным было исцеление глухой и слепой боярыни Вельяминовой, страдавшей, кроме того, сильными головными болями. Святитель явился ей во сне и сказал: «Прикажи отвести тебя к моему гробу!»

• В Соловецкий монастырь Феодор Колычев, будущий святитель Филипп, направился в 30 лет от роду. Реликвии, связанные с именем святителя и оставшиеся в Соловецкой обители после перенесения мощей в Москву, не сохранились, так как после революции 1917 г. в этих местах расположился лагерь для заключенных. Филиппова пустынь (или скит) находилась в 2 верстах от монастыря.

• Мученическая кончина святителя последовала через год после заточения в Тверской Отрочь монастырь, расположенный в Твери. Его губитель Малюта Скуратов вскоре был убит.

• Жизнь, подвижничество и гибель святителя связаны с совр. Архангельской епархией (Соловецкий монастырь), Московской епархией (святительская кафедра) и Тверской епархией.