Повинуясь воле Пречистой, преподобный раздал членам сейма образки Купятицкой Божией Матери с «надписанием», содержащим в себе угрозу гнева и суда Божия за покровительство унии и притеснение Православия, и произнес в защиту его сильную речь в присутствии короля. Он подал ему подробное прошение, в котором говорит: «Если вы умирите Восточную Православную Церковь, то поживете лета ваши в счастии. Если же не умирите и не сметете с лица земли унию, то познаете гнев Божий. Образ Божией Матери да будет вам трубою и знамением».

За это преподобному пришлось много вынести от «старших отцов», очевидно испугавшихся за себя. Он был объявлен помешанным, подвергнут многочисленным допросам, тюремному заключению,  лишен пресвитерства и отправлен на суд к митрополиту Киевскому Петру Могиле. Там варшавское решение было признано незаконным, а сам Афанасий оправдан. Когда он рассказал, как его водили по городу от одного духовного лица к другому, то знаменитый проповедник, архимандрит Иннокентий Гизель, заметил: «Как от Анны к Каиафе!»

Измученный пережитым, прп. Афанасий вернулся в свой монастырь: он искал только покоя и молитвы. Но опять он ясно слышит голос от Купятицкой иконы Божией Матери: «Афанасий! Проси еще, с помощью Моего образа, на будущем сейме перед королем и польским государством о полном уничтожении проклятой унии. Хорошо будет, если послушают и уничтожат ее: поживут еще счастливо в будущих летах!»

Преподобный так устрашился, что пять дней не ел и не пил и не знал, что делать. Наконец решил исполнить волю Пречистой. Но в ноябре его арестовали и отвезли в заключение в Варшаву: его заподозрили в какихто разоблачениях, когда он был в Москве. Из заключения своего он написал прошение королю, описывая гонение на Православную Церковь, и напомнил обещание, данное им при вступлении на престол, умирить Православную Церковь. Второе прошение его, более краткое, ктото бросил в карету короля при его проезде. Король приказал освободить Афанасия, но при условии, что митрополит Киевский возьмет его к себе.

Итак, до самой кончины митрополита Петра Могилы в 1647 г. прп. Афанасий жил в Печерской лавре. Но по возвращении его в Брест  весной 1648 г. вспыхнуло казацкое восстание Богдана Хмельницкого, и все православные были огульно заподозрены в сочувствии повстанцам.

1 июля в монастырь явилась шляхта арестовать игумена по обвинению его в том, что он посылал повстанцам порох. Никакого пороха не нашли, но доносчик не выдержал и при всех злобно сказал гайдукам (солдатам): «Что ж вы не подкинули мешочка с порохом и не донесли, что нашли его тут у монахов?» Сами судьи убедились в неосновательности обвинения, но стали спрашивать другое: «Но ведь ты святую унию бесчестил и позорил!» Преподобный осенил себя крестным знамением и подтвердил все свои прежние слова. Его заковали в кандалы и заключили в замковую тюрьму.

В ночь на 5 сентября с него сняли оковы и перевезли в «обоз», то есть укрепленный лагерь, за город. Перед тем к нему приходили отцы иезуиты уговаривать его отступить от Православия, но ушли, ничего не успев, и послали к нему одного из своих учеников уговаривать его в последний раз. Но он отвечал ему таю «Пусть иезуиты знают, что как им приятно пребывать в прелестях мира сего, так и мне приятно пойти теперь на смерть!» Начальник обоза отказался принять его, говоря иезуитам: «Он теперь в ваших руках, делайте с ним что хотите!»

Тогда его отвели в лесок недалеко от обоза и пытали огнем, и слышно было, как он грозно чтото говорил мучившим его. Потом крикнули гайдуку, чтобы он зарядил ружье, и приказали приготовить яму. В последний раз потребовали от него, чтобы он отказался от своих слов. Но он ясно ответил: «Что сказал – с тем умру!» Тогда велели гайдуку выстрелить ему в лоб. Гайдук, знакомый ему, встал на колени, испросил прощение его и благословение, а потом выстрелил. Преподобный продолжал стоять, прислонившись к сосне. Тогда велели сбросить его в яму. Он обернулся лицом к небу, сложил руки крестом на груди и протянул ноги, и его закопали живым. Потом так и нашли его лежащим.

В городе никто в эту ночь не спал. «В ночь, когда замучили покойного, великий трепет напал на нас и на всех мещан от этих дел, – пишут составители этой скорбной повести, послушники Брестского монастыря, ученики прп. Афанасия, следившие, скрываясь в кустах, за последними минутами своего наставника. – Ночь была ясная, не виделось облака, а молния была ужасная и разливалась по всему небу...»

1 мая, по указанию одного мальчика, было найдено тело покойного. Откопали его ночью и на другой день похоронили в монастыре в Симеоновском храме. Тление не коснулось его, но оно носило следы пыток и ружейных пуль. Лицо покойного почернело от пороха. Язык усох между зубами. «Думаем, что его похоронили еще живого, и это сделалось с ним от великой тяготы смертной. Бог благодатию Своею да утвердит нас в благочестии и да пошлет терпение имени Его ради святого», – так заканчивают повествование о злострадании св. преподобномученика Афанасия Брестского его верные ученики.

Святые мощи его сгорели в 1816 г., но останки их почивают в раке в городском Симеоновском соборе.

Сильна и живуча в Западной Руси память прп. Афанасия. Но до XIX в. чудеса его не записывались. В 1856 г. от святых мощей его получил исцеление десятилетний мальчик Александр Поливанов, уроженец Владимирской губернии, и отец его соорудил для них драгоценную раку. В I860 г. протоиерей Василий Соловьев получил исцеление от грыжи, угрожавшей ему смертью.

Житие св. преподобномученика Афанасия было впервые написано в XVII в. попольски студентами КиевоБратской школы по дневникам его и запискам его послушников.

• На Брестском соборе было объявлено единение (уния) Православной Церкви ЮгоЗападной России с Церковью Римскокатолической. Внешне это событие отвечало духу Евангелия, но на деле способствовало попранию православной веры и русской народности в ЮгоЗападной России, которая в XVI в. входила в состав ПольскоЛитовского государства. Уния была объявлена действительной даже без выслушивания православной стороны, и все несогласные с решением собора были преданы анафеме.