Прп. Афанасий (Филиппович) родился в это темное время, в 1597 г., в Бресте. Семья его сыздавна принадлежала к Брестскому Православному братству. Он получил прекрасное образование, знал языки – русский, польский, греческий и латинский – и будучи 30 лет поступил в Виленский СвятоДухов монастырь,  откуда его скоро перевели вКупятицкий монастырь  в Минской области. По дороге он встретил калеку, нес его на своих плечах, и этот человек научил его непрестанной молитве.

Купятицкий монастырь основан был на месте явления 15 ноября 1182 г. чудотворной Купятицкой иконы Божией Матери. Там была в древности воздвигнута церковь, но в 1240 г. она была сожжена татарами, и чудотворная икона 250 лет пролежала в пепле. В XV в. она была вновь обретена, и на этом месте был создан монастырь, а в 1655 г., после захвата его униатами, святая икона была перенесена в киевский Софийский собор, где и находилась до последнего времени. Помещается она на скрепе медного равнобедренного креста.

Эта икона тесно связана с судьбой прп. Афанасия. Когда по прибытии своем он был назначен монастырским сборщиком, он впервые услышал от святой иконы голос, повелевавший ему идти к московскому царю, обещая ему заступничество. В то же время ему явился недавно скончавшийся иеродиакон Неемия и сказал: «Иду и я с Госпожою моею!»

Путь в Москву был очень трудный и опасный, потому что была война, граница была закрыта и везде были заставы. Но по дороге было с ним много чудесного: Божия Матерь являлась одному крестьянину и сам преподобный видел раз иеродиакона Неемию. Прп. Афанасий был принят царем Михаилом Феодоровичем и вернулся обратно с богатой милостыней. По прибытии он был назначен, по просьбе братии, игуменом брестского Симеоновского монастыря.

В следующем же году, будучи в Варшаве, прп. Афанасий выхлопотал от короля Владислава грамоту, подтверждавшую все привилегии Брестского братства и обеспечивающую полную свободу Православной Церкви. Но в утверждении ее ему отказали. «Будьте все униатами, – сказали ему, – так мы и даром запечатаем!..» Высшее же православное духовенство в Варшаве, занятое исключительно своими частными делами, отнеслось к делу прп. Афанасия с полным равнодушием. Об общецерковных нуждах оно совершенно не радело.

«О Боже правый! – пишет в своем дневнике пораженный скорбью прп. Афанасий. – Весы беззакония упали до самого края, уже не пекутся о православной вере, об утверждении славы Божией, все как будто стыдятся...»

Раз в эти скорбные дни, когда преподобный читал пред Купятицкой иконой Божией Матери акафист, он ясно услышал от Нее голос: «Афанасий! Жалуйся теперь на сейме при помощи иконы Моей Купятицкой, в кресте изображенной, перед польским королем и государством, грозя праведным гневом Божиим, который вотвот наступит, если не образумятся! Пусть прежде всего навеки осудят унию – в этом самая насущная нужда, – и им еще может быть хорошо!»

Повинуясь воле Пречистой, преподобный раздал членам сейма образки Купятицкой Божией Матери с «надписанием», содержащим в себе угрозу гнева и суда Божия за покровительство унии и притеснение Православия, и произнес в защиту его сильную речь в присутствии короля. Он подал ему подробное прошение, в котором говорит: «Если вы умирите Восточную Православную Церковь, то поживете лета ваши в счастии. Если же не умирите и не сметете с лица земли унию, то познаете гнев Божий. Образ Божией Матери да будет вам трубою и знамением».

За это преподобному пришлось много вынести от «старших отцов», очевидно испугавшихся за себя. Он был объявлен помешанным, подвергнут многочисленным допросам, тюремному заключению,  лишен пресвитерства и отправлен на суд к митрополиту Киевскому Петру Могиле. Там варшавское решение было признано незаконным, а сам Афанасий оправдан. Когда он рассказал, как его водили по городу от одного духовного лица к другому, то знаменитый проповедник, архимандрит Иннокентий Гизель, заметил: «Как от Анны к Каиафе!»

Измученный пережитым, прп. Афанасий вернулся в свой монастырь: он искал только покоя и молитвы. Но опять он ясно слышит голос от Купятицкой иконы Божией Матери: «Афанасий! Проси еще, с помощью Моего образа, на будущем сейме перед королем и польским государством о полном уничтожении проклятой унии. Хорошо будет, если послушают и уничтожат ее: поживут еще счастливо в будущих летах!»

Преподобный так устрашился, что пять дней не ел и не пил и не знал, что делать. Наконец решил исполнить волю Пречистой. Но в ноябре его арестовали и отвезли в заключение в Варшаву: его заподозрили в какихто разоблачениях, когда он был в Москве. Из заключения своего он написал прошение королю, описывая гонение на Православную Церковь, и напомнил обещание, данное им при вступлении на престол, умирить Православную Церковь. Второе прошение его, более краткое, ктото бросил в карету короля при его проезде. Король приказал освободить Афанасия, но при условии, что митрополит Киевский возьмет его к себе.

Итак, до самой кончины митрополита Петра Могилы в 1647 г. прп. Афанасий жил в Печерской лавре. Но по возвращении его в Брест  весной 1648 г. вспыхнуло казацкое восстание Богдана Хмельницкого, и все православные были огульно заподозрены в сочувствии повстанцам.

1 июля в монастырь явилась шляхта арестовать игумена по обвинению его в том, что он посылал повстанцам порох. Никакого пороха не нашли, но доносчик не выдержал и при всех злобно сказал гайдукам (солдатам): «Что ж вы не подкинули мешочка с порохом и не донесли, что нашли его тут у монахов?» Сами судьи убедились в неосновательности обвинения, но стали спрашивать другое: «Но ведь ты святую унию бесчестил и позорил!» Преподобный осенил себя крестным знамением и подтвердил все свои прежние слова. Его заковали в кандалы и заключили в замковую тюрьму.

В ночь на 5 сентября с него сняли оковы и перевезли в «обоз», то есть укрепленный лагерь, за город. Перед тем к нему приходили отцы иезуиты уговаривать его отступить от Православия, но ушли, ничего не успев, и послали к нему одного из своих учеников уговаривать его в последний раз. Но он отвечал ему таю «Пусть иезуиты знают, что как им приятно пребывать в прелестях мира сего, так и мне приятно пойти теперь на смерть!» Начальник обоза отказался принять его, говоря иезуитам: «Он теперь в ваших руках, делайте с ним что хотите!»