Most of the diaries (for 1856–1894) are stored in the State Archives of the Russian Federation (fond 1067). They are notebooks of a fairly large format (20 x 32 cm), 26 in number. The whereabouts of the handwritten diaries for the years 1895–1908 (the first half) are currently unknown. The last, dying diary for the second half of 1908 is kept in the Central State Historical Archive of St. Petersburg (fond 2219). This is a small leather-bound notebook enclosed in a cloth envelope with three wax seals (the seals of St. Andrew's Cathedral, the Holy Synod and the personal seal of His Eminence Anthony (Vadkovsky), Archbishop of St. Petersburg). The diary was sealed in 1911; the receipt of the Chief Procurator attached to it says: "not to open it until a special order of the Holy Synod."

The pages of the diary notebooks are filled on both sides by the author in small, hard-to-read handwriting, there are insertions and corrections in the text and later additions and notes written in pencil (as a rule, these are headings such as "To the priest", "On prayer"; notes like: "For information", "For instruction" and rare additions, for example: "Believe with all your heart that sin is offensive to the All-Holy God", etc.); Many entries are carefully numbered, and some are crossed out (but not crossed out) with a slash. Most likely, already in the second half of the 1850s, Father John intended to use them in his future preaching works, and later in printed ones. And indeed, some fragments from these handwritten diaries (beginning with the notebook of 1861) were used by him to compile the books "My Life in Christ", "Knowledge of God and Self-Knowledge Acquired from Experience", "The Truth about God, about the Church, about the world and about the human soul..." and others.

Рукописные дневники имеют еще одну особенность. Отец Иоанн по образу и насыщенности своей жизни (а это частые поездки из Кронштадта, где он жил постоянно, в Петербург, позднее — в Москву, летние путешествия по России с посещением Суры, богослужения, продолжавшиеся до глубокой ночи, многочисленные требы), по всей видимости, делал записи поначалу в дорожных блокнотах или на отдельных листках, а когда выдавалось время, переносил их в дневниковую тетрадь. Причем, переписывая, он не пытался выстроить накопившийся материал в хронологическом порядке.

Сохранилось несколько поздних свидетельств (1903–1904 гг.) духовной дочери отца Иоанна Е. В. Духониной о том, как он работал над дневником во время пребывания в Иоанновском монастыре,: иногда в дневник вносились отдельные записи, порой он просматривался и такой просмотр выливался подчас в беседу о записанном. Мемуаристка передает одну из таких бесед. Отец Иоанн обратился к ней со словами: «А хочешь, я тебе прочту, что я сейчас записал? — Я вспомнил свое юношество и грехи, которые творил в это время… Вспомнил своих наставников: Макария и Иоанна, епископа Смоленского…» (Духонина Е. Как поставил меня на путь спасения отец Иоанн Кронштадтский. М., 1998. С. 114, 116, 163).

Первый том настоящего издания состоит из двух книг, включающих дневниковые записи первых двух тетрадей: за 1856 год (объемом 68 страниц) и за 1857–1858 годы (объемом 127 страниц ). Эти дневниковые записи никогда ранее ни целиком, ни в отрывках не публиковались.

Первая тетрадь за исключением нескольких дневниковых записей (на обложке и на последних страницах) почти целиком посвящена Священному Писанию. Здесь содержится обширный пласт размышлений молодого священника по поводу текстов Ветхого и Нового Заветов, Апостольских посланий, озаглавленный им самим как «Выбор из Священного Писания догматических и нравоучительных и особенно замечательных для автора исторических текстов с мыслями на них автора». Вторая — по преимуществу личный дневник, лишь дважды перемежающийся «выборками» из Ветхого Завета, Евангелий и Апостольских посланий.

Разноплановым характером записей в первых двух тетрадях и объясняется их разделение в настоящем издании на две книги: в первой печатаются с сохранением авторской последовательности фрагментов и с авторскими заголовками все размышления отца Иоанна по поводу текстов Священного Писания из обеих тетрадей, во второй — собственно дневниковые записи тоже из обеих тетрадей и тоже в авторской последовательности (т. е. без вмешательства в явное нарушение хронологии).

Записи, публикуемые в первой книге, сопровождены Указателем к текстам Священного Писания, выбранных отцом Иоанном для размышлений (Указатель составлен в соответствии с общепринятым порядком текстов Священного Писания). Во второй книге помещен Указатель имен.

При подготовке текстов рукописи к публикации издатели придерживались следующих принципов.

Тексты дневников печатаются в современной орфографии и пунктуации с максимальным сохранением стилистического своеобразия авторского текста и примет языка второй половины XIX века.

Для сохранения некоторых особенностей орфографии как самого автора, так и норм современного ему языка был составлен словарь написания строчных и прописных букв в словах (чаще всего взятых из богослужебной практики) по изданному сборнику «Моя жизнь во Христе» под сводной редакцией самого отца Иоанна Кронштадтского (СПб., 1893).

В текстах рукописи были также дополнительно выявлены и сохранены некоторые авторские особенности написания строчных и прописных букв, например в словах: Литургия, Богослужение, Ангелы, Господи Сил, и т. д.; «Всемогущий Творец», но «всемогущий Бог»; «Животворящий Крест», но «животворящие Тайны»; «Небесный Царь», но «небесные Силы». Выявлены особенности написания в текстах строчных и прописных букв в зависимости от контекста, например: «Слово Божие» (в значение Евангелия), но «содержащий все словом Божиим»; «Правосудие Небесное» в значении Бога, но «правосудие Божие»; «Истина — Христос», но «Христова истина» и т. п., а также другие особенности авторского текста: «Божественные Тайны», но «Божественных Таин» и др.

Слова, написанные в рукописи под титлами и в сокращении (типа: «в.» вместо «весьма», «к–ые» вместо « которые» ), печатаются полностью.

В пунктуации было сохранено авторское тире между предложениями, разделенными точками, и тире в функции полуабзаца.